[發明專利]用于微生物組分類學特征相關的狀況的微生物組來源的診斷和治療的方法及系統

有效

• 申請號: 201680034679.3
• 申請日: 2016-04-13
• 公開（公告）號: CN107708716B
• 公開（公告）日: 2022-12-06
• 發明（設計）人: 扎迦利·阿普特;丹尼爾·阿爾莫納西德;杰西卡·里奇曼;斯亞沃什·瑞茲萬·貝赫巴哈尼
• 申請（專利權）人: 普梭梅根公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;G16B20/40;G16B30/00;G16B40/00;G16H50/20;G16H50/70
• 代理公司: 北京派特恩知識產權代理有限公司 11270
• 代理人: 浦彩華;姚開麗

1.一種用于生成微生物組分類學特征相關的狀況的表征模型的方法，所述方法包括：

·在樣品處理網絡，用使用引物組的多重擴增操作、測序分析操作、和比對操作處理來自受試者群體的樣品的聚合集的每一個的核酸內容物；

·在與所述樣品處理網絡通信的計算系統，在處理所述樣品的聚合集后生成所述受試者群體的微生物組組成數據集和微生物組功能多樣性數據集；

·在所述計算系統，接收補充數據集，所述補充數據集提供所述受試者群體中與所述狀況相關的特性的信息；

·在所述計算系統，從所述微生物組組成數據集提取分類學特征的集合并從所述微生物組功能多樣性數據集提取功能特征的集合；以及

·在所述計算系統，將由所述微生物組組成數據集和所述微生物組功能多樣性數據集提取的特征及所述補充數據集轉化成所述狀況的表征模型，其中所述表征模型基于所述補充數據集和由所述微生物組組成數據集提取的所述分類學特征的集合和由所述微生物組功能多樣性數據集提取的所述功能特征的集合，其中所述表征模型能基于來自受試者的樣品的補充數據集和分類學特征的集合和功能特征的集合表征受試者的狀況，

其中生成所述表征模型包括用以下檢驗中的至少一種進行統計分析：Kolmogorov-Smirnov檢驗和Welch’s t-檢驗，以分析跨表現出所述狀況的所述受試者群體的第一子集和未表現出所述狀況的所述受試者群體的第二子集具有變化的分類單元的集合和功能特征的集合，或其中生成所述表征模型使用表現出所述狀況的所述受試者群體的第一子集和未表現出所述狀況的所述受試者群體的第二子集的相對豐度值，和相對豐度值的分布，

其中生成所述表征模型包括：提取與所述微生物組組成數據集中指示的微生物組組分的功能方面的集合相關的候選特征，其中提取候選特征包括鑒定來自以下中的至少一種的特征：與所述微生物組組成數據集相關的蛋白特征的直系同源聚類、來自京都基因和基因組百科全書(KEGG)的基因組功能特征、來自直系同源聚類(COG)數據庫的基因組功能特征、化學功能特征和系統功能特征，并且

其中所述狀況是胃食管反流疾病(GERD)、焦慮癥、抑郁癥或肥胖癥。

2.如權利要求1所述的方法，其中將所述補充數據集和所述特征的集合轉化成所述表征模型包括使用統計分析鑒定與所述狀況跨所述受試者群體的子集的存在顯著相關的分類單元的集合相關的特征。

3.如權利要求1所述的方法，其中所述與所述狀況相關的所述特征的集合包括細胞運動相關的第一京都基因和基因組百科全書(KEGG)功能特征、分泌系統相關的第二KEGG功能特征、和含硒化合物代謝相關的第三KEGG功能特征。