[發(fā)明專利]用于分析重復(fù)序列的mPCR方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201611252251.4 | 申請日： | 2011-10-28 |
| 公開（公告）號： | CN106868107A | 公開（公告）日： | 2017-06-20 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | G.J.拉薩姆;L.陳;A.哈德;S.薩;R.曹 | 申請（專利權(quán)）人： | 奧斯瑞根公司 |
| 主分類號： | C12Q1/68 | 分類號： | C12Q1/68;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京市柳沈律師事務(wù)所11105 | 代理人： | 張文輝 |
| 地址： | 美國得*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 分析 重復(fù) 序列 mpcr 方法 | ||
1.一種表征DNA樣品中FMR基因座的方法，包括下列步驟：
a)使所述樣品的第一部分與甲基化敏感性DNA酶接觸；
b)將GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品，其中所述參照標(biāo)準(zhǔn)品具有至少75％GC豐度；
c)將所述樣品的所述第一部分和第二部分進行DNA擴增反應(yīng)，所述第一部分和第二部分各自含有所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品，其中用不同標(biāo)記物標(biāo)記每個部分中擴增的DNA；并
d)分析來自所述樣品的所述第一和所述第二部分的擴增的DNA，由此表征所述FMR基因座的甲基化狀態(tài)。
2.權(quán)利要求1的方法，其中步驟(d)包括毛細管電泳(CE)。
3.權(quán)利要求2的方法，其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品缺乏所述甲基化敏感性DNA酶的識別位點。
4.權(quán)利要求2的方法，其中在單次CE運行中分析來自所述第一和所述第二部分的所述擴增的DNA。
5.權(quán)利要求2的方法，其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有與天然存在的FMR等位基因不重疊的CE遷移時間。
6.權(quán)利要求2的方法，其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約20、約24至27、或大于約32個CGG重復(fù)的相對保留時間。
7.權(quán)利要求2的方法，其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間。
8.權(quán)利要求2的方法，其中所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有約175至約225個CGG重復(fù)的相對保留時間。
9.權(quán)利要求1的方法，其中所述甲基化敏感性DNA酶選自Hpa II、Eag I、或Nru I。
10.權(quán)利要求1的方法，其中所述擴增反應(yīng)能夠擴增至少200個CGG重復(fù)。
11.權(quán)利要求10的方法，其中所述擴增反應(yīng)包含具有大于1的GC/AT比率的dNTP混合物。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述GC/AT比率是約2.5至約10。
13.權(quán)利要求1的方法，其中所述FMR基因座是FMR1基因座。
14.權(quán)利要求1的方法，其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸后將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品。
15.權(quán)利要求1的方法，其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸前將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品。
16.權(quán)利要求1的方法，其進一步包括使所述樣品的所述第二部分與對照酶接觸。
17.權(quán)利要求16的方法，其中所述對照酶選自EcoRI和Sau3A1。
18.權(quán)利要求16的方法，其中在使所述第一部分與所述DNA酶接觸前將所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品，且所述對照酶選自HindIII-HF、EcoRI、DpnI、和NaeI。
19.權(quán)利要求1的方法，其進一步包括在使所述樣品的所述第一部分與所述甲基化敏感性DNA酶接觸前將消化對照添加至所述樣品。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述消化對照具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間，所述GC參照標(biāo)準(zhǔn)品具有小于約3個CGG重復(fù)的相對保留時間，且所述消化對照擴增產(chǎn)物和所述參照標(biāo)準(zhǔn)品的相對保留時間相差約4個CGG重復(fù)或更多。
21.一種分析人DNA樣品的方法，包括下列步驟：
a)使所述樣品的第一部分與甲基化敏感性DNA酶接觸；
b)將GC參照標(biāo)準(zhǔn)品添加至所述樣品，其中所述參照標(biāo)準(zhǔn)品具有至少75％GC豐度；
c)將所述樣品的所述第一部分和第二部分進行DNA擴增反應(yīng)，其中用不同標(biāo)記物標(biāo)記每個部分中的擴增DNA；并
d)分析來自所述樣品的所述第一和所述第二部分的擴增DNA，由此檢測與脆性X綜合征、脆性X關(guān)聯(lián)震顫共濟失調(diào)綜合征、和/或脆性X關(guān)聯(lián)原發(fā)性卵巢功能不全有關(guān)的基因型。
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