[發明專利]利用脂質生物標志物預測乳腺癌的方法在審
| 申請號: | 201710313582.2 | 申請日: | 2017-05-05 |
| 公開(公告)號: | CN107092801A | 公開(公告)日: | 2017-08-25 |
| 發明(設計)人: | 王文軍;陳顯揚;薩日娜;馬占青;任素玲;段曉波 | 申請(專利權)人: | 北京騏驥生物技術有限公司 |
| 主分類號: | G06F19/00 | 分類號: | G06F19/00 |
| 代理公司: | 北京遠大卓悅知識產權代理事務所(普通合伙)11369 | 代理人: | 史霞 |
| 地址: | 100000 北京市海淀*** | 國省代碼: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關鍵詞: | 利用 生物 標志 預測 乳腺癌 方法 | ||
技術領域
本發明涉及生物技術領域,尤其涉及一種利用脂質生物標志物預測乳腺癌的方法,能夠準確預測乳腺癌。
背景技術
與其他大多數國家一樣,乳腺癌也成為了中國女性最常見的癌癥;每年中國乳腺癌新發數量和死亡數量分別占全世界的12.2%和9.6%。中國對全球的“貢獻率”逐步增加,主要歸因于中國社會經濟地位的提高和特殊的生育模式。
90年代以來,中國的乳腺癌發病率增長速度是全球的兩倍多,城市地區尤為顯著。目前,乳腺癌是中國女性發病率最高的癌癥,癌癥死亡原因位居第六。截至2008年,中國總計169452例新發乳腺癌,44908例死于乳腺癌,分別占到全世界的12.2%和9.6%。如果這一趨勢保持不變,到2021年,中國乳腺癌患者將高達250萬,發病率將從不到60例/10萬女性(年齡在55歲到69歲之間)增加到超過100例/10萬女性。
目前對乳腺癌的篩查,主要通過X線檢查。然而,中國57%的患者都在一個年齡段發作。這一結果也暗示乳腺X線檢查,不是非常有效的篩查手段,并且具有無法實施的障礙,包括:缺乏令人信服的成本效果分析數據;人群分布廣泛;器材設備缺乏;醫療保險未覆蓋此項目。同時,中國還沒有全國范圍內的篩查項目;所以,開發快速而且高效的乳腺癌生物標志物,具有重要的意義和市場前景。
研究表明,脂質代謝與組織病變有非常直接的聯系,也包括乳腺癌。迄今為止,利用脂質和代謝組的分析手段,發現了39個代謝物與乳腺癌發生有關,包括:黃嘌呤(xanthine),葡萄糖6-磷酸(glucose-6-phosphate),甘露糖-6-磷酸(mannose-6-phosphate),鳥嘌呤(guanine),腺嘌呤(adenine)等等。另外,研究也發現,大部分的磷脂含量在乳腺癌細胞中都顯著升高。特別地,磷脂酰絲氨酸phosphatidylserine(PS)18:0/20:4,磷脂酰肌醇phosphatidylinositol(PI)18:0/20:4,磷脂酰膽堿phosphatidylcholine(PC)18:0/20:4,在乳腺癌細胞中顯著增加;而磷脂酰乙醇胺phosphatidylethanolamine(PE)18:1/18:1和磷脂酰肌醇PI 18:0/18:1顯著降低.
但是,目前為止,還沒有出現能夠利用這些標志物準確預測乳腺癌的預測模型,尤其是針對中國人群的乳腺癌預測模型。
發明內容
本發明的一個目的是解決至少上述問題,并提供至少后面將說明的優點。
本發明還有一個目的是提供一種利用脂質生物標志物預測乳腺癌的方法,能夠快捷、準確、高效地預測乳腺癌。
本發明還有一個目的是提供一種針對中國人群的利用脂質生物標志物預測乳腺癌的方法。
本發明還有一個目的是提供一組針對中國人群的與乳腺癌密切相關的化合物。
為了實現根據本發明的這些目的和其它優點,提供了以下技術方案:
一種利用脂質生物標志物預測乳腺癌的方法,其中,主要包括以下步驟:
步驟1、篩選出正常人組群和乳腺癌組群之間VIP值大于5的排名前9位的差異性化合物R1-R9,分別為表1所示:
表1
步驟2、利用邏輯回歸模型2進行計算,得到TC值,所述邏輯回歸模型2的計算公式為:
TC=3.564+6.135*R6+5.375*R7-1.814*R8-2.943*R9+1.151*R10;
步驟3、根據所得TC值進行判斷,TC=0為否;TC=1為是。
優選的是,步驟1中利用OPLS-DA模型對差異性化合物進行篩選,篩選條件VIP>1。
優選的是,步驟1中篩選的具體方法為:
步驟1.1將樣品進行超高效液相色譜和質譜分析,得到脂質組學數據,將正常人組群和乳腺癌組群分別計為CK及RC;
步驟1.2對脂質組學數據進行標準化操作,利用OPLS-DA模型對CK及RC進行S-plot分布得到S形曲線,并進行強制分組,計算影響CK及RC分組的變量重要性,即得VIP值;
步驟1.3按照VIP值大于1的標準得到10個化合物,并將該10個化合物作為與乳腺癌相關度最高的差異性化合物;
步驟1.4將所得10個化合物按照VIP值大小從高到低排列,取前9位,即得步驟1中所述差異性化合物R1-R9。
優選的是,步驟2中TC值或者用邏輯回歸模型1進行計算,所述邏輯回歸模型1的計算公式為:
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