[發(fā)明專利]人類基因突變的HGVS名稱生成及分析系統(tǒng)的實現(xiàn)方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710298386.2
• 申請日: 2017-05-01
• 公開（公告）號: CN107122624B
• 公開（公告）日: 2021-11-12
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 楊永臣
• 申請（專利權(quán)）人: 楊永臣
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00
• 代理公司: 上海天翔知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 31224
• 代理人: 呂伴

1.一種基因突變的HGVS名稱自動生成的方法：其特征在于，包括如下步驟：

步驟一，先以特定格式描述基因上所發(fā)現(xiàn)的變異；

步驟二，將該格式輸入突變分析系統(tǒng)，通過HGVS計算程序調(diào)用基因信息數(shù)據(jù)庫、基因遺傳方式數(shù)據(jù)庫、HGMD數(shù)據(jù)庫進行計算；

步驟三，獲得基因變異的HGVS名稱和基于HGVS名稱的相關(guān)信息；

所述突變分析系統(tǒng)還包括數(shù)據(jù)輸入界面、HGVS計算程序及數(shù)據(jù)輸出界面，在數(shù)據(jù)輸入界面，用戶需輸入：“gene(R/M)S z/c”，數(shù)據(jù)輸入界面支持輸入多行數(shù)據(jù)的分析；gene為基因名稱，R為變異位點參考序列，M為變異位點突變序列，S為變異位點之后一段序列，z代表變異位點是純合型，c代表變異位點是雜合型，z/c應(yīng)輸入單個字母，也可以不輸入；

所述HGVS計算程序可將輸入的信息轉(zhuǎn)化為HGVS名稱，HGVS計算程序可在生成的HGVS名稱后，通過該名稱從HGMD數(shù)據(jù)庫中調(diào)取與該突變有關(guān)的信息，這些信息包括：突變的致病性，突變導(dǎo)致的疾病，有關(guān)該突變的參考文獻；

HGVS計算程序計算后，將計算結(jié)果輸出到輸出界面，包括：突變基因，轉(zhuǎn)錄本，核苷酸變化，氨基酸變化，純合/雜合，遺傳方式，HGMD致病性， HGMD疾病，文獻；

HGVS名稱運算流程如下：

在數(shù)據(jù)輸入環(huán)節(jié)，用戶應(yīng)輸入：“gene(R/M)S z/c”，在此格式中，gene是不可缺失的，且應(yīng)使用標(biāo)準(zhǔn)的基因名稱；R為變異位點參考序列，M為變異位點突變序列，R和M皆可以代表一個堿基，也可以代表多個堿基，R和M在堿基缺失時可以用“-”代替；堿基缺失時，M為“-”，堿基插入時，R為“-”，z/c代表堿基雜合型或純合型，通過峰圖即可簡單判斷，應(yīng)輸入單個字母，也可以不輸入；

對于所輸入的信息，HGVS運算程序根據(jù)括號中的斜杠兩邊的堿基數(shù)量、是否存在短杠“-”，以及括號后提供的序列在基因組序列中的情況來判斷突變型，根據(jù)括號后序列在基因組序列中的位置及突變類型來判斷突變在CDS坐標(biāo)上的位置，從而計算出HGVS名稱；

通過HGVS計算程序得到某基因某變異的HGVS名稱后，可從遵循了HGVS命名規(guī)則的變異數(shù)據(jù)庫中檢索該變異，找到后從數(shù)據(jù)庫中調(diào)取與該變異有關(guān)的信息；常用的人類基因變異數(shù)據(jù)庫包括ClinVar，HGMD，都遵循了HGVS突變命名規(guī)則；此處以HGMD為例，通過HGVS計算測序所得HGVS名稱，可對接HGMD專業(yè)版數(shù)據(jù)，獲取相關(guān)信息；

對于從數(shù)據(jù)輸入界面輸入的基因突變數(shù)據(jù)，HGVS計算程序計算HGVS名稱首先依賴于所輸入數(shù)據(jù)的格式；系統(tǒng)規(guī)定的數(shù)據(jù)輸入格式為:

Gene (R/M)S z/c

Gene 為基因的標(biāo)準(zhǔn)名稱，R為變異位點參考序列，M為變異位點突變序列，S為變異位點之后一段序列，該序列需為NCBI上gDNA上的一段序列，不拘內(nèi)含子還是外顯子，也不拘5’UTR區(qū)域或3’UTR區(qū)域，但允許大于10個堿基，如果使用CDS序列，如果圈選序列包含不同外顯子，在gDNA序列中不能檢索，則無法計算；z/c代表突變?yōu)殡s合型還是純合型，可以不填，不同突變類型的輸入格式簡述如下：

1）堿基置換情況，R和M分別是單個堿基；

2）堿基缺失，缺失時M用“-”表示；

3）堿基插入，R用“-”表示，即序列中在無堿基處出現(xiàn)新的堿基；

4）堿基重復(fù)，輸入格式與堿基插入相同；

5) 缺失/插入，R和M其中至少一個的堿基數(shù)目要大于1，且不構(gòu)成倒位；

6）倒位，R和M的長度都必須大于1，且等長，且序列為反向，其格式與缺失/插入相同。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基因突變的HGVS名稱自動生成的方法：其特征在于，所述基因的種屬來源包括但不限于各種動物、各種植物、微生物、病毒及人工設(shè)計或改造的基因；

所述基因類型包括但不限于：基因組序列，轉(zhuǎn)錄本序列，RNA序列，線粒體DNA序列；

就基因組而言，包括但不限于基因的各個組成部分，用于編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，不編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，內(nèi)含子區(qū)域，5’-UTR區(qū)，3’-UTR區(qū)，以及其它尚未歸類的DNA序列；

就轉(zhuǎn)錄本序列而言，包括但不限于每個基因的已有轉(zhuǎn)錄本，以及僅在病人身上發(fā)現(xiàn)，以及僅在病理部位發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄本；

就基因方向而言，包括與編碼RNA一致的序列，也包括與編碼RNA反向互補的序列。