[發明專利]檢測鏈特異性效率的成套試劑與方法有效
| 申請號： | 201710684356.5 | 申請日： | 2017-08-11 |
| 公開（公告）號： | CN109385468B | 公開（公告）日： | 2022-08-16 |
| 發明（設計）人： | 宗亮;伍梓靖;姚秋林;謝梅英 | 申請（專利權）人： | 深圳華大基因股份有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869;C40B50/06;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245 | 代理人： | 關暢 |
| 地址： | 518083 廣東省深圳市鹽田*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 檢測 特異性 效率 成套 試劑 方法 | ||
1.鏈特異性轉錄組測序中的鏈特異性效率檢測的成套試劑，由名稱分別為SCS1、SCS2、SCS3、SCS4、SCS5和SCS6的RNA組成；
所述SCS1為序列表中SEQ ID NO:1所示的RNA；
所述SCS2為序列表中SEQ ID NO:2所示的RNA；
所述SCS3為序列表中SEQ ID NO:3所示的RNA；
所述SCS4為序列表中SEQ ID NO:4所示的RNA；
所述SCS5為序列表中SEQ ID NO:5所示的RNA；
所述SCS6為序列表中SEQ ID NO:6所示的RNA。
2.鏈特異性效率的檢測方法，包括：
1）向待建庫的RNA中添加外源RNA，所述外源RNA與生物體內的RNA序列均不一致，得到混合RNA；所述外源RNA為權利要求1所述的成套試劑；
2）對所述混合RNA進行鏈特異性轉錄組文庫構建，得到鏈特異性轉錄組文庫；
3）對所述鏈特異性轉錄組文庫進行高通量測序，得到測序數據；
4）將所述測序數據與所述外源RNA的序列進行比對，計算所述外源RNA的正義比對讀段數目占所述外源RNA的總讀段數目的比例，該比例即為鏈特異性系數，根據所述鏈特異性系數確定鏈特異性效率；
所述外源RNA的正義比對讀段為與所述外源RNA中任一RNA或其任一片段序列相同的讀段。
3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于：所述待建庫的RNA與所述外源RNA的質量比為（0.5-2）×104：1。
4.根據權利要求2或3所述的方法，其特征在于：步驟1）還包括在加入所述外源RNA前將所述待建庫的RNA片段化。
5.根據權利要求2所述的方法，其特征在于：步驟1）還包括11）和12）：
11）富集所述待建庫的RNA中的mRNA，得到mRNA庫；
12）向所述mRNA庫中添加所述外源RNA，得到混合RNA。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于：所述mRNA庫中mRNA與所述外源RNA的質量比小于等于1%；
和/或，步驟12）還包括在加入所述外源RNA前將所述mRNA庫中mRNA片段化。
7.權利要求1所述成套試劑的下述任一應用：
X1、在制備鏈特異性轉錄組測序中的鏈特異性效率產品中的應用；
X2、在鏈特異性轉錄組測序中的鏈特異性效率中的應用。
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