[發明專利]快速鑒定屏邊三七及西洋參等人參屬中藥的SNP標記、試劑盒及方法

有效

• 申請號: 201611218427.4
• 申請日: 2016-12-26
• 公開（公告）號: CN106591459B
• 公開（公告）日: 2020-08-11
• 發明（設計）人: 黃林芳;李琳;陳士林
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院藥用植物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

1.一種快速鑒定屏邊三七及其混偽品的SNP標記，其特征在于，所述SNP標記由如下所示引物對擴增得到：

正向PsbA1F：5’-TGCCTTGATCCACTTGGCTACAT-3’；

反向TrnH1R：5’-TGTTCTATCAAGAGGGCGGTATT-3’；

其中，擴增得到的核苷酸序列的5’端起第111位為A和/或第140位為C。

2.權利要求1所述SNP標記在快速鑒定屏邊三七及其混偽品中的應用。

3.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述屏邊三七具體為：屏邊三七的原植物、原料藥材、種子、粉末、飲片或中成藥。

4.根據權利要求2或3所述的應用，其特征在于，所述混偽品為人參屬中藥。

5.根據權利要求4所述的應用，其特征在于，所述混偽品包括人參屬三七、人參、西洋參、竹節參、珠子參、姜狀三七、羽葉三七和/或狹葉竹節參。

6.一種快速鑒定屏邊三七及其混偽品的方法，其特征在于，包括以下步驟：

（1）以待鑒定樣品的基因組DNA為模板，以以下引物對為引物進行擴增得擴增產物：

正向PsbA1F：5’-TGCCTTGATCCACTTGGCTACAT-3’

反向TrnH1R：5’-TGTTCTATCAAGAGGGCGGTATT-3’；

（2）對所述擴增產物進行測序，對測序后所得序列進行處理，獲得完整的擴增片段，檢測所述擴增片段的5’端起第111位堿基和第140位堿基；

若所述擴增片段的5’端起第111位堿基為A和/或第140位堿基為C，則判斷待鑒定樣品為屏邊三七；若所述擴增片段的5’端起第111位堿基不為A且第140位堿基不為C，則判斷待鑒定樣品為屏邊三七混偽品。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟（2）所述對測序后所得序列進行處理的方法具體為：

（a）去掉測序后所得序列兩端的低質量部分和引物區；

（b）對經步驟（a）處理后的序列進行剪切，具體為：以20bp為窗口從序列 5’端向 3’端滑動，如果窗口內有多于2個堿基的Q值小于20，則刪除其中一個Q值小于20的堿基，窗口繼續滑動；如果窗口內Q值小于20的堿基數目小于或等于2個，則窗口停止滑動；

以20bp為窗口從序列 3’端向 5’端滑動，按照與所述從序列 5’端向 3’端相同的方法進行操作；

（c）將經步驟（b）處理后的正向、反向序列進行拼接，使所述正向、反向序列有大于50%的重疊區, 獲得完整的擴增片段。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，經步驟（b）處理后，正向序列和反向序列均大于100 bp；

和/或，正向序列和反向序列所含的低質量堿基數均小于1%；

和/或，正向序列和反向序列均小于剪切前原始序列長度的 50%；

和/或，正向序列和反向序列的平均Q值均大于等于30。