[發明專利]一種脫靶位點的檢測方法、裝置及終端設備

有效

• 申請號: 201711168540.0
• 申請日: 2017-11-21
• 公開（公告）號: CN107967411B
• 公開（公告）日: 2021-09-10
• 發明（設計）人: 賀建奎;陳凱婧;陳楊冉
• 申請（專利權）人: 南方科技大學
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B40/00;G16B50/10
• 代理公司: 深圳中一聯合知識產權代理有限公司 44414
• 代理人: 李艷麗

1.一種脫靶位點的檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：

選取基因樣本，所述基因樣本包括子代基因樣本和所述子代基因樣本的親本基因樣本；

通過全基因組測序分別對所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行處理，并根據指定的比對規則將測序后的所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行比對；所述通過全基因組測序分別對所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行處理，并根據指定的比對規則將測序后的所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行比對的步驟，具體包括：

對選取的基因樣本進行擴增處理，并對經過擴增處理后的基因樣本進行全基因組測序；

對進行全基因組測序后的子代基因樣本中的插入缺失標記進行篩選，保留只在所述子代基因樣本中而不在所述親本基因樣本中的插入缺失標記位點；

確定進行全基因組測序后的親本基因樣本中與所述插入缺失標記位點相同位置的堿基序列片段的條數；

確定子代基因樣本的測序深度與比對質量MAPQ；

確定進行全基因組測序后的子代基因樣本中的前間區序列鄰近基序PAM；

根據所述插入缺失標記位點、所述堿基序列片段的條數、所述測序深度、所述比對質量MAPQ以及所述子代基因樣本中的前間區序列鄰近基序PAM錯配的堿基數，按指定的比對規則保留插入缺失標記位點，具體包括：

a、對所述插入缺失標記位點進行篩選，保留親本基因樣本中與所述插入缺失標記位點相同位置的堿基序列片段不少于2條的插入缺失標記位點；

b、對經過步驟a篩選后保留的插入缺失標記位點進一步篩選，保留在所述子代基因樣本中測序深度大于5，且插入缺失標記的數目與在這一位點上所有堿基序列片段的條數的比率大于20％的插入缺失標記位點；

c、對經過步驟b篩選后保留的插入缺失標記位點進一步篩選，保留比對質量不小于15的插入缺失標記位點；

d、獲取步驟c中插入缺失標記位點中錯配的堿基數，當PAM序列為NGG堿基序列時，保留錯配的堿基數不大于8的插入缺失標記位點；當PAM序列為NA G堿基序列時，保留錯配的堿基數不大于4，并且PAM序列與插入缺失標記位點的位置小于等于20堿基的插入缺失標記位點；

將所述比對的結果進行格式轉換，生成指定格式的比對結果文件；

通過綜合基因組學查看器IGV顯示所述指定格式的比對結果文件，以便用戶確認脫靶數目和脫靶位點。

2.如權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述生成指定格式的比對結果的步驟，包括：

將通過全基因組測序后的比對結果轉換成序列比對文件SAM格式文件；

對SAM格式文件進行處理，生成二進制序列比對文件BAM格式文件；

對所述BAM格式文件進行處理，生成變量調用Vcf格式文件。

3.如權利要求1或2所述的檢測方法，其特征在于，所述通過綜合基因組學查看器IGV顯示所述指定格式的比對結果文件，以便用戶確認脫靶數目和脫靶位點的步驟，具體包括：

獲取通過預測軟件預測選取的基因樣本中子代基因樣本的脫靶位點；

將通過預測軟件預測的脫靶位點，與所述根據指定的比對規則將所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行比對確定的脫靶位點進行比對，通過IGV查看比對結果文件，以便用戶確認脫靶數目和脫靶位點。