[發明專利]用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析

有效

• 申請號: 201711070698.4
• 申請日: 2013-06-14
• 公開（公告）號: CN107779506B
• 公開（公告）日: 2022-07-15
• 發明（設計）人: 趙慧君;盧煜明;陳君賜;江培勇
• 申請（專利權）人: 香港中文大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6827
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

可以將經歷針對癌癥的篩選或監測的受試者的生物樣品(例如血漿或血清)中的體細胞突變頻率與同一受試者的組成型DNA中的體細胞突變頻率比較。參數可以來源于這些頻率并且將其用于確定癌癥等級的分類。可以通過要求任何變異基因座都具有至少規定數目的變異序列讀取(標簽)來將假陽性過濾掉，由此提供更準確的參數。可以分析不同變異基因座的相對頻率以測定患者中腫瘤的異質性等級。

相關申請的交叉引用

本申請是2012年6月21日提交的標題是“用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析(MUTATIONAL ANALYSIS OF PLASMA DNA FOR CANCER DETECTION)”的美國臨時專利申請第61/662,878號、2012年8月13日提交的標題是“用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析”的美國臨時專利申請第61/682,725號、2012年8月31日提交的標題是“用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析”的美國臨時專利申請第61/695,795號、和2012年10月8日提交的標題是“用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析”的美國臨時專利申請第61/711,172號的非臨時申請，并且要求所述臨時專利申請的權益，所述臨時專利申請以全文引用的方式并入本文中用于所有目的。

背景技術

已經顯示，腫瘤來源的DNA存在于癌癥患者的無細胞的血漿/血清中(陳XQ(ChenXQ)等人自然醫學(Nat Med)1996；2:1033-1035)。大多數現行方法基于對已知與癌癥相關的突變進行直接分析(迪爾F(Diehl F)等人美國國家科學院院刊(Proc Natl Acad Sci)2005；102:16368-16373；弗休T(Forshew T)等人科學·轉化醫學(Sci Transl Med)2012；4:136ra68)。另一種方法已經研究了通過對血漿DNA進行隨機測序而檢測的癌癥相關基因組拷貝數變異(洛(Lo)等人的美國專利公開2013/0040824)。

已知隨著時間，多于一種癌細胞將獲得生長優勢并且產生多個子代細胞克隆。最終，腫瘤的生長和/或其轉移灶將含有多種克隆癌細胞群的聚結物。此現象典型地稱為腫瘤異質性(格林杰M(Gerlinger M)等人新英格蘭醫學雜志(N Engl J Med)2012；366:883-892；葉TA(Yap TA)等人科學·轉化醫學2012；4:127ps10)。

已知癌癥是高度異質的，即相同組織類型的癌癥的突變分布可以大幅變化。因此，對特定突變進行直接分析典型地僅可以檢測已知與那些特定突變相關的特定癌癥類型內的病例的子集。另外，腫瘤來源的DNA通常是人類血漿中DNA的微量物質；血漿中DNA的絕對濃度低。因此，即使在患有已知具有標靶突變的癌癥的患者中，直接檢測血漿或血清中某一或某一小批癌癥相關的突變也可能會獲得低分析敏感性。此外，已經顯示，即使在單一腫瘤內就突變來說也存在顯著瘤內異質性。突變可以僅見于腫瘤細胞的亞群中。原發性腫瘤與轉移性病變之間的突變分布差異甚至更大。一個關于瘤內和原發性-轉移性間的異質性的實例包括罹患結腸直腸癌的患者中的KRAS、BRAF和PIK3CA基因(巴爾杜斯(Baldus)等人臨床癌癥研究(Clin Cancer Research)2010.16:790-9.)。

在其中患者具有原發性腫瘤(攜帶KRAS突變但無PIK3CA突變)和隱蔽轉移性病變(攜帶PIK3CA突變但無KRAS突變)的情形下，如果集中于檢測原發性腫瘤中的KRAS突變，那么無法檢測隱蔽轉移性病變。然而，如果在分析中包括兩種突變，那么可以檢測原發性腫瘤和隱蔽轉移性病變兩者。因此，包括兩種突變的測試在殘余腫瘤組織的檢測中將具有更高敏感性。當針對癌癥進行篩選時，當擁有極少或不擁有關于可能出現的突變類型的信息，這種簡單實例變得更復雜。

因此需要提供新技術，以便針對癌癥執行廣泛篩選、檢測或評估。

發明內容