[發明專利]用于癌癥檢測的血漿DNA突變分析

有效

• 申請號: 201711070698.4
• 申請日: 2013-06-14
• 公開（公告）號: CN107779506B
• 公開（公告）日: 2022-07-15
• 發明（設計）人: 趙慧君;盧煜明;陳君賜;江培勇
• 申請（專利權）人: 香港中文大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6827
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.確定受試者中癌癥等級的分類的系統，所述系統包括：

用于獲得所述受試者的基因組的一致性序列的裝置；

用于接收所述受試者的生物樣品中的多個DNA片段中每一個的一或多個序列標簽的裝置，所述生物樣品包括無細胞的DNA；

用于確定所述序列標簽的基因組位置的裝置；

用于將所述序列標簽與所述一致性序列比較以確定第一基因座的第一數目的裝置，其中：

在每個第一基因座處，相對于所述一致性序列具有單核苷酸變異體的序列標簽的數目高于截止值，所述截止值大于一；

用于基于在所述第一基因座處具有單核苷酸變異體的序列標簽的計數來確定參數的裝置；以及

用于將所述參數與閾值比較來確定所述受試者中癌癥等級的分類的裝置。

2.如權利要求1所述的系統，其中由來自一或多名其它受試者的一或多種樣品確定所述閾值。

3.如權利要求1所述的系統，其中基因座的所述截止值取決于在所述基因座上具有基因組位置的序列標簽的總數目。

4.如權利要求1所述的系統，其中不同截止值用于所述第一基因座中的至少兩個。

5.如權利要求4所述的系統，其進一步包含：

用于動態地確定所述第一基因座之一的第一截止值的裝置，所述第一基因座之一駐留于第一區域內。

6.如權利要求5所述的系統，其中基于所述第一基因座之一的測序深度確定所述第一截止值。

7.如權利要求5所述的系統，其中基于假陽性率確定所述第一截止值，所述假陽性率取決于測序錯誤率、所述第一區域的測序深度和所述第一區域中的核苷酸位置的數目。

8.如權利要求7所述的系統，其中基于所述第一區域中的真實陽性的數目確定所述第一截止值。

9.如權利要求8所述的系統，其進一步包含：

用于基于所述生物樣品中的所述第一區域的測序深度D和源自于腫瘤的DNA百分比濃度f來計算關于所述第一截止值真實陽性的數目的裝置。

10.如權利要求9所述的系統，其中使用根據下式的泊松分布概率計算真實陽性的數目：其中Pb是檢測真實陽性的概率，并且r是所述第一截止值，并且Mp＝D×f/2。

11.如權利要求5所述的系統，其中使用以下準則中的任一者確定所述第一截止值：

如果所述測序深度小于50，那么所述第一截止值是5，

如果所述測序深度是50-110，那么所述第一截止值是6，

如果所述測序深度是111-200，那么所述第一截止值是7，

如果所述測序深度是201-310，那么所述第一截止值是8，

如果所述測序深度是311-450，那么所述第一截止值是9，

如果所述測序深度是451-620，那么所述第一截止值是10，和

如果所述測序深度是621-800，那么所述第一截止值是11。

12.如權利要求1所述的系統，其中所述參數是第一基因座的所述第一數目的加權和，其中每個第一基因座的貢獻值是基于分配給各個第一基因座的權重值來求得。

13.如權利要求1所述的系統，其中所述參數包括在所述第一數目的第一基因座處含有單核苷酸變異體的所述序列標簽的總和。

14.如權利要求13所述的系統，其中所述總和是加權和，并且其中所述第一個第所述一基因座中的第一權重不同于第二個所述第一基因座中的第二權重。

15.如權利要求14所述的系統，其中所述第一權重大于所述第二權重，并且其中第一個所述第一基因座是與癌癥相關，并且第二個所述第一基因座是與癌癥不相關。