[發(fā)明專利]凡納濱對(duì)蝦功能基因EST-SSR標(biāo)記及其特異性引物和檢測(cè)方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710471855.6
• 申請(qǐng)日: 2017-06-20
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107287296B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-06-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 任春華;江曉;黃文;陳廷;胡超群
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)科學(xué)院南海海洋研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 廣州科粵專利商標(biāo)代理有限公司 44001
• 代理人: 劉明星

本發(fā)明公開(kāi)了一種凡納濱對(duì)蝦功能基因EST?SSR標(biāo)記及其特異性引物和檢測(cè)方法。本發(fā)明的EST?SSR標(biāo)記編號(hào)分別為L(zhǎng)v?F008、Lv?F010、Lv?F014、Lv?F016、Lv?F028、Lv?F032、Lv?F047和Lv?F056。本發(fā)明獲得的8個(gè)EST?SSR標(biāo)記的等位基因數(shù)分別為4、3、5、6、5、7、3和10個(gè)，觀測(cè)雜合度、期望雜合度和PIC值均大于0.5，說(shuō)明這8個(gè)EST?SSR標(biāo)記均具有高度多態(tài)性，可用于凡納濱對(duì)蝦種質(zhì)資源的遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性分析、分子指紋圖譜構(gòu)建和分子標(biāo)記輔助育種。

技術(shù)領(lǐng)域：

本發(fā)明屬于分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及凡納濱對(duì)蝦功能基因EST-SSR標(biāo)記及其特異性引物和檢測(cè)方法。

背景技術(shù)：

微衛(wèi)星(microsatellite)，又稱簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSRs)或短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STRs)，為共顯性標(biāo)記，具有多態(tài)性豐富、重復(fù)性好、遺傳穩(wěn)定和可檢測(cè)雜合子等優(yōu)點(diǎn)，彌補(bǔ)了擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(amplified fragmentlength polymorphism,AFLP)和隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性(random amplified polymorphic DNA,RAPD)等技術(shù)的不足，是目前在水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物種群遺傳結(jié)構(gòu)研究和遺傳育種領(lǐng)域應(yīng)用較廣泛的分子標(biāo)記技術(shù)。隨著功能基因組學(xué)的發(fā)展，表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tags,ESTs)成為開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記的重要資源。EST-SSR作為一種新型分子標(biāo)記，除具有傳統(tǒng)SSR標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)外，因其反映的是轉(zhuǎn)錄區(qū)的差異，其多態(tài)性可能與基因功能直接相關(guān)。因此，與傳統(tǒng)的SSR標(biāo)記相比，EST-SSR標(biāo)記在分子標(biāo)記輔助選擇育種領(lǐng)域具有更高的應(yīng)用價(jià)值。

凡納濱對(duì)蝦(Litopenaeus vannamei)俗稱南美白對(duì)蝦，是全世界產(chǎn)量最大的養(yǎng)殖對(duì)蝦。在我國(guó)，凡納濱對(duì)蝦養(yǎng)殖區(qū)域遍布于全國(guó)沿海的海水養(yǎng)殖區(qū)和內(nèi)陸的淡水養(yǎng)殖區(qū)，是我國(guó)水產(chǎn)養(yǎng)殖的支柱性產(chǎn)業(yè)。迄今為止，凡納濱對(duì)蝦EST-SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)較少，與功能基因相關(guān)聯(lián)的EST-SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)則更少，僅在凡納濱對(duì)蝦滲透壓調(diào)節(jié)相關(guān)功能基因中篩選到5個(gè)EST-SSR標(biāo)記。本發(fā)明基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的凡納濱對(duì)蝦EST序列，利用滲透壓調(diào)節(jié)相關(guān)功能基因之外的其他功能基因的EST序列進(jìn)行EST-SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)，從而為凡納濱對(duì)蝦遺傳多樣性研究、遺傳圖譜構(gòu)建和進(jìn)化分析奠定基礎(chǔ)，同時(shí)為凡納濱對(duì)蝦分子標(biāo)記輔助育種提供有價(jià)值的分子標(biāo)記。

發(fā)明內(nèi)容：

本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)中的不足，提供一種凡納濱對(duì)蝦功能基因EST-SSR標(biāo)記及其特異性引物和檢測(cè)方法。為凡納濱對(duì)蝦遺傳關(guān)系分析及分子標(biāo)記輔助育種提供有價(jià)值的分子標(biāo)記。

本發(fā)明的第一個(gè)目的是提供一種凡納濱對(duì)蝦功能基因EST-SSR標(biāo)記，所述的EST-SSR標(biāo)記編號(hào)分別為L(zhǎng)v-F008、Lv-F010、Lv-F014、Lv-F016、Lv-F028、Lv-F032、Lv-F047和Lv-F056；

所述的Lv-F008的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

所述的Lv-F010的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

所述的Lv-F014的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

所述的Lv-F016的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

所述的Lv-F028的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；

所述的Lv-F032的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；

所述的Lv-F047的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；

所述的Lv-F056的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示。