[發明專利]一種用于FFPE樣本拷貝數變異檢測的裝置

有效

• 申請號: 201710067086.3
• 申請日: 2017-02-07
• 公開（公告）號: CN106845154B
• 公開（公告）日: 2022-04-08
• 發明（設計）人: 荊瑞琳;張萌萌;董永芳;王旺;李雪峰;玄兆伶;李大為;梁峻彬;陳重建
• 申請（專利權）人: 浙江安諾優達生物科技有限公司;安諾優達基因科技（北京）有限公司;安諾優達（義烏）醫學檢驗有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種用于FFPE樣本拷貝數變異檢測的裝置，其包括：

測序數據獲取模塊，用于獲取來自待檢FFPE樣本的捕獲測序數據以及來自健康人群樣本的測序數據，所述健康人群樣本為多個健康人樣本；

序列比對模塊，其與所述測序數據獲取模塊連接，用于將所述測序數據獲取模塊獲取的測序數據與參考基因組序列進行比對，得到比對結果，根據該比對結果計算每一個位點的深度值；

前期數據處理模塊，其與所述序列比對模塊連接，用于將目標區域劃分為一定長度的有重疊的窗口，去掉窗口內位點的深度極值并計算深度均值或中值，且計算該窗口內的參考基因組序列的GC含量；

歸一化模塊，其與所述前期數據處理模塊連接，用于對所述前期數據處理模塊所得到的每一個窗口內的深度均值或中值進行歸一化，計算得到待檢FFPE樣本和健康人群樣本每個窗口內差異的Z值；

背景庫篩選模塊，其與所述歸一化模塊連接，用于根據待檢FFPE樣本與健康人群樣本的Z值，篩選出n個健康人樣本，每個背景庫樣本對應一個健康人，得到n個健康人樣本的背景庫樣本集，然后使用該n個健康人樣本在m個窗口內的Z值構建m行n列的矩陣X_m×n；

數據波動消除模塊，其與所述背景庫篩選模塊連接，用于消除捕獲測序帶來的固有數據波動；

GC校正模塊，其與所述數據波動消除模塊連接，用于根據各窗口內的GC含量進行GC矯正；

輸出模塊，其與所述GC校正模塊連接，用于輸出CNV檢測結果，

其中，所述數據波動消除模塊對背景庫矩陣X_m×n做奇異值分解，得到m行r列因子矩陣U_m×r，r為因子個數，然后取貢獻率最大的k個因子進行LOESS回歸，得到殘差Z_p。

2.根據權利要求1所述的裝置，其中，所述測序數據是采用捕獲測序方法獲得的測序數據。

3.根據權利要求1所述的裝置，其中，所述前期數據處理模塊采用滑動窗口法劃分所述窗口。

4.根據權利要求1所述的裝置，其中，所述歸一化模塊依據下述公式(1)計算得到待檢生物樣本每個窗口內的Z值，公式(1)中Zi表示第i個窗口的Z值，

Z_i＝trimScale(Z_i,Z_i) (1)。

5.根據權利要求1所述的裝置，其中，定義公式(2)：

定義

其中，chr表示染色體，S_T表示待檢樣本，S_N表示健康人群樣本，

所述背景庫篩選模塊根據待檢FFPE樣本與健康人群樣本差異的Z值，篩選出使得所述d值最小的n個健康人樣本，得到篩選后的背景庫樣本集S₁,S₂,S₃,…,S_n。

6.根據權利要求1所述的裝置，其中，所述GC校正模塊根據各窗口內的GC含量，對Z_p基于LOESS回歸做GC矯正，得到殘差Z_pg。

7.根據權利要求1所述的裝置，還包括數據質檢模塊，其與所述測序模塊和所述序列比對模塊連接，用于對所述測序模塊獲得的測序數據進行質檢。