[發明專利]一種用于肺癌驅動基因及易感基因早篩的核酸質譜檢測方法

在審

• 申請號: 201710984492.6
• 申請日: 2017-10-20
• 公開（公告）號: CN107513578A
• 公開（公告）日: 2017-12-26
• 發明（設計）人: 尚小云;劉慧瑩;雷菁;刁波
• 申請（專利權）人: 武漢賽云博生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海精晟知識產權代理有限公司31253
• 代理人: 馮子玲

1.一種用于肺癌驅動基因及易感基因早篩的核酸質譜檢測方法，其特征在于，該方法包括如下步驟：

(1)篩選出可用來評估個體罹患肺癌風險的特異性和敏感性的基因突變位點和易感基因的SNPs位點，并進行位點的組合；

(2)設計步驟(1)的用來評估個體罹患肺癌風險的特異性和敏感性的基因突變位點和易感基因的SNPs位點的擴增引物和單堿基延伸引物；

(3)將步驟(2)中的擴增引物分為6組，各組中所含的各SNP位點和基因突變位點的上下游引物混合，得到對應的6組擴增引物混合液；

(4)對應于步驟(3)中擴增引物分組的方式，將步驟(2)中的單堿基延伸引物分為6組，分別得到6組單堿基延伸引物混合液；

(5)以待測樣本基因組DNA為模板，對步驟(3)中的6組擴增引物混合液分別進行PCR擴增；

(6)蝦堿式磷酸酶消化步驟(5)反應體系中剩余的dNTP；

(7)利用步驟(6)中各組相對應的單堿基延伸引物對步驟(6)消化后的產物進行單堿基延伸反應，獲得延伸產物；

(8)脫鹽樹脂純化延伸產物；

(9)MassARRAY平臺檢測分析進行芯片點樣、掃描，檢測結果使用TYPER4.0軟件(sequenom)分型并輸出結果，通過觀察質譜峰變異堿基處是否出峰來判斷是否存在突變。

2.根據權利要求1所述的一種用于肺癌驅動基因及易感基因早篩的核酸質譜檢測方法，其特征在于：所述用來評估個體罹患肺癌風險的特異性和敏感性的基因突變位點為：EML4-ALK_p.G1269A、EGFR_p.E746_A750del1、EGFR_p.L861Q、ERBB2_p.A775_G776insYVMA、PIK3CA_p.E542K、STK11_p.P281L、EML4-ALK_p.L1196M、PTEN_p.R233*、KRAS_p.G13DAV、ERBB2_p.S310F、PTEN_p.R173CS、c-MET_p.N375S、CD74-ROS1_p.G2032R、BRAF_p.D594GV、KRAS_p.K117N、BRAF_p.G469AEV、KRAS_p.Q61H、EGFR_p.T790M、EGFR_p.E746_A750del2、KRAS_p.G13CRS、EGFR_p.L858R、BRAF_p.V600EAG、DDR2_S768R、CD74-ROS1_p.D2033N、PTEN_p.R173HPL、KRAS_p.A146TPS、EGFR_p.G719X、KRAS_p.G12DVA、KRAS_p.G12CRS。

3.根據權利要求1所述的一種用于肺癌驅動基因及易感基因早篩的核酸質譜檢測方法，其特征在于：所述可用來評估個體罹患肺癌風險的易感基因的SNPs位點為：ERCC2_p.D312N、TERT-CLPTM1L_g.1279849G>C/T、AGPHD1_g.78508074G>A、TNFRSF19_g.24293859A>G、MTMR3_g.30337586T>C、TERT-CLPTM1L_g.1325688A>G、TERT-CLPTM1L_g.1321972C>T、ABCB1_c.*193A>G、MTMR3_g.30598552C>G、BPTF_g.65898809G>A、ROS1-DCBLD1_117786180C>A、TP63_g.189383183C>T、TP63_g.189356261T>C、TERT-CLPTM1L_g.1334614C>T、CYP1A1_p.I462VLF、HLA-DPB1_g.33058874C>T、BTNL2_g.32368087T>C、XRCC1_p.Q399R、TERT-CLPTM1L_g.1286401C>A、ABCC1_c.*866T>A。