[發(fā)明專利]用于分析癌癥相關(guān)的遺傳變異的系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710089355.6
• 申請日: 2008-07-23
• 公開（公告）號: CN106886688B
• 公開（公告）日: 2020-07-10
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 盧煜明;趙慧君;陳君賜
• 申請（專利權(quán)）人: 香港中文大學(xué)
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B20/00
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

1.用于分析個體的生物樣品中染色體區(qū)中癌癥相關(guān)的遺傳變異的計算機(jī)系統(tǒng)，所述生物樣品包含源自非惡性細(xì)胞和可能的癌癥相關(guān)腫瘤細(xì)胞的無細(xì)胞核酸分子，所述計算機(jī)系統(tǒng)包括處理器，所述處理器用于：

(a)接收對來自所述生物樣品的所述無細(xì)胞核酸分子進(jìn)行測序得到的序列讀取；

(b)將至少一部分所述序列讀取與參照基因組比對；

(c)確定參數(shù)，所述參數(shù)包含(i)與所述參照基因組中作為第一染色體的一部分的第一染色體區(qū)比對的第一量的所述序列讀取和(ii)與所述參照基因組中一個或多個第二染色體區(qū)比對的第二量的所述序列讀取的比值；以及

(d)利用所述參數(shù)來確定所述第一染色體區(qū)是否包含癌癥相關(guān)的遺傳變異，其中利用所述參數(shù)來確定所述第一染色體區(qū)是否包含癌癥相關(guān)的遺傳變異包括將所述參數(shù)與截止值進(jìn)行比較，其中所述參數(shù)是否大于所述截止值作為所述第一染色體區(qū)包含所述遺傳變異和所述第一染色體區(qū)不包含所述遺傳變異的裁定。

2.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中第一染色體區(qū)包含第一染色體。

3.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述遺傳變異包含拷貝數(shù)改變。

4.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序包括大規(guī)模平行測序。

5.如權(quán)利要求4所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述大規(guī)模平行測序包括對固相表面捕獲的無性擴(kuò)增的單DNA分子進(jìn)行測序并生成所述序列讀取。

6.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中基于與作為第一染色體的一部分的第一染色體區(qū)比對的第一量的所述序列讀取確定所述參數(shù)包括：

對與所述第一染色體區(qū)比對的所述序列讀取進(jìn)行計數(shù)。

7.如權(quán)利要求6所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述遺傳變異包括所述第一染色體區(qū)的增加或丟失。

8.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述個體的生物樣品選自：血液、血漿、血清、尿液和唾液。

9.如權(quán)利要求8所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述生物樣品是血漿。

10.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中在所述測序之前，針對來自所述生物樣品的所述無細(xì)胞核酸分子的一定亞群，對所述無細(xì)胞核酸分子進(jìn)行富集或選擇。

11.如權(quán)利要求10所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述富集包括按照大小或所述無細(xì)胞核酸分子與寡核苷酸微陣列的雜交對所述無細(xì)胞核酸分子進(jìn)行分級。

12.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序包括通過合成進(jìn)行的DNA測序。

13.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序包括配對末端測序。

14.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序包括單分子測序。

15.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序包括納米孔測序。

16.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中與所述第一染色體區(qū)比對的序列讀取的比例高于與所述一個或多個第二染色體區(qū)比對的序列讀取的比例。

17.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述計算機(jī)系統(tǒng)的處理器還被配置用于：

分析來自所述生物樣品的多個染色體區(qū)。

18.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中來自所述個體的生物樣品的無細(xì)胞核酸分子的測序獲得至少120000個序列讀取。

19.如權(quán)利要求1所述的計算機(jī)系統(tǒng)，其中所述測序產(chǎn)生至少一百萬個序列讀取。