[發(fā)明專利]比對(duì)和變體測(cè)序分析管線

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201680030228.2
• 申請(qǐng)日: 2016-03-25
• 公開（公告）號(hào): CN107849612B
• 公開（公告）日: 2023-04-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: C·埃爾津加
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 奎斯特診斷投資股份有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12Q1/6869;G16B30/10;G06N3/12;G06N5/04
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 封新琴

1.一種通過一個(gè)或多個(gè)電子處理器處理原始測(cè)序數(shù)據(jù)的方法，其中所述方法包括：

(a)?從核酸測(cè)序儀獲得原始測(cè)序數(shù)據(jù)，其中所述原始測(cè)序數(shù)據(jù)是從核酸樣品產(chǎn)生的，其中使用一個(gè)或多個(gè)生物素化的RNA誘餌對(duì)所述核酸樣品中的一個(gè)或多個(gè)感興趣的基因進(jìn)行外顯子捕獲；

(b)?從原始測(cè)序數(shù)據(jù)中去除未通過質(zhì)量過濾器的低質(zhì)量讀段；

(c)?從經(jīng)過濾的原始測(cè)序數(shù)據(jù)中修剪掉銜接子和分子鑒別序列；

(d)?將經(jīng)過濾的原始測(cè)序數(shù)據(jù)映射到基因組參考序列以生成映射的讀段；

(e)?對(duì)映射的讀段進(jìn)行排序和索引；

(f)?將所述讀段添加到數(shù)據(jù)文件以生成經(jīng)處理的序列文件；

(g)?創(chuàng)建重新比對(duì)目標(biāo)；

(h)?進(jìn)行經(jīng)處理的序列文件的局部重新比對(duì)以生成重新比對(duì)的序列文件；

(i)?從重新比對(duì)的序列文件中去除重復(fù)讀段；

(j)?分析感興趣的編碼區(qū)；和

(k)?基于步驟(j)中的分析，生成鑒定變體是否存在的報(bào)告，

其中使用改良的Smith-Waterman局部重新比對(duì)工具來進(jìn)行步驟(g)和(h)，所述改良的Smith-Waterman局部重新比對(duì)工具限于對(duì)所述一個(gè)或多個(gè)基因內(nèi)的感興趣核酸區(qū)域進(jìn)行重新比對(duì)，其中所述感興趣核酸區(qū)域由所述一個(gè)或多個(gè)基因的編碼外顯子+/-50個(gè)堿基組成，所述基因選自BRCA1或BRCA2，其中所述局部重新比對(duì)不包括堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù)重新校準(zhǔn)，其中使用改良的基因組分析工具包變體判讀器進(jìn)行變體判讀，其中將讀段映射到基因組參考序列是用Burrows?Wheeler?Aligner進(jìn)行的，

其中所述通過一個(gè)或多個(gè)電子處理器處理原始測(cè)序數(shù)據(jù)的方法用于非診斷目的。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述分析感興趣的編碼區(qū)包括判讀感興趣區(qū)域中的每個(gè)位置處的變體。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述將讀段映射到基因組參考序列不包括軟剪切。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組參考序列是GRCh37.1人類基因組參考序列。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中從核酸測(cè)序儀獲得原始測(cè)序數(shù)據(jù)的方法包括使用乳液PCR、滾環(huán)擴(kuò)增或固相擴(kuò)增的步驟。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述固相擴(kuò)增是克隆橋擴(kuò)增。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸是從生物樣品中提取的。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述生物樣品是流體或組織樣品。

9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述生物樣品是血液樣品。

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸是基因組DNA。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸是從mRNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA。

12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括在測(cè)序前由核酸測(cè)序儀制備核酸，其中通過實(shí)施以下步驟制備所述核酸：

(a)?剪切核酸樣品；

(b)?濃縮核酸樣品；

(c)對(duì)剪切的核酸樣品中的核酸分子進(jìn)行大小選擇；

(d)?使用DNA聚合酶修復(fù)樣品中核酸分子的末端；

(e)?使核酸分子附接一個(gè)或多個(gè)銜接子序列；

(f)?擴(kuò)增核酸以增加具有附接的銜接子序列的核酸的比例；

(g)?富集核酸樣品中一個(gè)或多個(gè)感興趣的基因；和

(h)在即將測(cè)序之前定量核酸樣品。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)銜接子序列包括用于引發(fā)測(cè)序反應(yīng)和/或核酸擴(kuò)增反應(yīng)的核酸序列。