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[發(fā)明專利]用于分析重復(fù)序列的mPCR方法在審

專利信息
申請?zhí)枺?/td> 201611252251.4 申請日: 2011-10-28
公開(公告)號: CN106868107A 公開(公告)日: 2017-06-20
發(fā)明(設(shè)計)人: G.J.拉薩姆;L.陳;A.哈德;S.薩;R.曹 申請(專利權(quán))人: 奧斯瑞根公司
主分類號: C12Q1/68 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所11105 代理人: 張文輝
地址: 美國得*** 國省代碼: 暫無信息
權(quán)利要求書: 查看更多 說明書: 查看更多
摘要:
搜索關(guān)鍵詞: 用于 分析 重復(fù) 序列 mpcr 方法
【權(quán)利要求書】:

1.一種表征DNA樣品中FMR基因座的方法,包括下列步驟:

a)使所述樣品的第一部分與甲基化敏感性DNA酶接觸;

b)將GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品,其中所述參照標(biāo)準(zhǔn)品具有至少75%GC豐度;

c)將所述樣品的所述第一部分和第二部分進行DNA擴增反應(yīng),所述第一部分和第二部分各自含有所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品,其中用不同標(biāo)記物標(biāo)記每個部分中擴增的DNA;并

d)分析來自所述樣品的所述第一和所述第二部分的擴增的DNA,由此表征所述FMR基因座的甲基化狀態(tài)。

2.權(quán)利要求1的方法,其中步驟(d)包括毛細管電泳(CE)。

3.權(quán)利要求2的方法,其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品缺乏所述甲基化敏感性DNA酶的識別位點。

4.權(quán)利要求2的方法,其中在單次CE運行中分析來自所述第一和所述第二部分的所述擴增的DNA。

5.權(quán)利要求2的方法,其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有與天然存在的FMR等位基因不重疊的CE遷移時間。

6.權(quán)利要求2的方法,其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約20、約24至27、或大于約32個CGG重復(fù)的相對保留時間。

7.權(quán)利要求2的方法,其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間。

8.權(quán)利要求2的方法,其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有約175至約225個CGG重復(fù)的相對保留時間。

9.權(quán)利要求1的方法,其中所述甲基化敏感性DNA酶選自Hpa II、Eag I、或Nru I。

10.權(quán)利要求1的方法,其中所述擴增反應(yīng)能夠擴增至少200個CGG重復(fù)。

11.權(quán)利要求10的方法,其中所述擴增反應(yīng)包含具有大于1的GC/AT比率的dNTP混合物。

12.權(quán)利要求11的方法,其中所述GC/AT比率是約2.5至約10。

13.權(quán)利要求1的方法,其中所述FMR基因座是FMR1基因座。

14.權(quán)利要求1的方法,其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸后將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品。

15.權(quán)利要求1的方法,其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸前將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品。

16.權(quán)利要求1的方法,其進一步包括使所述樣品的所述第二部分與對照酶接觸。

17.權(quán)利要求16的方法,其中所述對照酶選自EcoRI和Sau3A1。

18.權(quán)利要求16的方法,其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸前將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品,且所述對照酶選自HindIII-HF、EcoRI、DpnI、和NaeI。

19.權(quán)利要求1的方法,其進一步包括在使所述樣品的所述第一部分與所述甲基化敏感性DNA酶接觸前將消化對照添加至所述樣品。

20.權(quán)利要求19的方法,其中所述消化對照具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間,所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間,且所述消化對照擴增產(chǎn)物和所述參照標(biāo)準(zhǔn)品的相對保留時間相差約4個CGG重復(fù)或更多。

21.一種分析人DNA樣品的方法,包括下列步驟:

a)使所述樣品的第一部分與甲基化敏感性DNA酶接觸;

b)將GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品,其中所述參照標(biāo)準(zhǔn)品具有至少75%GC豐度;

c)將所述樣品的所述第一部分和第二部分進行DNA擴增反應(yīng),其中用不同標(biāo)記物標(biāo)記每個部分中的擴增DNA;并

d)分析來自所述樣品的所述第一和所述第二部分的擴增DNA,由此檢測與脆性X綜合征、脆性X關(guān)聯(lián)震顫共濟失調(diào)綜合征、和/或脆性X關(guān)聯(lián)原發(fā)性卵巢功能不全有關(guān)的基因型。

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1、專利原文基于中國國家知識產(chǎn)權(quán)局專利說明書;

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