[發明專利]一種低成本的BCR/ABL融合基因快速檢測探針及其制備方法和應用

有效

• 申請號: 201710123224.5
• 申請日: 2017-03-03
• 公開（公告）號: CN106834492B
• 公開（公告）日: 2018-06-26
• 發明（設計）人: 李倩;李雪梅;葉倫;程弘夏;陳剛
• 申請（專利權）人: 武漢康錄生物技術股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6811;C12Q1/6841;C12N15/11;C12N15/10;G06F19/20
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專利代理有限公司 42102
• 代理人: 鄔麗明;徐曉琴

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種低成本的BCR/ABL融合基因快速檢測探針及其制備方法。所述制備方法包括以下步驟：從UCSC Genome Browser下載BCR和ABL基因探針所覆蓋區域基因組非重復序列，再將分割后的序列批量導入OligoArray軟件進行探針設計，然后將設計后的探針加上標簽序列后直接合成，再使用帶有熒光基團的標簽引物對探針進行擴增和標記，得到BCR/ABL融合基因快速檢測探針。本發明制備所得BCR/ABL融合基因快速檢測探針具有雜交時間短(可在15～30分鐘完成雜交實驗)、雜交信號明亮、信噪比高、制備成本低等優點。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種低成本的BCR/ABL融合基因快速檢測探針及其制備方法和應用。

背景技術

慢性粒細胞白血病是骨髓造血干細胞克隆性增殖形成的惡性腫瘤，占成人白血病的15％。大量研究表明慢性髓性白血病的發病機制是t(9；22)(q34；q11)染色體易位產生BCR/ABL融合基因。BCR/ABL基因融合陽性是慢性髓性白血病的典型臨床表現，同時，該腫瘤治療的關鍵藥物格列衛(甲磺酸伊馬替尼)能選擇性抑制BCR/ABL陽性細胞，因此，檢測BCR/ABL基因融合狀況對慢性髓性白血病的診斷及治療均有指導意義。目前核型分析、PCR法和FISH法是常見的幾種檢測方式。FISH具有安全、靈敏度高及準確度高等優點。

熒光原位雜交是一種在20世紀80年代放射性原位雜交技術基礎上發展起來的一種非放射性分子遺傳技術，以熒光素標記取代放射性同位素標記而形成的一種新的原位雜交方法。目前FISH常用的檢測探針主要是通過對特定人類基因組BAC克隆進行缺口平移法或隨機引物法標記，再經Human-cot1 DNA封閉后用于原位雜交實驗，但在實際應用中存在較多缺點：第一，此方法包含大量的重復序列，經過封閉后仍有較高的雜交背景；第二，此種方法標記的探針通常需要12-16h(過夜)來完成，雜交實驗費時費力；第三，此種方需要添加大量昂貴的Human-cot1 DNA(通常是探針濃度的50～100倍)來封閉重復序列，這大大的增加了探針的制備成本。此外，近年來一種不含重復序列的快速熒光原位雜交探針的制備方法也被建立起來(1h完成雜交實驗)，但此種方法需要設計大量引物或者構建大量載體來實現探針的制備，并且探針的制備過程仍采用缺口平移或隨機引物等傳統方法，易導致批次間的不穩定；這種制備方法仍然需要依賴于人類基因組序列或者BAC克隆序列，原料來源具有一定局限性，整個制備過程繁瑣，制備成本和不可控因素大大增加。

發明內容

本發明針對現有技術的不足，目的在于提供一種低成本的BCR/ABL融合基因快速檢測探針及其制備方法和應用。

為實現上述發明目的，本發明采用的技術方案為：

一種低成本的BCR/ABL融合基因快速檢測探針的制備方法，包括如下步驟：

(1)從UCSC Genome Browser下載BCR和ABL基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列，其中BCR探針覆蓋區域為：chr22 22806485～23854431，ABL探針覆蓋區域為：chr9130396674～131075953；

(2)將步驟(1)獲得的BCR基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的區塊；將分割后的區塊批量導入OligoArray軟件進行探針設計、探針篩選，然后將篩選出的探針導出到EXCEL表格中，再分別在每條探針的5’端和3’端加上18bp的標簽序列，得到一系列帶有標簽序列的BCR探針序列；

(3)將步驟(1)獲得的ABL基因探針所覆蓋區域的基因組非重復序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的區塊；將分割后的區塊批量導入OligoArray軟件進行探針設計、探針篩選，然后將篩選出的探針導出到EXCEL表格中，再分別在每條探針的5’端和3’端加上18bp的標簽序列，得到一系列帶有標簽序列的ABL探針序列；