[發明專利]一種擴張性+肥厚性心肌病易感基因的檢測方法及芯片

在審

• 申請號: 201711094223.9
• 申請日: 2017-11-09
• 公開（公告）號: CN109762879A
• 公開（公告）日: 2019-05-17
• 發明（設計）人: 葛均波;李華;楊旭
• 申請（專利權）人: 葛均波;李華;楊旭
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C40B50/06;C12Q1/686;C40B40/06
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本發明涉及一種擴張性+肥厚性心肌病易感基因的檢測方法及芯片，本發明基于目標區域捕獲高通量測序技術，通過選取一組與DCM/HCM心血管疾病相關的特異有效基因集合使用自開發探針建庫捕獲流程及分析軟件進行高通量捕獲測序分析，旨在通過基因手段找出遺傳水平心血管疾病相關基因尤其是DCM/HCM等基因的變異情況以實現易感基因的篩查，對所篩查結果參考美國醫學遺傳學會(ACMG)和分子病理學會(AMP)指南解讀變異。該發明試劑盒與常規高通量測序相比具有針對性強、成本低流程快等優勢。

技術領域

本發明涉及到一種擴張型心肌病(DCM)和肥厚型心肌病(HCM)易感基因檢測方法和芯片應用，根據基因檢測結果為DCM、HCM的診斷和預防提供重要依據，屬于生物學領域，涉及醫學、生物技術和生物信息學。

背景技術

根據中華醫學會心血管病學分會的研究，擴張型心肌病(DCM)和肥厚型心肌病(HCM)的患病率分別為36.5/10萬人和19.7/10萬人，另有研究為1/250和1/500，年發病率分別為1.3/10萬人和1.5/10萬人，DCM 5年死亡率為15-50％，HCM的死亡率與正常人相近。心肌病總體上呈現出發病上升、年死亡率下降的趨勢。心臟超聲等影像技術和基因檢測技術是DCM/HCM診斷的標準。特別的，研究發現很多患者的潛伏期較長，臨床表型異質性強，癥狀不明顯或心臟結構、功能輕度異常，不符合影像學上的診斷條件，此外DCM與心肌致密化不全、終末期致心律失常性右室心肌病(ARVC)臨床表現相似、易混淆，基因檢測技術可以提供主要診斷標準。

DCM通常表現出家族聚集性，目前基因上發現的致病變異可以解釋40％-50％的的FDC，相當比例散發DCM也與遺傳相關，至少31個基因600多種突變可導致DCM。對于HCM，目前基因上發現的致病變異可以解釋50％-60％的家族性和20％-30％的非家族性HCM，至少16個基因1500多種突變可致病。大部分的變異為單核苷酸突變(SNP)和小的插入、缺失(Indel)，極少數是拷貝數變異(CNV)。此外還有一些基因上的突變疑似導致DCM/HCM。

心肌病易感基因檢測的方法有多種，如Sanger測序、基因分型、高通量測序、ArrayCGH。Sanger測序作為廣泛應用的技術，具有快速、準確、簡便等優點，但存在通量低、相對成本高、自動化程度低等問題，難以滿足一次性檢測多基因多變異的要求。基因分型有多種技術，大多具備快速、準確、低成本的優點，十分適合大規模檢測已知變異，但只能檢測到SNP等單核苷酸的已知變異。Array CGH是檢測拷貝數變異(CNV)的金標準，但不能同時檢測SNP、Indel變異。隨著測序技術的發展，高通量測序技術的成本、周期和性能都有了極大的改進，全外顯子組、全基因組測序已經成了科研發現的常規方法，可同時檢測基因組上所有類型的變異，但針對性不強，且數據量大，各項成本比較高。臨床應用通常追求快速、經濟、簡便，選取一組有效基因集合進行高通量測序以降低成本，成為一種可用于檢測DCM/HCM易感基因的有效方法。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的是提供一種擴張性+肥厚性心肌病易感基因的檢測方法及芯片，以解決現有技術中的不足。

為了達到上述目的，本發明的目的是通過下述技術方案實現的：

一方面，提供一種擴張性+肥厚性心肌病易感基因的檢測方法，包括：

S1.將待檢測基因組DNA打斷，主帶為300-400bp；

S2.將打斷的DNA片段進行純化、末端修復、加接頭并進行PCR擴增；

S3.將擴增產物與目標區域捕獲芯片進行雜交，擴增、純化后得到目標DNA測序文庫；

S4.使用測序文庫進行測序，得到目前基因上的序列；

S5.使用測序序列進行生物信息學分析，包括序列質量控制、序列比對、比對文件預處理以及檢測SNP、Indel變異、變異過濾和注釋；