[發明專利]人類親權鑒定用多重PCR引物組及檢測方法

有效

• 申請號: 201710456569.2
• 申請日: 2017-06-15
• 公開（公告）號: CN107217095B
• 公開（公告）日: 2021-06-04
• 發明（設計）人: 田榮榮;洪小龍;楊呈勇
• 申請（專利權）人: 廣東騰飛基因科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 天津濱?？凭曋R產權代理有限公司 12211
• 代理人: 李莎

1.一種人類親權鑒定用多重PCR引物組，所涉及的SNP位點及引物滿足以下條件：

T1：常染色體上SNP位點的MAF值大于0.4；

T2：X染色體上SNP位點的MAF值大于0.3；

T3：Y染色體上SNP位點的MAF值大于0.1；

T4：MAF的頻率在北京人種和亞洲人種中同時要滿足上述T1,T2,T3頻率要求；

T5：所選的SNP位點不能位于人類常見CNV區域；

T6：所選SNP位點與其相鄰3bp組成的區域不能是3個以上相同的堿基重復序列；

T7：所選SNP位點與其左右50bp組成的區域不能存在循環(Repeat)序列；

T8：所選SNP位點上已知的基因型不能超過兩種；

T9：所選SNP位點之間的距離要大于4,000,000bp；

T10：對SNP左右75bp進行發夾結構，二聚體的預測，去除存在發夾結構或二聚體的SNP位點；

T11：把SNP左右50bp的序列切割成30bp k-mer，重新比對到基因組，比對質量相加，最大者優先選擇；

T12：對上述所選SNP位點進行高通量測序，進行重復測序實驗，計算每個SNP位點測得的reads數目中位數，計算這些中位數的標準差，去除中位數大于或小于標準差3倍的SNP位點；

所述多重PCR引物組包括表一所示的714對引物組中的前415對以上的引物組。

2.一組由SNP遺傳標記位點組成的多重PCR引物組，由包括表一中的前415對以上的引物組構成。

3.人類親權鑒定的檢測方法，包括下述步驟：

S1：提取孕婦新鮮外周血漿中的胎兒游離DNA；提取基因組DNA，包括孕婦DNA、疑似父親DNA；

S2：利用權利要求1-2中任一項所述的多重PCR引物組進行多重PCR擴增，分別對疑似父親DNA、孕婦DNA和胎兒游離DNA進行富集；

S3：分別對擴增后的PCR產物進行文庫構建、稀釋后，采用高通量測序方法進行測序；

S4：根據測序結果對疑似父親、孕婦、胎兒的SNP位點對應的基因型進行比對，進行親權關系推斷。

4.根據權利要求3所述的人類親權鑒定的檢測方法，其特征在于，所述疑似父親DNA包括從外周血中提取的gDNA、從干血片中提取的gDNA、從口腔上皮細胞中提取的gDNA、從帶毛囊的毛發中提取的gDNA、或從指甲中提取的gDNA。

5.根據權利要求3所述的人類親權鑒定的檢測方法，其特征在于，所述步驟S3中，高通量測序采用Ion proton平臺或Illumina平臺進行上機測序。

6.根據權利要求3所述的人類親權鑒定的檢測方法，其特征在于，所述步驟S4中，所述親權關系推斷步驟包括：

S4-1：選取測序深度大于200的SNP位點；

S4-2：選取孕婦SNP位點中最大等位基因Reads頻率大于99％的位點；

S4-3：對親權關系進行比對計算，獲得親權關系相關數據。