[發(fā)明專利]用于篩選長(zhǎng)牡蠣高糖原含量親貝的方法及其相關(guān)引物對(duì)

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710855485.6
• 申請(qǐng)日: 2017-09-20
• 公開（公告）號(hào): CN107354234B
• 公開（公告）日: 2020-12-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張國(guó)范;李莉;孟杰;宋凱;李春燕;劉圣;史瑞輝
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)科學(xué)院海洋研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 沈陽(yáng)科苑專利商標(biāo)代理有限公司 21002
• 代理人: 馬馳

本發(fā)明涉及一種用于篩選長(zhǎng)牡蠣高糖原含量親貝的方法及其相關(guān)SNP標(biāo)記的引物對(duì)。該SNP位點(diǎn)在基因組DNA中存在A和G兩個(gè)等位基因形式；其上下游500bp核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。實(shí)施結(jié)果表明利用該方法可以準(zhǔn)確檢測(cè)該SNP位點(diǎn)，篩選高糖原含量個(gè)體。同時(shí)該位點(diǎn)GG基因型個(gè)體相比較于AA基因型個(gè)體，糖原含量顯著提高4.5％。后續(xù)可以通過(guò)該方法，篩選GG基因型的親貝，指導(dǎo)牡蠣育種。本發(fā)明提供了一個(gè)篩選長(zhǎng)牡蠣高糖原含量個(gè)體的SNP標(biāo)記開發(fā)及其潛在應(yīng)用，其有益效果在于可以在苗種繁育前對(duì)親貝進(jìn)行基因型鑒定，提高子代糖原含量。本研究結(jié)果獲得SNP標(biāo)記可信度更高，適應(yīng)群體的范圍更廣，效果更穩(wěn)定。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于基因工程與遺傳育種領(lǐng)域，涉及到一種用于篩選長(zhǎng)牡蠣高糖原含量親貝的方法及其相關(guān)SNP標(biāo)記的引物對(duì)。

背景技術(shù)

牡蠣是一種重要的海洋水產(chǎn)資源，也是世界上最重要的海水養(yǎng)殖貝類之一。我國(guó)牡蠣養(yǎng)殖規(guī)模和產(chǎn)量多年都穩(wěn)居世界首位，但是長(zhǎng)期以來(lái)，我國(guó)牡蠣只能自產(chǎn)自銷，難以進(jìn)入高端市場(chǎng)。究其原因，主要是由于在養(yǎng)殖和繁育過(guò)程中，只注重牡蠣的高產(chǎn)高量，忽視了其營(yíng)養(yǎng)品質(zhì)的含量。而糖原等營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的高含量是牡蠣最主要的特色之一，其不僅影響牡蠣的肥滿度和產(chǎn)量，同時(shí)影響著牡蠣消費(fèi)口感，是牡蠣產(chǎn)品品質(zhì)的重要組成部分。所以提高糖原等營(yíng)養(yǎng)品質(zhì)的含量并進(jìn)行遺傳改良，是解決我國(guó)牡蠣產(chǎn)業(yè)高產(chǎn)低效現(xiàn)狀的重要途徑。

水產(chǎn)動(dòng)物育種研究起步晚，且目前主要采用傳統(tǒng)的群體選育方法，構(gòu)建家系，其主要弊端在于育種周期長(zhǎng)，見(jiàn)效慢。而近年來(lái)，隨著育種技術(shù)發(fā)展，分子標(biāo)記輔助選育以及全基因組選擇等逐漸應(yīng)用于水產(chǎn)動(dòng)物育種，大大提高了貝類的遺傳育種水平，相比較于傳統(tǒng)育種，顯著提升了性狀的選育效率和精度。同時(shí)利用分子標(biāo)記輔助選擇可以減少盲目性，縮短育種年限，提高育種的效率。而進(jìn)行分子育種關(guān)鍵是獲得可靠的分子標(biāo)記。目前普遍采用的手段是性狀的QTL定位及全基因組關(guān)聯(lián)分析GWAS。雖然QTL 定位方法能夠快速定位與性狀相關(guān)聯(lián)的染色體區(qū)段，在性狀解析方面具有準(zhǔn)確度高的特點(diǎn)。但其基于有限減數(shù)分裂的連鎖分析，定位的基因組大片段的區(qū)域都連鎖在一起，很難精確定位。而全基因組關(guān)聯(lián)分析GWAS的方法則能全基因組范圍內(nèi)對(duì)遺傳變異基因進(jìn)行總體關(guān)聯(lián)分析，將關(guān)聯(lián)位點(diǎn)定位于很小的區(qū)間內(nèi)，顯著提高了定位的準(zhǔn)確度和精度，尤其適用于復(fù)雜性狀的遺傳解析。

盡管GWAS在作物和畜禽的農(nóng)業(yè)生物研究中發(fā)揮了重要作用，但在水產(chǎn)動(dòng)物中還僅有少量報(bào)道。在貝類已有的研究中，分子標(biāo)記開發(fā)主要集中已知的功能基因上，標(biāo)記相對(duì)數(shù)目不多，且不一定能獲得主效位點(diǎn)，無(wú)法對(duì)表型的遺傳調(diào)控機(jī)制有一個(gè)全面的認(rèn)識(shí)。迄今為止，還未有基于全基因組關(guān)聯(lián)分析獲得主效位點(diǎn)的相關(guān)報(bào)道。但隨著長(zhǎng)牡蠣全基因組測(cè)序的完成以及高密度遺傳連鎖圖譜的獲取，本研究團(tuán)隊(duì)率先進(jìn)行了牡蠣關(guān)鍵品質(zhì)性狀的GWAS分析，獲得影響品質(zhì)性狀的關(guān)鍵位點(diǎn)及其基因，其中包括控制糖原含量的主效多態(tài)性位點(diǎn)及關(guān)鍵基因。而本發(fā)明在全基因組關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)上，開發(fā)海量SNP標(biāo)記，解析決定牡蠣糖原含量的遺傳基礎(chǔ)，篩選出與糖原含量極顯著相關(guān)的SNP標(biāo)記，用于篩選高糖原含量個(gè)體。與以往開發(fā)的單個(gè)SNP位點(diǎn)相比，該研究結(jié)果可靠性更強(qiáng)，適用群體范圍更廣。

發(fā)明內(nèi)容：

本發(fā)明的目的是提供一種與長(zhǎng)牡蠣糖原含量相關(guān)的SNP標(biāo)記，為長(zhǎng)牡蠣的分子標(biāo)記輔助選擇提供參考。