[發明專利]基于原子力顯微鏡的啟動子體外強度表征的新方法在審
| 申請號： | 201710692220.9 | 申請日： | 2017-08-14 |
| 公開（公告）號： | CN107368709A | 公開（公告）日： | 2017-11-21 |
| 發明（設計）人： | 張曉娟;許正宏;張曉梅;史勁松;姚智絢 | 申請（專利權）人： | 江南大學 |
| 主分類號： | G06F19/24 | 分類號： | G06F19/24 |
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| 地址： | 214122 江蘇*** | 國省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 基于 原子 顯微鏡 啟動子 體外 強度 表征 新方法 | ||
1.一種基于原子力顯微鏡的啟動子體外強度表征的方法，其特征為，在液體環境中采集得到1000多條啟動子-RNA聚合酶力-距離曲線，設定標準，將采集到的交互作用力-距離曲線進行篩選，剔除無效曲線，得到僅有特異性交互作用的單分子對力曲線；通過對這些曲線進行分析，采集解離力，統計結合概率，做相關性分析和顯著性檢驗。
2.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述啟動子-RNA聚合酶力-距離曲線采集的具體方法是：在液體環境中采用AFM的接觸模式下檢測啟動子與RNA聚合酶間的交互作用，采集交互作用力-距離曲線。
3.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述交互作用力-距離曲線篩選標準是：設定10-40nm的解離距離內出現的最后的交互作用事件為單分子對的特異性交互作用事件。
4.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述得到僅有特異性交互作用的單分子對力曲線的具體方法是：通過分析權3中的這些曲線的交互作用力，繪制特異性作用力分布圖，通過高斯擬合，分析得到最可能的啟動子與聚合酶的交互作用力值，即擬合得到的峰值。
5.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述統計結合概率的具體方法是：存在特異性交互作用事件的曲線的數量占樣本總量的比例即為結合概率。
6.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述做相關性分析的具體方法是：利用R語言計算Pearson相關性系數，計算出來的相關性系數值越接近于1說明相關度越大。
7.如權利要求1所述的方法，其特征是，所述顯著性檢驗是：權6中的相關性系數計算出來后，對其進行統計顯著性檢驗；當計算出來的p值小于或等于0.05時說明相關性具有顯著性水平且具有意義。
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G06F 電數字數據處理
G06F19-00 專門適用于特定應用的數字計算或數據處理的設備或方法
G06F19-10 .生物信息學，即計算分子生物學中的遺傳或蛋白質相關的數據處理方法或系統
G06F19-12 ..用于系統生物學的建模或仿真，例如：概率模型或動態模型，遺傳基因管理網絡，蛋白質交互作用網絡或新陳代謝作用網絡
G06F19-14 ..用于發展或進化的，例如：進化的保存區域決定或進化樹結構
G06F19-16 ..用于分子結構的，例如：結構排序，結構或功能關系，蛋白質折疊，結構域拓撲，用結構數據的藥靶，涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的，例如：基因型–表型關聯，不均衡連接，種群遺傳學，結合位置鑒定，變異發生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用
