[發明專利]黃瓜雄性不育基因、分子標記、篩選方法及其用途

有效

• 申請號: 201710313270.1
• 申請日: 2017-05-05
• 公開（公告）號: CN107058552B
• 公開（公告）日: 2020-08-14
• 發明（設計）人: 韓毅科;杜勝利;趙峰月;魏愛民;劉楠;陳正武;付薪蒙
• 申請（專利權）人: 天津科潤農業科技股份有限公司黃瓜研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/29;C07K14/415
• 代理公司: 北京匯知杰知識產權代理有限公司 11587
• 代理人: 楊巍;蔡倫

1.一種定位黃瓜雄性不育基因的方法，所述方法包括以下步驟：

（1）配置群體：將植物雄性不育系作為母本與可育遠緣品種為父本進行雜交，得到雜種F1，由雜種F1自交得到F2代分離群體，F2代分離群體中存在雄性可育和雄性不育兩種表型；

（2）建庫測序：提取母本、父本、F2代中可育單株和不育單株的基因組DNA并分別混合形成4個混池即母本池、父本池、可育池及不育池，對各混池的基因組DNA進行雙末端測序，對測序得到的讀段用BWA軟件與正常黃瓜基因組比對，基于比對的結果，使用GATK軟件進行SNP的檢測和注釋；

（3）分離群體分組分析（BSA）：根據測序獲得的SNP的檢測結果，計算可育池與不育池的Δ（SNP-index）值，采用Δ（SNP-index）值的99%的置信區間，來確定目標基因所在區域,其中SNP-index指某個染色體位點含有SNP的讀段數與測到的該位點的總讀段數的比值， Δ（SNP-index) 指可育池與不育池的SNP-index值之差；

（4）競爭性等位基因特異性 PCR (KASP)：針對候選區間內選取的候選SNP 位點設計SNP 分型引物在F2群體中進行KASP分型，得到與不育性狀緊密連鎖的SNP或InDel位點，其中分型引物為：

（1）AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCG（SEQ ID NO:5）和AATTACATGAATAAGTGTTCGTAATTTCC（SEQ ID NO:6）；

（2）GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTG（SEQ ID NO:7）和GGTTTGGAATCTTGCTTGGCATTC（SEQ IDNO:8）；

（3）ATCTAGAAACCAAATAAAAACTATAGCCAA（SEQ ID NO:9）和CTAGAAACCAAATAAAAACTATAGCCAG（SEQ ID NO:10）；

（4）GGAACCCCTTCTGAAGCTGTG（SEQ ID NO:11）和GGAACCCCTTCTGAAGCTGTC（SEQ ID NO:12）；

（5）GGGTCACGCAGATGGGTATTGA（SEQ ID NO:13）和 GGTCACGCAGATGGGTATTGG（SEQ IDNO:14）；

（6）ATTTGGTTTCTTGATACTATCAATTATACC（SEQ ID NO:15）和ATTTGGTTTCTTGATACTATCAATTATACG（SEQ ID NO:16）；

（7）TACGTGAATATTTTCTTTTTCTTTATACGTAT（SEQ ID NO:17）和CGTGAATATTTTCTTTTTCTTTATACGTAG（SEQ ID NO:18）；

（8）AAGACTAATATGCCCTTCCTCTTCTA（SEQ ID NO:19）和 GACTAATATGCCCTTCCTCTTCTG（SEQ ID NO:20）；

（9）TATGTACAGCATCAACAAGTGTGCA（SEQ ID NO:21）和 TGTACAGCATCAACAAGTGTGCC（SEQID NO:22）；

和

（10）TTCGAACATATACAAAAGTAGATATATCAAAA（SEQ ID NO:23）和CGAACATATACAAAAGTAGATATATCAAAC（SEQ ID NO:24）；

（5）根據KASP分型結果構建遺傳圖譜，定位雄性不育基因。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于步驟（4）中F2群體中的植株至少為500株。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于步驟（4）中F2群體中的植株為938株。