[發明專利]一種檢測肉牛KLF8基因CNV標記的方法及其應用

有效

• 申請號: 201711003896.9
• 申請日: 2017-10-24
• 公開（公告）號: CN107619857B
• 公開（公告）日: 2020-06-16
• 發明（設計）人: 黃永震;張靜;鄭立;賀花;徐嘉威;文逸凡;張子敬;黨瑞華;藍賢勇;雷初朝;陳宏;胡沈榮
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

1.一種檢測郟縣牛KLF8基因CNV標記的方法，其特征在于：包括以下步驟：

以郟縣牛基因組DNA為模板，以引物對P1以及引物對P2為引物，分別通過QPCR擴增KLF8基因的CNV區域以及作為內參的BTF3基因的部分片段，然后根據定量結果鑒定郟縣牛KLF8基因的拷貝數變異類型；

所述的引物對P1為：

上游引物F1：5’- TCTTTGTGTGAATGCTGCC -3’

下游引物R1：5’- CCATAACTCTGCTGCTCAC -3’ ；

所述的引物對P2為：

上游引物F2：5’- AACCAGGAGAAACTCGCCAA -3’

下游引物R2：5’- TTCGGTGAAATGCCCTCTCG -3’ ；

所述的拷貝數變異類型是根據2*log₂ 2^?ΔΔCt將定量結果分為的三類：插入型，2*log₂ 2^?ΔΔCt大于2；缺失型，2*log₂ 2^?ΔΔCt小于2；正常型，2*log₂ 2^?ΔΔCt等于2；

郟縣牛KLF8基因CNV標記顯著影響胸寬，作為一個提高郟縣牛生長性狀的候選分子遺傳標記，并且，優勢拷貝數變異類型為缺失型；

所述的KLF8基因的CNV區域位于牛KLF8基因參考基因組序列NC_007331的134933bp-136632bp。

2.如權利要求1所述一種檢測郟縣牛KLF8基因CNV標記的方法，其特征在于：所述的QPCR采用的擴增體系包括10 ng/μL模板DNA 1 μL以及10 pM的引物對P1或引物對P2所對應的上、下游引物各0.5 μL。

3.如權利要求1所述一種檢測郟縣牛KLF8基因CNV標記的方法，其特征在于：所述的QPCR采用的反應程序包括以下步驟：1）預變性：95℃，10 min；2）擴增反應：95℃變性10 s，60℃退火30 s，39個循環。

4.如權利要求1所述一種檢測郟縣牛KLF8基因CNV標記的方法，其特征在于：基于引物對P1擴增的PCR產物片段大小為153 bp，基于引物對P2擴增的PCR產物片段大小為166 bp。

5.如權利要求1-4中任意一項權利要求所述的方法在郟縣牛分子標記輔助選擇育種中的應用，其特征在于：具有缺失型拷貝數變異類型的個體在生長性狀上較優，所述生長性狀為胸寬。