[發明專利]用于匹配腫瘤學特征的系統和方法

有效

• 申請號: 201680062051.4
• 申請日: 2016-08-26
• 公開（公告）號: CN108348547B
• 公開（公告）日: 2023-09-22
• 發明（設計）人: 安德里亞·卡利法諾;馬里亞諾·賈維爾·阿爾瓦雷茨
• 申請（專利權）人: 紐約市哥倫比亞大學信托人
• 主分類號: C12N5/09
• 分類號: C12N5/09;A61K35/13;G01N33/574
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 吳小明

1.一種篩選治療疾病或病癥的化合物的方法，所述方法包括：

定量測量來自所述疾病或病癥的測試樣品中的多種主調節蛋白的蛋白質活性，其中所述定量測量所述多種主調節蛋白的蛋白質活性是直接或間接基于所述主調節蛋白的調節子的表達，并且其中所述定量測量所述多種主調節蛋白的蛋白質活性包括通過計算機由所述主調節蛋白的調節子的基因表達譜推斷所述多種主調節蛋白的蛋白質活性，其中所述通過計算機推斷所述多種主調節蛋白的蛋白質活性通過VIPER技術來進行；

使所述樣品暴露于所述化合物；

定量測量所述化合物處理的樣品中的所述多種主調節蛋白的蛋白質活性，其中所述定量測量所述多種主調節蛋白的蛋白質活性是直接或間接基于所述主調節蛋白的調節子的表達，并且其中所述定量測量所述多種主調節蛋白的蛋白質活性包括通過計算機由所述主調節蛋白的調節子的基因表達譜推斷所述多種主調節蛋白的蛋白質活性，其中所述通過計算機推斷所述多種主調節蛋白的蛋白質活性再次通過VIPER技術來進行；以及

定量評估與未用所述化合物處理的來自所述疾病或病癥的樣品或暴露于用于遞送所述化合物的媒介物的模型相比，在所述化合物處理的樣品中的所述多種主調節蛋白的蛋白質活性的逆轉。

2.如權利要求1所述的方法，其中化合物誘導所述多種主調節蛋白的蛋白質活性總體逆轉表明所述化合物治療所述疾病或病癥。

3.如權利要求2所述的方法，其中所述化合物選自由以下各項組成的組：小分子化合物、肽、核酸、寡核苷酸、抗體、適體、其修飾型式以及其組合。

4.如權利要求1-3中任一項所述的方法，其中所述疾病或病癥為腫瘤。

5.如權利要求4所述的方法，其中所述腫瘤選自由以下各項組成的組：膠質母細胞瘤、腦膜瘤、白血病、淋巴瘤、肉瘤、類癌、神經內分泌癌、副神經節瘤、黑素瘤、前列腺癌、胰腺癌、膀胱癌、胃癌、結腸癌、乳腺癌、頭頸癌、腎癌、胃部癌瘤、小腸癌、卵巢癌、肝細胞癌、子宮體癌以及肺癌。

6.如權利要求1-5中任一項所述的方法，其中所述定量測量所述多種主調節蛋白的蛋白質活性是直接或間接基于所述主調節蛋白的調節子的富集。

7.如權利要求1所述的方法，其中所述基因表達譜來源于體內模型。

8.如權利要求1所述的方法，其中所述基因表達譜來源于體外模型。

9.如權利要求1-7中任一項所述的方法，其中所述調節子是通過ARACNe來推斷。