[發明專利]一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201710620230.1
• 申請日: 2017-07-26
• 公開（公告）號: CN107447000B
• 公開（公告）日: 2021-02-02
• 發明（設計）人: 儲明星;劉秋月;周梅;狄冉;王翔宇;胡文萍
• 申請（專利權）人: 內蒙古河套農牧業技術研究院;內蒙古草原宏寶食品股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;王璐

本發明涉及分子標記檢測技術，具體公開了一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記及其應用，通過對綿羊第17號染色體上第71874104bp位點(XM_015101463.1，基于綿羊基因組序列信息版本號Oar_v4.0，2015年12月)的核苷酸進行單核苷酸型檢測，根據檢測結果判定綿羊HIRA基因為純合或雜合，并預測經產母羊窩平均產羔數。利用此方法可對組蛋白調節(histone regulation,HIRA)基因的SNP位點實現自動化檢測。通過對綿羊HIRA基因型進行選擇，可以將具有高產羔數性狀的AG雜合個體和GG純合個體選留下來，從而提高綿羊的繁殖力，對綿羊大規模分子育種具有潛在的應用價值。

技術領域

本發明涉及分子標記檢測技術，具體地說，涉及一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記及其應用。

背景技術

產羔數性狀是綿羊最重要的經濟性狀之一，因其受微效多基因控制且遺傳力低，難以用常規育種方法來快速改良，而分子技術能有效快速地提高其遺傳進展，因此鑒定與產羔數相關的主效基因或分子遺傳標記是現代分子育種的關鍵。

HIRA基因位于綿羊17號染色體上，包含27個外顯子，編碼區總長3276bp，編碼蛋白含1091個氨基酸,該基因在彩鯽、爪蟾、雞、小鼠、人之間具有非常高的同源性。另外，組織特異性表達分析表明，該基因可能在維持卵巢功能方面發揮一定作用。Nashun等研究發現HIRA對于小鼠卵子發生過程中的轉錄調節和DNA甲基化作用有著非常關鍵的作用。

李衛等研究發現，HIRA基因在斑馬魚胚胎發育的不同時期表達水平不同，HIRA基因在斑馬魚成熟的卵中表達量較高，受精后30min 表達量迅速下降，到尾芽期其表達水平又有所恢復。HIRA基因在受精后其表達量低，可能是HIRA基因的mRNA用于胚胎早期發育所需的一些蛋白質的合成。有研究表明，在脊椎動物中，HIRA基因突變會導致胚胎發育不能完成。

郭秋紅等和Wang等研究了HIRA基因在魚類(銀鯽和彩鯽)卵子發生和胚胎發育過程中的作用，以探討其在魚類卵子發生、胚胎發育和雌核發育中的調控作用。結果發現，HIRA蛋白在銀鯽Ⅰ期卵母細胞中沒有表達，在Ⅱ期卵母細胞的細胞質中有弱表達，在Ⅲ期早期卵母細胞的周邊有強烈表達。而在彩鯽Ⅰ期卵母細胞中就有HIRA蛋白的弱表達，在Ⅱ期時HIRA蛋白在細胞質中大量表達，Ⅲ期早期卵母細胞的細胞質中有弱表達。HIRA mRNA和蛋白質在銀鯽和彩鯽早期卵母細胞中有較強表達，且在銀鯽和彩鯽卵子發生過程中沒有顯著差異，說明其可能對于脊椎動物卵子發生和減數分裂沒有顯著影響，而是在受精或胚胎發育過程中起作用。

然而，目前關于HIRA基因在綿羊繁殖過程中的具體作用研究幾乎沒有，通過對10個綿羊品種99個綿羊個體進行全基因組重測序并將其分為單羔組和多羔組，并通過Fst值計算獲得了大量的有效SNP位點并篩選獲得一些基因，其中包括HIRA基因。因此，對其進行研究有助于挖掘出更多與綿羊產羔數相關的分析標記。傳統的基因型檢測方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)檢測方法，這些方法通量較低，程序繁多，較難實現高通量自動化測定。

發明內容

本發明的目的是提供一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記及其應用，并提供了一種利用Sequenom 技術檢測綿羊 HIRA基因型的方法。

本發明的技術方案如下：

本發明首先提供一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記，其含有一個與綿羊多羔相關的SNP位點，該位點位于綿羊第17號染色體上第 71874104bp位點(XM_015101463.1，基于綿羊基因組序列信息版本號Oar_v4.0，2015年12月)，該位點的堿基存在A/G突變，與綿羊多羔具有顯著的相關性。