[發明專利]比對和變體測序分析管線

有效

• 申請號: 201680030228.2
• 申請日: 2016-03-25
• 公開（公告）號: CN107849612B
• 公開（公告）日: 2023-04-14
• 發明（設計）人: C·埃爾津加
• 申請（專利權）人: 奎斯特診斷投資股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;G16B30/10;G06N3/12;G06N5/04
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 封新琴

提供了用于分析來自下一代序列(NGS)平臺的基因序列數據的系統和方法。還提供了制備通過NGS進行核酸序列分析的樣品的方法。使用修改的GATK變體判讀器進行變體判讀。將讀段映射到基因組參考序列是用Burrows?Wheeler?Aligner(BWA)進行的，且不包括軟剪切。基因組參考序列是GRCh37.1人類基因組參考序列。測序方法包括乳液PCR(emPCR)、滾環擴增或固相擴增。在一些實施方案中，固相擴增是克隆橋擴增。

對相關申請的交叉引用

本申請要求2015年3月26日提交的美國臨時申請No.62/138620和2015年11月11日提交的美國臨時申請No.62/253908的優先權和權益，其內容各自通過提述完整并入本文。

背景

在美國，每年診斷出超過200000例乳腺癌新病例。其中約2％至5％與BRCA1或BRCA2基因中的功能喪失變體相關。在一般人群中估計的攜帶者頻率BRCA1為1:300，BRCA2為1:800，例外是阿什肯納茲猶太人(Ashkenazi-Jewish)女性，在她們中BRCA1和BRCA2中的3種始祖突變(founder?mutation)的攜帶者頻率為2％至5％。帶有BRCA1或BRCA2基因中的有害突變的患者發生乳腺癌的終生風險有50％至80％，發生卵巢癌的終生風險有20％至40％。三陰性乳腺癌——不表達雌激素受體、孕激素受體或Her2/neu，特點是侵襲性更強——占所有乳腺癌的15％至20％；三陰性乳腺癌與BRCA突變相關，頻率在4％至42％之間，取決于研究人群的特征(例如，阿什肯納茲猶太人女性的比例)。

美國國家綜合癌癥網絡(NCCN)制定了幫助醫療保健提供者鑒定具有乳腺癌和卵巢癌高風險、并可能受益于癌癥遺傳風險評估的患者和家族成員的指南。遺傳風險評估可能包括基因檢測，但它是一個動態的咨詢過程。確定乳腺癌女性是否為BRCA1/2陽性可有助于提供適當的關于增加監視以及關于對側乳房切除術和/或輸卵管卵巢切除術的風險與收益的咨詢，而這兩種手術都已被證明是對抗乳腺癌的防護措施。鑒定患者中的有害BRCA1/2變體也可能對家庭成員有幫助，家庭成員可能需要獲取遺傳咨詢和測試的渠道來評估他們的癌癥風險并確定適當的管理。美國乳腺外科醫生學會建議對高風險人群個體進行BRCA1/2檢測，包括具有以下情況的人群：早發型乳腺癌患者(50歲以前診斷)；兩處原發性乳腺癌，雙側或同側；早發型乳腺癌家族史；男性乳腺癌；卵巢癌(特別是非粘液型)的個人或家族史；在新診斷的乳腺癌或乳腺癌家族史背景中的阿什肯納茲(東歐)猶太血統；家族中以前鑒定出BRCA1或BRCA2突變；年齡≤60歲的三陰性乳腺癌；或與遺傳性乳腺癌家族史和卵巢相關癌癥相關聯的胰腺癌。

綜合性的BRCA檢測通常包括對BRCA1和BRCA2的所有編碼外顯子及剪接接合區進行測序，和對大基因重排進行分析。當擴增或測序引物序列中存在多態性時，基于PCR的測序方法，包括使用PCR擴增的Sanger測序和下一代測序(NGS)系統，可能由于等位基因脫扣(drop-out)而產生假陰性結果。

因此，對于改進樣品測序的方法以及準確高效地分析NGS測序數據的方法存在著需要。

概述

在本文某些實施方案中提供了處理由高通量測序方法(包括下一代測序平臺)產生的測序數據的方法。示例性測序平臺包括但不限于Illumina?MiSeq系統和LifeTechnologies?Ion?Torrent個人化操作基因組測序儀。