[發(fā)明專利]一種CUX1蛋白可結合DNA片段及在CUX1活性檢測中的應用

有效

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• 申請日: 2017-03-29
• 公開（公告）號: CN107034215B
• 公開（公告）日: 2019-12-13
• 發(fā)明（設計）人: 童強松;鄭麗端;李歡歡;楊楓;葉霖;陳亞俊;宋華杰;李聃
• 申請（專利權）人: 華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬協(xié)和醫(yī)院
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/66;C12N15/85
• 代理公司: 42250 武漢泰山北斗專利代理事務所(特殊普通合伙)
• 代理人: 程千慧

本發(fā)明涉及一種CUX1蛋白可結合的DNA片段，其包含一個或多個CUX1蛋白結合框，所述CUX1蛋白結合框的序列為5’?ATCGAT?3’或5’?ATCAAT?3’；還涉及該DNA片段的應用；還涉及一種用于檢測細胞內CUX1轉錄調控活性的方法。通過使用本發(fā)明的DNA片段和方法，可直接針對性地檢測細胞內CUX1的轉錄調控活性，而非僅僅檢測其轉錄本或蛋白質的含量，從而使得能夠更準確地分析CUX1作為轉錄因子在一些病理學發(fā)展中所起的作用。

技術領域

本發(fā)明涉及分子生物學領域，更特別地，涉及一種CUX1蛋白可結合的DNA片段及其在檢測細胞內CUX1轉錄調控活性中的應用。

背景技術

CUX1(CCAAT displacement protein)，又名為CDP/Cux/Cut(CCAAT-displacementprotein/cut homeobox)，是一類在多細胞物種中分布極其廣泛的轉錄家族蛋白，在基因轉錄調控中發(fā)揮至關重要的作用，此外，該分子也參與基因轉錄后水平的調控，具有多種生物學功能。多項研究表明：CUX1作為一個轉錄因子，可與多種原癌基因啟動子區(qū)域(轉錄起始位點上游-2000bp左右)結合并調控其表達。

研究認為：CUX1蛋白可通過其特有的DNA結合域與多種蛋白質和DNA結合，發(fā)揮其生物學功能。并且CUX1的功能具有雙面性，即可以激活也可以抑制基因啟動子及轉錄，影響細胞的生長、增殖、分化和凋亡等過程。研究還發(fā)現，在表達過程中，CUX1蛋白有不同的剪切變體，它們對靶基因的調控作用并不一致。CUX1蛋白全長分子，即P200，與DNA的結合具有不穩(wěn)定性，多表現為轉錄抑制；而經過溶酶體組織蛋白酶L水解之后的截短產物，即P110等，其與靶基因的結合更穩(wěn)定，多參與轉錄激活的過程，更多被當作一個轉錄因子進行研究。

CUX1蛋白結合位點的改變可能造成其活性的改變，引起細胞功能紊亂，最終導致疾病的發(fā)生，甚至誘發(fā)惡性腫瘤。因此，檢測CUX1的轉錄調控活性對于探知細胞內部的病理發(fā)生機制十分重要。然而，目前檢測CUX1內源性活性仍然依靠Western Blot或qRCR等方法，雖然靈敏度高，但檢測到的只是CUX1蛋白和mRNA含量的差異，并不能直接體現其作為轉錄因子結合至靶序列以調控轉錄的活性改變。我們需要檢測的不僅是CTCF的轉錄本或蛋白質含量，而是需要檢測CTCF結合至有效位點以影響轉錄的活性。

因此，需要設計一種新的用于檢測細胞內CUX1轉錄調控活性的方法。

發(fā)明內容

發(fā)明人通過研究發(fā)現，CUX1蛋白結合的DNA序列存在高度的保守性，其結合的DNA核心序列為ATCRAT(R表示A、G)。

基于以上研究，本發(fā)明提供了一種CUX1蛋白可結合的DNA片段，其包含一個或多個CUX1蛋白結合框，每個所述CUX1蛋白結合框的序列獨立地為5’-ATCGAT-3’和/或5’-ATCAAT-3’。

優(yōu)選地，當包含多個CUX1蛋白結合框時，每兩個相鄰的CUX1蛋白結合框之間具有間隔序列，并且每兩個相鄰的CUX1蛋白結合框之間的間隔序列各自獨立地為3-10bp長。

優(yōu)選地，序列如SEQ ID NO:1所示。

本發(fā)明還提供了上述DNA片段在檢測細胞內CUX1轉錄調控活性中的應用。

本發(fā)明還提供了一種用于檢測細胞內CUX1轉錄調控活性的方法，其包括以下步驟：

S1：將包括上述DNA片段以及連接于所述DNA片段下游的報告基因表達框的報告基因系統(tǒng)導入所述細胞；

S2：通過檢測所述報告基因的表達來計算所述細胞內CUX1轉錄調控活性。