[發明專利]一種用于FFPE樣本拷貝數變異檢測的裝置

有效

• 申請號: 201710067086.3
• 申請日: 2017-02-07
• 公開（公告）號: CN106845154B
• 公開（公告）日: 2022-04-08
• 發明（設計）人: 荊瑞琳;張萌萌;董永芳;王旺;李雪峰;玄兆伶;李大為;梁峻彬;陳重建
• 申請（專利權）人: 浙江安諾優達生物科技有限公司;安諾優達基因科技（北京）有限公司;安諾優達（義烏）醫學檢驗有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明涉及一種FFPE樣本拷貝數變異檢測裝置，其檢測靈敏度高。本發明的FFPE樣本拷貝數變異檢測裝置包括測序數據獲取模塊、序列比對模塊、前期數據處理模塊、歸一化模塊、背景庫篩選模塊、數據波動消除模塊、GC校正模塊以及輸出模塊。

技術領域

本發明屬于分子生物學檢測領域，具體涉及FFPE樣本拷貝數變異檢測裝置及檢測方法。

背景技術

福爾馬林固定石蠟包埋(Formalin-fixed and Paraffin-embedded，FFPE)方法制備的組織標本稱為福爾馬林固定石蠟包埋組織樣本，簡稱FFPE樣本。FFPE樣本能夠長時間保存，特別是，有大量的腫瘤組織切片被以FFPE樣本的形式保存。FFPE樣本常用于臨床病理檢驗、腫瘤基因檢測和醫學科學研究，為闡明疾病機制、發現治療靶標和指示預后等方面提供了寶貴的資源。

基因的拷貝數變異(Copy Number Variation，CNV)是一類在臨床上非常重要的結構變異，與多種腫瘤的預后，靶向藥物的敏感性相關。可靠的CNV檢測結果可以為臨床用藥以及病情評估等提供十分重要的依據。目前臨床上所使用的CNV檢測技術大多為基于PCR或免疫組化的實驗手段(如FISH，IHC等)。此類方法單次檢測僅可覆蓋一個基因，且檢測結果靈敏度較低。

基于新一代測序(Next-Generation Sequencing，NGS)平臺的CNV檢測，可以在保證檢測性能的前提下一次性給出多個基因的CNV檢測結果。傳統的NGS平臺CNV檢測技術大多基于全基因組測序技術平臺完成研發，隨著NGS技術的不斷進步，基于目標區域捕獲的高深度測序技術在臨床檢測的應用場景下逐漸表現出優勢。

但是，由于全基因組測序數據與目標區域捕獲測序數據存在根本差別，目前傳統NGS平臺的CNV檢測方法對于目標區域捕獲測序數據并不適用，在檢測CNV的準確性上難以保證，且檢測靈敏度有待提高。這一問題在FFPE樣本中表現尤為明顯。FFPE樣本的DNA片段化較為嚴重，會對目標基因DNA捕獲以及NGS測序等過程產生影響，并最終影響到目標區域的有效深度等關鍵技術指標。因此，低質量FFPE樣本所產生的低深度測序數據的可用性，成為了較大的技術挑戰。

發明內容

鑒于上述現有技術中存在的不足，本發明的目的在于提供一種對FFPE樣本的CNV的檢測靈敏度更高的檢測裝置及檢測方法。

本發明的發明人為解決上述技術問題進行了深入研究，結果發現：在FFPE樣本的CNV檢測方法中，是否對數據進行合理的降噪處理，是否使用了合適的背景庫，會直接影響到檢測結果，特別是在捕獲測序中此種影響尤為顯著。通過更為合理全面的降噪處理，動態背景庫的應用，能夠提高FFPE樣本CNV檢測的靈敏度，從而完成了本發明。

即，本發明包括：

一種用于FFPE樣本拷貝數變異(所述拷貝數變異可以發生在基因區域，也可以發生在非基因區域)檢測的裝置，其包括：

測序數據獲取模塊，用于獲取來自待檢FFPE樣本的捕獲測序數據以及來自健康人群樣本的測序數據，所述健康人群樣本為多個健康人(健康正常人)樣本；

序列比對模塊，其與所述測序數據獲取模塊連接，用于將所述測序數據獲取模塊獲得的測序數據與參考基因組序列進行比對，得到比對結果(包含例如，每條可以與參考基因組比對上的短序列所在的染色體，坐標，短序列與參考基因組的匹配情況等信息)，根據該比對結果計算每一個位點(指基因組上的每個位點，但捕獲測序中可能有一些位點的深度值為0)的深度值；

前期數據處理模塊，其與所述序列比對模塊連接，用于將目標區域(100k～100M，全基因組或者重點關注區域)劃分為一定長度(50～1000bp)的有重疊(10～70％)的窗口，去掉窗口內位點的深度極值(極大值和極小值)并計算深度均值或中值，且計算該窗口內的參考基因組序列的GC含量；