[發(fā)明專(zhuān)利]用于檢測(cè)肝癌的基因標(biāo)志物及其用途

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710461410.X
• 申請(qǐng)日: 2017-06-16
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107142320B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-03-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陸星宇;宋艷群;彭萊
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 上海易畢恩基因科技有限公司;上海易畢恩生物技術(shù)有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6886
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6886
• 代理公司: 北京市金杜律師事務(wù)所 11256
• 代理人: 孟凡宏;王月

本發(fā)明涉及針對(duì)乙肝患者的用于檢測(cè)肝癌的基因標(biāo)志物及其用途。本發(fā)明還涉及使用所述基因標(biāo)志物對(duì)肝癌進(jìn)行檢測(cè)的方法。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及肝癌的臨床分子診斷的領(lǐng)域。具體地，本發(fā)明涉及通過(guò)高通量測(cè)序檢測(cè)肝癌基因標(biāo)志物的5-羥甲基胞嘧啶含量從而檢測(cè)肝癌是否存在的方法和試劑盒。

背景技術(shù)

肝癌是最常見(jiàn)的全球惡性腫瘤之一。據(jù)世界衛(wèi)生組織2008年統(tǒng)計(jì)，全球每年新發(fā)病748300例，死亡695900例，其中50％以上發(fā)生在中國(guó)。據(jù)統(tǒng)計(jì)，我國(guó)每年新發(fā)肝癌40余萬(wàn)例，約85％以上的肝癌患者曾感染乙肝病毒。中國(guó)現(xiàn)有慢性乙肝感染者占全球的四分之一，肝癌病例占全世界的一半，慢性肝炎感染帶來(lái)了的巨大疾病和醫(yī)療負(fù).擔(dān)。

乙肝病毒感染是誘發(fā)肝癌的重要因素。實(shí)際上，乙型肝炎感染或者肝硬化不僅被視為腫瘤病因?qū)W的危險(xiǎn)因素，而且還是腫瘤發(fā)展的早期/中期(即“癌前狀態(tài)”)，其與導(dǎo)致(通常為良性)非侵襲性贅生物的過(guò)度增殖性組織生長(zhǎng)(隨之可發(fā)展為惡性腫瘤如HCC)相關(guān)。

目前對(duì)于乙肝患者這類(lèi)肝癌的高危人群，臨床主要通過(guò)頻繁篩查的方式，希望能對(duì)肝癌早發(fā)現(xiàn)、早治療。通常要求乙肝患者每半年做一次超聲檢查，或者檢查血液中的甲胎蛋白(AFP)含量，以便了解是否轉(zhuǎn)化為肝癌。然而，影像學(xué)易受操作者經(jīng)驗(yàn)影響，并且依賴(lài)于設(shè)備，費(fèi)用昂貴，尤其是在醫(yī)療資源有限的情況下，其準(zhǔn)確率難以保證，難以廣泛和常規(guī)應(yīng)用。甲胎蛋白檢測(cè)靈敏度很難超過(guò)60％，但AFP對(duì)早期肝癌的靈敏度和特異性都不高，例如在一些非肝癌的慢性肝病患者，如很多慢性肝炎和肝硬化患者中，血清AFP也升高。這使得多數(shù)患者一旦確診即為肝癌的晚期，失去了最佳的治療時(shí)期。

因此，尋找新的肝癌標(biāo)志物，尤其是針對(duì)乙肝高危人群的肝癌診斷標(biāo)志物對(duì)于提高早期肝癌的診斷率，實(shí)現(xiàn)早期干預(yù)治療，降低肝癌病死率具有非常重要的意義。

發(fā)明內(nèi)容

發(fā)明人通過(guò)對(duì)乙肝樣品和帶有乙肝的肝癌樣品進(jìn)行高通量測(cè)序，并對(duì)其中各基因上的5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC)含量進(jìn)行分析，出乎意料地發(fā)現(xiàn)了多個(gè)極具信息的可用于檢測(cè)肝癌的基因標(biāo)志物。

因此，本發(fā)明的第一個(gè)方面涉及針對(duì)乙肝患者的用于檢測(cè)肝癌的基因標(biāo)志物，包括一個(gè)或多個(gè)選自以下的基因：骨形成蛋白3(BMP3)、包含布羅莫結(jié)構(gòu)域和PHD指的蛋白3(BRPF3)、頂蓋蛋白1(CPNE1)、Fc受體樣3(FCRL3)、白細(xì)胞介素1受體類(lèi)型2(IL1R2)、N-脫乙酰基酶和N-磺基轉(zhuǎn)移酶4(NDST4)、蛋白磷酸酶2支架亞基α(PPP2R1A)、絲氨酸/蘇氨酸激酶35(STK35)酪氨酸酶相關(guān)蛋白1(TYRP1)、尿苷-胞苷激酶2(UCK2)和鋅指蛋白254(ZNF254)。優(yōu)選的，所述基因標(biāo)志物包括至少兩個(gè)、至少三個(gè)、至少四個(gè)、至少五個(gè)、至少六個(gè)、至少七個(gè)、至少八個(gè)、至少九個(gè)、至少十個(gè)或至少十一個(gè)選自以下的基因：BPM3、BRPF3、CPNE1、FCRL3、IL1R2、NDST4、PPP2R1A、STK35、TYRP1、UCK2和ZNF254。更優(yōu)選的，所述基因標(biāo)志物包括BPM3、BRPF3、CPNE1、FCRL3、IL1R2、NDST4、PPP2R1A、STK35、TYRP1、UCK2和ZNF254。

本發(fā)明還涉及上述基因標(biāo)志物在檢測(cè)肝癌中的用途。

本發(fā)明的第二個(gè)方面涉及針對(duì)乙肝患者的用于檢測(cè)肝癌的方法，包括以下步驟：

(a)測(cè)定乙肝樣品和帶有乙肝的受試者樣品中本發(fā)明所述的基因標(biāo)志物的5-hmC的含量；

(b)用乙肝樣品中所述基因標(biāo)志物的5-hmC含量作為參照，將帶有乙肝的受試者樣品中對(duì)應(yīng)的基因標(biāo)志物的5-hmC含量標(biāo)準(zhǔn)化；

(c)對(duì)經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的所述基因標(biāo)志物的5-hmC含量進(jìn)行數(shù)學(xué)關(guān)聯(lián)，并獲得評(píng)分；和

(d)根據(jù)所述評(píng)分P獲得檢測(cè)結(jié)果，評(píng)分P大于0.5表明所述帶有乙肝的受試者樣品患有肝癌。