[發明專利]與大豆抗疫病基因緊密連鎖的分子標記CAPs1516及其應用

有效

• 申請號: 201710153876.3
• 申請日: 2017-03-15
• 公開（公告）號: CN107058519B
• 公開（公告）日: 2020-06-12
• 發明（設計）人: 朱振東;鐘超;孫素麗
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院作物科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

本發明提供一種與大豆抗疫病基因RpsHC18緊密連鎖的分子標記CAPs1516及其應用，所述分子標記的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，該標記片段大小為541bp，位于大豆3號染色體的RpsHC18候選基因內部，與RpsHC18的遺傳距離為0cM，能夠有效區分目前已知的其它20個大豆抗疫病基因。所述分子標記CAPs1516可用于大豆種質資源抗疫病基因鑒定和抗疫病的分子輔助育種，從而加速育種進程。

技術領域

本發明屬于農業生物技術工程和農作物抗病遺傳育種領域，具體地說，涉及一種與大豆抗疫病基因RpsHC18共分離的分子標記及其應用。

背景技術

由大豆疫霉(Phytophthora sojae KaufmannGerdemann)引起的大豆疫病是大豆生產中的一種毀滅性病害。該病已在我國黑龍江省、安徽、福建、吉林、新疆等省份發生。大豆疫霉在大豆所有生育期均可以侵染大豆，引起根腐、莖腐、植株矮化、枯萎和死亡，一般田塊減產10％-30％，嚴重地塊可達60％-90％，甚至造成絕產。目前全世界每年因大豆疫病造成的經濟損失大約為10億美元(Tyler,2007)。

防治大豆疫病最為經濟、有效且環境安全的方法是種植抗病品種。目前，國內外共發現了28個大豆抗疫病基因(Rps)，分布于9個不同的大豆染色體上。Rps1、Rps7、Rps9、RpsYD25、RpsYD29、RpsUN1 和the Rps gene in cultivar‘Waseshiroge’被定位在第3號染色體上，其中Rps1位點具有5個等位基因分別為Rps1a，Rps1b，Rps1c，Rps1d和 Rps1k(Demirbas et al.,2001；Weng et al.,2001；Gao et al.,2005；范愛穎等,2009；Sugimotoet al.,2011；Sun et al.,2010；Wu et al.,2011a；Lin et al.,2013；Zhang et al.,2013a)。Rps2和RpsUN2被鑒定在第16號染色體上(Demirbas et al.,2001；Lin et al.,2013)。Rps3、Rps8和RpsSN10 被定位在大豆13號染色體上，并且在Rps3位點存在3個等位基因Rps3a， Rps3b和Rps3c(Demirbas et al.,2001；Sandhu et al.,2005；Gordon et al.,2006；Yu et al.,2010)。Rps4，Rps5，Rps6，RpsJs,Rps12被定位在18 號染色體上(Demirbaset al.,2001；Sandhu et al.,2005；Sun et al.,2014；Sahoo et al.,2017)。而另外5個抗病基因RpsZS18、RpsYB30、RpsSu、 Rps10和Rps11分別定位在2、19、10、17和7號染色體上(Zhu et al.,2007； Wu et al.,2011b；Zhang et al.,2013b；Ping et al.,2015)。大豆疫霉群體結構復雜，容易產生新的毒力型。一般認為大豆抗疫病基因的使用壽命為10-15年，但是新的抗病基因被淘汰的速度正在加快。因此有必要大力挖掘和利用新的抗病基因，并進行抗病基因的累加，培育抗性持久的大豆品種。

隨著測序技術的發展，SNP和Indel等多態性更強的分子標記被開發并且應用到基因的定位中。大豆全基因組測序的完成為大豆基因的精細定位、克隆以及功能標記的開發提供了便利。極端群體混池測序技術(BSA-seq)具有高效，節省時間和人力，并且能夠大量的發掘目標區域中的SNP等優點，已經應用多種不同性狀基因的發掘、定位和功能標記的開發。

發明內容

本發明的目的是提供一個與大豆抗疫病基因RpsHC18緊密連鎖的分子標記及其應用。

為了實現本發明目的，本研究發明了一個與大豆抗疫病基因 RpsHC18緊密連鎖的分子標記CAPs1516，所述分子標記位于大豆3號染色體的SSR標記BARCSOYSSR_03_0269和BARCSOYSSR_03_0272之間，并且位于RpsHC18候選基因內部。