[發明專利]一種環狀探針和基于環狀探針捕獲的測序文庫構建方法在審
| 申請號： | 201710576708.5 | 申請日： | 2017-07-14 |
| 公開（公告）號： | CN109252224A | 公開（公告）日： | 2019-01-22 |
| 發明（設計）人： | 蕭卓;劉華勇;袁劍穎;石先燈;李英鎮 | 申請（專利權）人： | 深圳華大基因股份有限公司 |
| 主分類號： | C40B50/06 | 分類號： | C40B50/06;C12N15/11 |
| 代理公司： | 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281 | 代理人： | 孫銀行;彭家恩 |
| 地址： | 518083 廣東省深圳市鹽田*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 環狀探針 靶標核酸 擴增 捕獲 測序文庫 通用序列 通用引物 雜交 構建 探針 線性核酸分子 退火 核酸外切酶 多重擴增 環狀分子 末端連接 線性核酸 聚合酶 均一性 連接酶 首尾 相向 引物 消化 | ||
1.一種基于環狀探針捕獲的測序文庫構建方法，其特征在于，所述方法包括：
將環狀探針與靶標核酸退火雜交，其中所述環狀探針為線性核酸探針，其包括兩個末端的特異性臂區和中間的通用序列，其中所述特異性臂區用于與所述靶標核酸雜交，雜交后探針的兩個末端首尾相向，所述通用序列用于連接兩個末端的特異性臂區并作為通用引物的識別區域；
在聚合酶和連接酶的作用下，使所述環狀探針的3’末端以所述靶標核酸為模板進行擴增并與5’末端連接形成環狀分子；和
加入核酸外切酶將線性核酸分子消化。
2.根據權利要求1所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述通用引物是帶有測序接頭的引物；所述核酸外切酶將線性核酸分子消化之后，加入所述通用引物進行PCR擴增。
3.根據權利要求1所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述通用引物是不帶測序接頭的引物；所述核酸外切酶將線性核酸分子消化之后，加入所述通用引物進行PCR擴增；所述PCR擴增之后，將擴增產物連接上測序接頭；
優選地，所述擴增產物連接上測序接頭之后，環化并通過滾環復制制備DNA納米球。
4.根據權利要求1所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述核酸外切酶將線性核酸分子消化之后，通過滾環復制制備DNA納米球。
5.根據權利要求1至4任一項所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述環狀探針的兩個末端的特異性臂區長度各自為15~30個堿基。
6.根據權利要求1至4任一項所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述環狀探針的中間的通用序列長度從25個堿基到數百個堿基。
7.根據權利要求1至4任一項所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述環狀探針的的GC含量是30~70%，優選40~60%。
8.根據權利要求1至4任一項所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述環狀探針的中間的通用序列中包括一段隨機序列。
9.根據權利要求1至4任一項所述的測序文庫構建方法，其特征在于，所述通用引物的5’端包括不同的酶切位點以適應不同的測序平臺接頭。
10.一種用于測序文庫構建的環狀探針，其特征在于，所述環狀探針用于與靶標核酸退火雜交，所述環狀探針為線性核酸探針，其包括兩個末端的特異性臂區和中間的通用序列，其中所述特異性臂區用于與所述靶標核酸雜交，雜交后探針的兩個末端首尾相向，所述通用序列用于連接兩個末端的特異性臂區并作為通用引物的識別區域。
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