[發明專利]全基因組數字擴增的方法

在審

• 申請號: 201680090529.4
• 申請日: 2016-08-31
• 公開（公告）號: CN109923214A
• 公開（公告）日: 2019-06-21
• 發明（設計）人: X·S·謝;邢棟;張棋涵
• 申請（專利權）人: 哈佛學院董事及會員團體
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 余穎;錢文宇

1.一種基因組核酸擴增的方法，其包括：

將基因組DNA與多個轉座酶與轉座子DNA結合二聚體接觸，其中所述轉座子DNA包含轉座酶結合位點，任選的條碼序列和引物結合位點，其中所述多個二聚體結合沿著雙鏈核酸分布的靶位置，而所述轉座酶將所述基因組DNA切割成多個雙鏈基因組DNA片段，所述基因組DNA片段代表基因組DNA片段文庫，其中各雙鏈基因組DNA片段具有與所述雙鏈基因組DNA片段各5'末端結合的所述轉座子DNA，

對所述轉座子DNA和所述基因組DNA片段之間的缺口進行缺口填平，以形成各末端具有引物結合位點的雙鏈基因組DNA片段延伸產物的文庫，

在油相內產生多個水性液滴的亞組，其中所述亞組的各水性液滴包含所述文庫的單個雙鏈基因組DNA片段延伸產物和擴增試劑，

對于所述亞組的各水性液滴，在其中擴增所述雙鏈基因組DNA片段以在所述水性液滴內產生所述雙鏈基因組DNA片段的擴增子，其中擴增在所述亞組的所有液滴中發生，和

由所述亞組的水性液滴收集所述擴增子。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA是獲自單個細胞的全基因組DNA。

3.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座酶是Tn5轉座酶、Mu轉座酶、Tn7轉座酶或IS5轉座酶。

4.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座子DNA包含條碼序列。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座子DNA包含條碼序列并且具有位于所述轉座子DNA5'末端的所述引物結合位點。

6.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座子DNA包含雙鏈19bp Tnp結合位點和突出端，其中所述突出端包含位于所述突出端5'末端的引物結合位點和條碼序列。

7.如權利要求1所述的方法，其中在缺口填平和延伸所述雙鏈基因組DNA片段之前，將結合的轉座酶從所述雙鏈片段去除。

8.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座酶是各自與轉座子DNA復合的Tn5轉座酶，其中所述轉座子DNA包含雙鏈19bp Tnp結合位點和突出端，其中所述突出端包含條碼序列和引物結合位點。

9.如權利要求1所述的方法，其還包括對收集自所述亞組的水性液滴內的所述擴增子進行測序的步驟。

10.如權利要求1所述的方法，其還包括檢測收集自所述亞組的水性液滴內的所述擴增子內單核苷酸變異的步驟。

11.如權利要求1所述的方法，其還包括檢測收集自所述亞組的水性液滴內的所述擴增子內拷貝數變異的步驟。

12.如權利要求1所述的方法，其還包括檢測收集自所述亞組的水性液滴內的所述擴增子內結構變異的步驟。

13.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自產前細胞。

14.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自癌細胞。

15.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自循環腫瘤細胞。

16.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自單個產前細胞。

17.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自單個癌細胞。

18.如權利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA來自單個循環腫瘤細胞。