[發(fā)明專(zhuān)利]人類(lèi)親權(quán)鑒定用多重PCR引物組及檢測(cè)方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710456569.2
• 申請(qǐng)日: 2017-06-15
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN107217095B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-06-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 田榮榮;洪小龍;楊呈勇
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 廣東騰飛基因科技股份有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 天津?yàn)I?？凭曋R(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 12211
• 代理人: 李莎

本發(fā)明優(yōu)化了SNP位點(diǎn)在親權(quán)鑒定檢測(cè)中的篩選條件，并依據(jù)篩選條件構(gòu)建了由SNP遺傳標(biāo)記位點(diǎn)組成的多重PCR引物組，采用該引物組進(jìn)行人類(lèi)親權(quán)鑒定能夠克服懷孕早期無(wú)創(chuàng)親子鑒定的不足，準(zhǔn)確度高，可應(yīng)用于司法鑒定以及法醫(yī)學(xué)研究中。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及醫(yī)療檢測(cè)領(lǐng)域，通過(guò)使用特定的SNP標(biāo)記組合對(duì)人類(lèi)親權(quán)關(guān)系進(jìn)行檢測(cè)，具體涉及表一中部分或全部核苷酸序列以及檢測(cè)方法。

背景技術(shù)

親權(quán)鑒定是指通過(guò)對(duì)人類(lèi)遺傳標(biāo)記的檢測(cè)，根據(jù)遺傳規(guī)律分析，對(duì)個(gè)體之間血緣關(guān)系的鑒定。目前用于親權(quán)鑒定的方法是DNA分析，由于最早時(shí)的第一代遺傳標(biāo)記--限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)具有自身的局限性，檢測(cè)過(guò)程費(fèi)時(shí)費(fèi)力，且一次僅能檢測(cè)一個(gè)位點(diǎn)，多態(tài)性程度較低，因此在親權(quán)鑒定中的應(yīng)用逐漸減少；此后以第二代遺傳標(biāo)記--短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)為主的分型技術(shù)成為個(gè)體識(shí)別與親權(quán)鑒定研究中使用頻率最高的分子標(biāo)記，它具有信息量大、分布廣泛、易于檢測(cè)、多態(tài)性程度高且遵循孟德?tīng)柟诧@性遺傳等特點(diǎn)。在應(yīng)用STR進(jìn)行親權(quán)鑒定時(shí)，檢測(cè)的基因座需要達(dá)到15-20個(gè)，若出現(xiàn)3個(gè)及3個(gè)以上違反遺傳規(guī)律的基因座，則可排除親權(quán)關(guān)系。然而，近年來(lái)發(fā)現(xiàn)STR標(biāo)記判型錯(cuò)誤率較高，重復(fù)性差，會(huì)直接影響親權(quán)鑒定的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。

單核苷酸多態(tài)性(SNP)作為繼RFLP和STR后的第三代遺傳標(biāo)記，越來(lái)越多地受到人們的關(guān)注。目前大量的SNP標(biāo)記已經(jīng)被應(yīng)用于基因功能研究和疾病的關(guān)聯(lián)分析中，并已逐漸取代STR，成為首選的遺傳標(biāo)記，SNP標(biāo)記因其具有分布廣泛，數(shù)量豐富，遺傳穩(wěn)定，高通量檢測(cè)快速準(zhǔn)確等其他標(biāo)記無(wú)法比擬的優(yōu)勢(shì)，因此在無(wú)創(chuàng)親子鑒定領(lǐng)域中成為新興熱門(mén)的鑒定方法。

起初，孕婦懷孕期間，但又不確定懷孕的胎兒父親是誰(shuí)，能解決的方法是在懷孕期間進(jìn)行絨毛膜取樣或羊膜穿刺，但這會(huì)帶來(lái)流產(chǎn)的風(fēng)險(xiǎn)，另外的一種方法是等胎兒出生后再去鑒定生父。直到1997年，Lo等人研究證實(shí)，孕婦的血液中存在胎兒游離DNA，這為無(wú)創(chuàng)親子鑒定提供了技術(shù)依據(jù)。

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，基于SNP標(biāo)記位點(diǎn)對(duì)在懷孕期間對(duì)胎兒進(jìn)行無(wú)創(chuàng)親子鑒定成為親權(quán)鑒定的主要發(fā)展方向。但用于無(wú)創(chuàng)鑒定的胎兒游離DNA數(shù)量有限，SNP標(biāo)記分布眾多，富集過(guò)程容易導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果讀取(Reads)數(shù)目分布差異較大，背景噪音引起結(jié)果偏差，基因組突變差異對(duì)SNP遺傳差異造成較大干擾，容易造成懷孕早期無(wú)創(chuàng)檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性降低。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明創(chuàng)造旨在提出一組人類(lèi)親權(quán)鑒定用多重PCR引物組及檢測(cè)方法，能夠克服懷孕早期無(wú)創(chuàng)親子鑒定的不足，準(zhǔn)確度高，可應(yīng)用于司法鑒定以及法醫(yī)學(xué)研究中。

本發(fā)明創(chuàng)造提供的人類(lèi)親權(quán)鑒定用多重PCR引物組，所涉及的SNP位點(diǎn)及引物滿(mǎn)足以下條件：

T1：常染色體上SNP位點(diǎn)的MAF值大于0.4；

T2：X染色體上SNP位點(diǎn)的MAF值大于0.3；

T3：Y染色體上SNP位點(diǎn)的MAF值大于0.1；

T4：MAF的頻率在北京人種和亞洲人種中同時(shí)要滿(mǎn)足上述T1,T2,T3頻率要求；

T5：所選的SNP位點(diǎn)不能位于人類(lèi)常見(jiàn)CNV區(qū)域；

T6：所選SNP位點(diǎn)與其相鄰3bp組成的區(qū)域不能是3個(gè)或3個(gè)以上相同的堿基重復(fù)序列；

T7：所選SNP位點(diǎn)與其左右50bp組成的區(qū)域不能存在循環(huán)(Repeat)序列；

T8：所選SNP位點(diǎn)上已知的基因型不能超過(guò)兩種；

T9：所選SNP位點(diǎn)之間的距離要大于4,000,000bp；

T10：對(duì)SNP左右75bp進(jìn)行發(fā)夾結(jié)構(gòu)，二聚體的預(yù)測(cè)，去除存在發(fā)夾結(jié)構(gòu)或二聚體的SNP位點(diǎn)；