[發明專利]用于微生物組分類學特征相關的狀況的微生物組來源的診斷和治療的方法及系統

有效

• 申請號: 201680034679.3
• 申請日: 2016-04-13
• 公開（公告）號: CN107708716B
• 公開（公告）日: 2022-12-06
• 發明（設計）人: 扎迦利·阿普特;丹尼爾·阿爾莫納西德;杰西卡·里奇曼;斯亞沃什·瑞茲萬·貝赫巴哈尼
• 申請（專利權）人: 普梭梅根公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;G16B20/40;G16B30/00;G16B40/00;G16H50/20;G16H50/70
• 代理公司: 北京派特恩知識產權代理有限公司 11270
• 代理人: 浦彩華;姚開麗

一種用于至少一個受試者中的微生物組分類學特征相關的狀況的表征、診斷和治療中的至少一種的方法，該方法包括：接收來自受試者群體的生物樣品的聚合集；生成受試者群體的微生物組組成數據集和微生物組功能多樣性數據集中的至少一種；基于從微生物組組成數據集和微生物組功能多樣性數據集中的至少一種提取的特征生成狀況的表征；基于該表征生成被配置為矯正狀況的療法模型；以及在與受試者相關聯的輸出設備，基于表征和療法模型為受試者安排療法。

相關申請的交叉引用

本申請還要求2015年4月13日提交的序號為62/146,767的美國臨時申請、2015年4月13日提交的序號為62/146,833的美國臨時申請、2015年4月14日提交的序號為62/147,077的美國臨時申請、和2015年4月14日提交的序號為62/147,304的美國臨時申請的權益，其每一個通過該引用以其整體并入本文。

技術領域

本發明總體涉及醫學診斷領域，且更具體地涉及醫學診斷領域中的用于微生物組來源(microbiome-derived)的診斷和治療的新的且有用的方法及系統。

背景

微生物組是與生物體相關的共棲(commensal)、共生(symbiotic)和病原微生物的生態群。人類微生物組包含與整個人體中存在的人類細胞一樣多的微生物細胞，但由于樣品處理技術、遺傳分析技術和用于處理大量數據的資源方面的限制，人類微生物組的表征仍處于初期階段。盡管如此，懷疑微生物組在許多與健康/疾病相關的狀態(例如，分娩的準備(preparation for childbirth)、胃腸道紊亂等)中發揮至少部分的作用。

鑒于微生物組在影響受試者健康方面的深遠影響，應致力于與以下相關的努力：微生物組的表征、從表征生成洞察、以及生成被配置為矯正失調狀態的治療。然而，目前用于分析人類的微生物組并基于獲得的洞察提供治療措施的方法及系統留下了許多未被答復的問題。特別地，由于目前的技術的限制，用于表征某些健康狀況的方法和適合于特定受試者的療法(例如，益生菌療法)尚不可行。

因此，在微生物學領域，對用于以個體化和群體廣度的方式表征微生物組分類群相關的狀況的新的且有用的方法及系統存在需求。本發明產生了這樣的新的且有用的方法及系統。

附圖簡述

圖1A是用于表征微生物組來源的狀況和鑒定治療措施的方法的實施方案的流程圖；

圖1B是用于生成微生物組來源的診斷的方法的實施方案的流程圖；

圖1C是用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法的變化形式的一部分的流程圖；

圖2示出了用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法及系統的實施方案；

圖3示出了用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法的實施方案的一部分的變化形式；

圖4示出了用于在用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法及系統的實施方案中生成模型的方法的變化形式；

圖5示出了在用于表征健康狀況的方法的實施方案中基于益生菌的療法藉以起作用的機制的變化形式；

圖6示出了在用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法的實例中療法相關的通知提供的實例；以及

圖7示出了與用于生成微生物組來源的診斷和治療的方法關聯的示例數據。

實施方案描述

本發明的實施方案的以下描述不意圖將本發明限制為這些實施方案，而是意圖使本領域的任何技術人員能夠制造和使用本發明。

1.用于表征微生物組來源的狀況和鑒定治療措施的方法