[發明專利]一種用于檢測體細胞突變的裝置

在審

• 申請號: 201611242847.6
• 申請日: 2016-12-29
• 公開（公告）號: CN108256294A
• 公開（公告）日: 2018-07-06
• 發明（設計）人: 陳玥蘢;侯光遠;王旺;劉偉;玄兆伶;李大為;梁峻彬;陳重建
• 申請（專利權）人: 安諾優達基因科技（北京）有限公司;浙江安諾優達生物科技有限公司;安諾優達(義烏)醫學檢驗有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20;G06F19/18;G06F19/22
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 閆桑田

本發明涉及一種用于檢測體細胞突變(SNV)的裝置。該裝置包括：數據獲取模塊、突變頻率統計模塊、對比模塊、判定模塊、以及檢測結果輸出模塊。本發明的裝置能夠更準確地將系統錯誤與真實的SNV進行區分，不僅提高了靈敏度，而且降低了假陽性與假陰性。

技術領域

本發明涉及基因突變檢測領域，具體涉及一種用于檢測體細胞突變的裝置及方法。

背景技術

隨著二代測序技術的快速發展，并逐漸應用于癌癥方向的科學研究及臨床檢測，使我們對癌癥的發生發展、臨床表現及發病機理有了全新的認識。大量研究表明，癌癥的產生是與體細胞突變(SNV)密切相關，并且這種突變往往僅出現在某一種腫瘤的亞克隆之中。亞克隆突變的研究為疾病病程發展及預后分層提供了新的方向。高深度的二代測序技術可以檢測亞克隆變異。但在文庫構建、上機測序及序列比對的過程中將不可避免的引入PCR錯誤、測序假陽性及比對不準確的情況，亞克隆變異與以上噪音的區分是當前檢測的難點。

目前主流的檢測SNV的算法主要是基于目標區域捕獲的高深度測序、利用捕獲的目標區域的信息來實現。這種方法存在以下不可避免的內在局限性：1、在文庫構建的過程中，會對模板進行PCR擴增，將引入PCR錯誤；2、在測序的過程中，由于不可避免的信號干擾，會產生測序錯誤；3、幼稚細胞含量低，實際突變頻率比較低；4、隨著測序深度的增加，有效測序深度會達到極限。

綜上所述，由測序系統帶來的誤差將會極大的影響SNV的預測。尤其是在幼稚細胞含量比較低時，如果采用的預測方法相對保守，會帶來大量的假陰性；反之，會帶來大量的假陽性。

參考文獻

1.Cibulskis K,et al.Sensitive detection of somatic point mutations inimpure and heterogeneous cancer samples.Nat.Biotechnol.2013；31:213–219.

2.Goya R,et al.SNVMix:predicting single nucleotide variants from nextgeneration sequencing of tumors.Bioinformatics.2010；26:730–736.

3.Larson DE,et al.SomaticSniper:identification of somatic pointmutations in whole genome sequencing data.Bioinformatics.2011；28:311–317.

發明內容

本發明所要解決的技術問題

正如前述，基于現有的平臺，SNV預測的難點在于將測序錯誤與真實的SNV進行準確的區分。

因此，本發明的目的在于提供一種能夠更準確地區分測序錯誤與真實SNV、從而更準確地檢測SNV的裝置及方法。

本發明人經過深入研究發現，通過收集大量的健康人樣本進行平行試驗，能夠確定基因組每一個位置的錯誤率，從而更準確地區分測序錯誤與SNV，同時降低假陽性與假陰性。

即，本發明包括：

一種用于檢測體細胞突變(SNV)的裝置，其包括：

數據獲取模塊，用于獲取生物樣本DNA的測序數據及健康人群DNA的測序數據，所述測序數據包括所述生物樣本DNA各位點的突變頻率、以及與所述生物樣本DNA各位點對應的健康人群中的每個個體的DNA各位點的突變頻率；通常，所述生物樣本DNA的測序數據可以來自對待測生物樣本DNA進行測序而獲得的數據；所述健康人群DNA的測序數據可以來自已經建立的健康人群DNA數據庫，或者來自對健康人群生物樣本DNA進行測序(測序方法應于針對所述待測生物樣本DNA的測序方法相同，即平行測序)而獲得的數據；