[發明專利]腸道及口腔菌群多樣性及差異性的分析方法有效
| 申請號： | 201710019639.8 | 申請日： | 2017-01-12 |
| 公開（公告）號： | CN107058490B | 公開（公告）日： | 2018-03-06 |
| 發明（設計）人： | 張磊;楊俊杰;孟曉飛 | 申請（專利權）人： | 楊俊杰 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869;C12Q1/04 |
| 代理公司： | 北京瑞思知識產權代理事務所(普通合伙)11341 | 代理人： | 李濤 |
| 地址： | 250014 山東省濟南市*** | 國省代碼： | 山東;37 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 腸道 口腔 多樣性 差異性 分析 方法 | ||
1.一種用于研究孤獨癥病因的基因組文庫構建方法，其特征在于，該方法包括以下步驟：
（1）收集待測樣本并進行微生物基因組DNA提取，得到基因組DNA提取液，所述待測樣本的樣本類型是糞便和口腔拭子，該樣品由新鮮取樣，凍存于-80℃；
（2）對基因組DNA提取液進行檢測確定樣本中微生物基因組DNA的濃度和純度；
（3）利用16SrDNA特異的V3-V4區引物對基因組DNA提取液進行PCR擴增，進行文庫構建；
（4）利用IlluminaMiSeq測序系統進行測序；
（5）利用FLASH，QIIME，usearch61進行生物信息學分析；
所述步驟(3)中的引物對是能夠特異性擴增所有需要檢驗的微生物來源的引物對；所述引物對的
上游引物為：5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTATGGTAATTGTCCTACGGGAGGCAGCAG-3’；
下游引物為：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNNNNAGTCAGTCAGCCGGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(2)中的樣本微生物基因組DNA提取，采用改進的CTAB抽提法進行微生物基因組的抽提。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(2)中的樣本微生物基因組DNA濃度和純度，采用NanoDrop2000分光光度計檢測，DNA樣品濃度≥10ng/ul，DNA樣品純度OD260/280=1.8-2.0。
4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(4)中的Illumina MiSeq采用簡單快捷的新型測序流程，制備文庫的DNA起始量可低至50ng，時間不到2小時；MiSeq以Illumina的邊合成邊測序技術為基礎，通過可逆終止試劑方法對數百萬個片段同時進行大規模平行測序。
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(4)中的QIIME（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology）是一個專門針對于微生物群落的分析管道，可以進行OTU，以及多樣性分析，擁有處理16S rDNA所需要的軟件并呈現相應的處理結果。
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