[發明專利]一種快速和高效質檢文庫的引物序列組及方法有效

申請號：	201710575320.3	申請日：	2017-07-14
公開（公告）號：	CN107217102B	公開（公告）日：	2018-09-28
發明（設計）人：	余越美;王瑞超;李海偉;屈武斌;蔡萬世	申請（專利權）人：	艾吉泰康生物科技（北京）有限公司
主分類號：	C12Q1/6869	分類號：	C12Q1/6869;C12N15/11
代理公司：	北京匯知杰知識產權代理事務所(普通合伙) 11587	代理人：	蔡倫
地址：	102206 北京市昌平區北京市中關***	國省代碼：	北京;11
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摘要：
搜索關鍵詞：	一種快速高效質檢文庫引物序列方法
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【說明書】：

本發明公開了一種快速和高效對文庫進行質控的引物序列組及方法。所述引物組為NGS?Lqc?L1?F，NGS?Lqc?L1?R；NGS?Lqc?M1?F，NGS?Lqc?M1?R；NGS?Lqc?H1?F，NGS?Lqc?H1?R。本發明人通過對基因組的GC含量為高、中和低三個區域設計3對引物，以基因組作為對照組，對建好的文庫和基因組進行Qpcr實驗，根據低GC擴增倍數/中GC擴增倍數的比值與1的關系對文庫的質量好壞進行判斷。

技術領域

本發明屬于高通量測序領域，更具體涉及一種快速和高效對文庫進行質控的引物序列組及方法。

背景技術

隨著二代測序技術的發展，常規的液相捕獲流程分為：打斷、建庫和捕獲。此過程從基因組的打斷、捕獲和上機測序和數據分析至少需要6-7天時間，目前除了Qbit和2100分別對文庫濃度和片段大小進行質控外，沒有一種有效快速的方法可以對建庫結果的好壞進行評判。而文庫質量的好壞對測序結果具有至關重要的作用，為了對文庫質量進行效地判斷，從而節約時間和測序成本，因此本領域急需快速質檢文庫的技術。

發明內容

針對本領域中存在的問題。本發明人通過對基因組的GC含量為高、中和低三個區域設計3對引物，以基因組作為對照組，對建好的文庫和基因組進行Qpcr實驗，根據低GC擴增倍數/中GC擴增倍數的比值與1的關系對文庫的質量好壞進行判斷。

因此，在第一方面，本發明提供了一種快速對文庫進行質控的方法，所述方法包括：

1)通過NGS-Lqc-L1、NGS-Lqc-M1和NGS-Lqc-H1這3對引物打斷的對參照DNA和待測文庫進行Qpcr實驗，檢測每對引物對應于參照DNA和待測文庫的6個ct值ct1-ct6，其中：

Ct1是指NGS-Lqc-L1這對引物對參照DNA進行Qpcr擴增之后的ct值；

Ct4是指NGS-Lqc-L1這對引物對待測文庫進行Qpcr擴增之后的ct值；

Ct2是指NGS-Lqc-M1這對引物對參照DNA進行Qpcr擴增之后的ct值；

Ct5是指NGS-Lqc-M1這對引物對要檢測文庫進行Qpcr擴增之后的ct值；

Ct3是指NGS-Lqc-H1這對引物對參照DNA進行Qpcr擴增之后的ct值；

Ct6是指NGS-Lqc-H1這對引物對要檢測文庫進行Qpcr擴增之后的ct值；

2)計算M＝低GC擴增倍數/中GC擴增倍數低，N＝高GC擴增倍數/中GC擴增倍數的值，計算公式為M＝2^(ct1-ct4)/2^(ct2-ct5)，N＝2^(ct3-ct6)/2^(ct2-ct5)，

3)待測文庫均一性判斷：M值在0.3以上，優選在0.37以上，并且越接近1，表示待測文庫的均一性越好；同時N>1。