[發明專利]一種與綿羊多羔相關的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201710620230.1
• 申請日: 2017-07-26
• 公開（公告）號: CN107447000B
• 公開（公告）日: 2021-02-02
• 發明（設計）人: 儲明星;劉秋月;周梅;狄冉;王翔宇;胡文萍
• 申請（專利權）人: 內蒙古河套農牧業技術研究院;內蒙古草原宏寶食品股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;王璐

1.一種SNP分子標記在鑒定綿羊多羔性狀中的應用，其特征在于，所述SNP分子標記在2015年12月公開的綿羊基因組序列信息版本號Oar_v4.0的綿羊第17號染色體上第71874104bp位點上存在A/G堿基突變，所述SNP分子標記位于XM_015101463.1上，與綿羊多羔具有顯著的相關性。

2.用于SequenomSNP技術檢測綿羊HIRA基因型的引物組合，其特征在于，

PCR擴增引物的核苷酸序列如下：

上游引物F：

5’-ACGTTGGATGAAACGAAACCAGAGCTCTCC-3’；

下游引物R：

5’-ACGTTGGATGTGTGCAGAGGGTCTGATAAC-3’；

延伸引物的核苷酸序列如下：

S1：5’-GGGCCCGGCAACCGAGTTAGTC-3’。

3.含有權利要求2所述引物組合用于SequenomSNP技術檢測綿羊HIRA基因型的試劑盒。

4.根據權利要求3所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反應緩沖液和SAP酶。

5.根據權利要求3或4所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括標準陽性模板。

6.利用SequenomSNP技術檢測綿羊HIRA基因型的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)提取待測綿羊的基因組DNA；

2)以待測綿羊的基因組DNA為模板，利用權利要求2所述擴增引物F和R，進行PCR擴增反應；

3)用SAP酶對PCR擴增產物進行消化；

4)以消化后的PCR擴增產物為模板，利用權利要求2所述延伸引物進行延伸反應；

5)分析延伸產物，從而對綿羊HIRA基因型進行判定。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟2)中PCR擴增反應使用的反應體系以5μL計為：20-50ng/μL基因組DNA 1μL，10×PCR反應緩沖液0.5μL，25mmol/L MgCl₂ 0.4μL，25μmol/L dNTPs 0.1μL，PCR Primer mix 1μL，5U/μL Taq DNA聚合酶0.2μL，去離子水補齊至5μL；

PCR擴增反應的擴增程序為：95℃2min；95℃30s，56℃30s，72℃60s，45個循環；72℃5min。

8.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟3)中對PCR擴增產物進行消化，使用的SAP酶消化體系以2μL計為：SAP Buffer 0.17μL，SAP Enzyme 0.3μL，去離子水補齊至2μL；

反應條件為：37℃40min，85℃15min，25℃保存。

9.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟4)中延伸反應體系以2μL計為：iplexBuffer 0.2μL，Terminator mix 0.2μL，Extend primer mix 0.94μL，iplex Enzyme 0.041μL，去離子水補齊至2μL；

延伸反應條件為：94℃30s；94℃5s，52℃5s，80℃5s 5個循環，40個循環；72℃3min。

10.權利要求6-9任一項所述方法在綿羊分子標記輔助育種中的應用。