[發(fā)明專利]一種基于SRAP標記的草果種質(zhì)資源遺傳多樣性分析方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710384549.9
• 申請日: 2017-05-26
• 公開（公告）號: CN107099599B
• 公開（公告）日: 2021-02-23
• 發(fā)明（設計）人: 盧丙越;馬孟莉;孟衡玲;王田濤;雷恩;李春燕;張虹;張薇;蘇一蘭;劉艷紅;袁盛勇
• 申請（專利權(quán)）人: 紅河學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11;G16B40/00;G16B30/00
• 代理公司: 北京眾合誠成知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11246
• 代理人: 夏艷

本發(fā)明公開了一種基于SRAP標記的草果種質(zhì)資源遺傳多樣性分析方法，其中，SRAP標記引物對選自me1?em11、me1?em12、me1?em15、me2?em11、me2?em12、me5?em5、me5?em6、me6?em2、me6?em5、me6?em14、me9?em6或me9?em11中任一對。SRAP?PCR反應體系如下：每25μL的反應體系中含有不含Mg²⁺的10×PCR buffer 3.0μL、Taq酶1U、Mg²⁺1.5mmol/L、dNTP 0.25mmol/L、引物0.2μmol/L和模板DNA 30ng。本發(fā)明為后續(xù)的科學研究提供很好的技術(shù)指導和理論支持。

技術(shù)領域

本發(fā)明屬于分子生物學DNA標記技術(shù)與應用領域，具體地說，涉及一種基于SRAP標記的草果種質(zhì)資源遺傳多樣性分析方法。

背景技術(shù)

草果(Amomum tsaoko Crevost et Lemaire)是姜科豆蔻屬植物中一種多年生草本植物，不僅是我國食品加工業(yè)和輕工業(yè)的重要原料，而且是一種傳統(tǒng)的中藥材，有燥濕、健胃、祛痰、溫中、順氣、抗瘧等功能，還是大眾的調(diào)料食品，國際、國內(nèi)市場需求量大。草果對生長環(huán)境條件要求較高，一般生長在海拔800～1500m的北熱帶和中、南亞熱帶中低山區(qū)，年降雨量在1200～1600mm，年平均氣溫在16～22℃，冬季多霧、濕度大、透光度在40％～50％的陰濕山坡溝谷森林環(huán)境下，主要分布在我國云南、廣西和貴州三省局部地區(qū)，其中云南是草果主產(chǎn)區(qū)，產(chǎn)量約占全國的95％，主要分布在紅河、文山、西雙版納、德宏、保山、思茅、臨滄7個地(州)的31個縣(市)。

分子標記是一種以DNA序列差異性為標記的檢測遺傳多樣性的方法，具有不受外界環(huán)境及基因表達與否的影響，不影響實驗材料的性狀、可標記數(shù)量大及分辨率高等特點，目前被廣泛應用于生物遺傳研究。SRAP(相關(guān)序列擴增多態(tài)性，Sequence—relatedamplified polymorphism)是一種新型的基于PCR的標記系統(tǒng)，由美國加州大學蔬菜系Li與Quiros博士(Li,G.,Quiros,C.F.,2001.Sequence-related amplified polymorphism(SRAP),a new marker system based on a simple PCR reaction:its application tomapping and gene tagging in Brassica.Theor.Appl.Genet.103,455–461.)于2001年在蕓薹屬作物中開發(fā)出來。該標記通過獨特的雙引物設計對基因的ORFs(開放式閱讀框)的特定區(qū)域進行擴增，因不同個體以及物種的內(nèi)含子、啟動子與間隔區(qū)長度不同而產(chǎn)生多態(tài)性。該標記具有簡便、高效、產(chǎn)率高、重復性好、易測序、便于克隆目標片段的特點。目前已成功地應用于作物遺傳多樣性分析、遺傳圖譜的構(gòu)建、重要性狀的標記以及相關(guān)基因的克隆等。但在草果中，應用SRAP分子標記技術(shù)進行種質(zhì)資源鑒定、遺傳多樣性分析的方法尚未見報道。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明針對目前對草果的鑒定仍采用傳統(tǒng)的形態(tài)鑒定法、主要依據(jù)果實的形狀、大小、色澤等進行劃分，形態(tài)性狀易受環(huán)境條件影響，實驗誤差較大，限制了人們對草果資源的鑒定和遺傳多樣性分析的問題，提供了一種相對科學合理有效的基于SRAP標記的草果種質(zhì)資源遺傳多樣性分析方法，可以為后續(xù)的科學研究提供很好的技術(shù)指導和理論支持。

為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明公開了一種用于草果遺傳多樣性分析的SRAP分子標記引物體系，包括12對引物，分別是：

me1-em11：其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.20所示；

me1-em12：其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.21所示；

me1-em15：其核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.24所示；