[發明專利]一種鑒定嘎拉蘋果后代植株的SSR分子標記II及其應用

有效

• 申請號: 201710040798.6
• 申請日: 2017-01-20
• 公開（公告）號: CN106755483B
• 公開（公告）日: 2020-07-17
• 發明（設計）人: 肖蓉;曹秋芬;張春芬;侯麗媛;聶園軍;鄧舒;李倩;王曉清;溫鑫;秦永軍
• 申請（專利權）人: 山西省農業科學院果樹研究所;山西省農業科學院生物技術研究中心;山西省農業科學院農業資源與經濟研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 太原晉科知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 14110
• 代理人: 王瑞玲

本發明屬植物遺傳育種和蘋果種質創新研究領域，具體一種鑒定嘎拉蘋果后代植株的SSR分子標記II及其應用，在檢測過程中同時使用，分子標記為3號和11號染色體上連鎖的SSR分子標記，以蘋果基因組DNA為PCR擴增模板，分別以SSR分子標記為引物對，進行PCR擴增及產物檢測，用于遺傳連鎖鑒定、花藥培養植株鑒定、品種來源鑒定。首次用SSR分子標記對鑒定材料所處蘋果連鎖群進行鑒定，同時公開了與蘋果3號和11號染色體連鎖的SSR分子標記；該分子標記是共顯性標記，可快速、準確對嘎拉蘋果遺傳連鎖群、花藥培養植株及嘎啦來源植株進行鑒定；也為下一步加快嘎拉蘋果與重要農藝性狀連鎖基因的利用及蘋果純合植株遺傳育種提供了分子水平的支持。

技術領域

本發明屬于植物遺傳育種和蘋果種質創新研究領域，具體為一種鑒定嘎拉蘋果后代植株的SSR分子標記II及其應用。

背景技術

蘋果（Malus domestica Borkh.）生態適應性強，果品營養價值高，是世界上栽培面積廣、消費量大、經濟效益較好的果樹樹種之一。我國是蘋果栽培面積最廣、總產量最高的國家之一。尤其在我國北方，蘋果是栽培面積最大的果樹樹種，其產量和面積均居全國水果之首。這種產業已成為我國許多省市的支柱產業，它們在提高農民收入、促進地方經濟發展中起著越來越重要的作用。蘋果屬自花不孕植物，生產中的蘋果品種均為雜合二倍體品種，蘋果基因組高度雜合，遺傳背景十分復雜，加之其童期漫長，使得常規雜交育種周期長，效率低。

利用純合基因型種質育種則可以大大提高定向育種效率。花藥培養可以獲得單倍體植株，經過染色體加倍后可以迅速得到純合的二倍體種質。由于蘋果是高度雜合的二倍體品種，通常在單一位點由復等位基因控制，即同一位點含有兩種不同的等位基因，而單倍體品種只含一種基因。通過花藥培養所獲得植株，如果其為單倍體起源，應只具有其親本之一的一種等位基因。通過花藥培養可以得到純合的二倍體種質，還可以直接獲得性狀優良的隱性基因材料和誘變育種材料，這些材料對蘋果遺傳育種研究有重要意義。

分子標記技術已經在蘋果主要農藝性狀的早期選擇中得到應用，如紅肉、紅皮、黑星病、蘋果綿蚜和火疫病等，參與完成蘋果基因組測序工作并聯合開發了8 K（CHAGNé D等，Genome-wide SNP detection, validation, and development of an 8K SNP array forapple[J]. PLoS ONE, 2012, 7: e31745. doi:10.1371/journal.pone.0031745）和20 K（BIANCO L等，Development and validation of a 20K Single NucleotidePolymorphism（SNP）whole genome genotyping array for apple ( Malus × domesticaBorkh) [J]. PLoS One ,2014，9(10): e110377. dio：10.1371/journal.pone.0110377）的蘋果SNP芯片，第1次在世界蘋果育種項目中使用基因組選擇（GS）方法來代替表型篩選加快育種步伐。

簡單序列重復 (simple sequence repeat， SSR) 是一類 1-6bp 核苷酸基序構成重復序列，廣泛分布于真核生物基因組的編碼區、非編碼區，SSR 標記利用簡單序列重復的側翼保守序列設計引物，經過PCR擴增， 根據條帶的大小來反映DNA序列的多態性。與其它分子標記如 RFLP、AFLP ISSR 等相比，SSR 標記具有多態性高、共顯性遺傳、重復性好、特異性強等特點，近年來成為遺傳多樣性研究、遺傳作圖、重要功能基因定位、分子輔助育種等領域應用最多的一種標記。