[發(fā)明專利]與南瓜皮色基因連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201611178535.3
• 申請(qǐng)日: 2016-12-19
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN106636393B
• 公開(kāi)（公告）日: 2017-12-19
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 鐘玉娟;黃河勛;羅少波;吳廷全;李俊星
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廣州嘉權(quán)專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司44205
• 代理人: 鄭瑩

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與南瓜皮色基因連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

果皮顏色是果實(shí)外觀品質(zhì)的重要指標(biāo)，也是影響商品價(jià)值的重要因素。中國(guó)南瓜是南瓜屬的三個(gè)栽培種之一，國(guó)外的中國(guó)南瓜多為純色的黃皮品種或者墨綠皮品種，而我國(guó)主要栽培的是淺黃花斑皮品種，而不帶花斑的品種較少。近年來(lái)，純色的黃皮或墨綠皮品種較受歡迎，但由于目前我國(guó)的資源大多是帶花斑的淺黃或橙色品種，尚不能解決市場(chǎng)的純色皮的需求，為了滿足消費(fèi)市場(chǎng)的需求，我國(guó)引進(jìn)了部分墨綠色品種。開(kāi)展品質(zhì)優(yōu)良的純色品種選育是未來(lái)南瓜品質(zhì)育種的重要目標(biāo)之一。傳統(tǒng)育種方式選育純色品種雖然可行，但是耗時(shí)費(fèi)力，大大影響我國(guó)的南瓜育種事業(yè)。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的成熟，特別是大量的SNP(單堿基擴(kuò)增多態(tài)性)標(biāo)記的開(kāi)發(fā)，應(yīng)用高密度遺傳圖譜的方法開(kāi)展植物性狀基因定位成為挖掘植物基因的熱點(diǎn)之一。特別是南瓜的全基因組測(cè)序尚未完成，利用高通量測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)大量的SNP標(biāo)記，開(kāi)發(fā)性狀連鎖的分子標(biāo)記進(jìn)行品種的初期篩選，達(dá)到分子輔助育種的目的，可大大縮短育種的周期提高育種效率。因此，進(jìn)行南瓜果皮顏色的基因定位，篩選緊密連鎖的分子標(biāo)記，建立早期輔助選擇技術(shù)體系，對(duì)果皮顏色的遺傳改良具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供與南瓜皮色基因連鎖的SNP標(biāo)記位點(diǎn)，dCAPS標(biāo)記開(kāi)發(fā)及其應(yīng)用。

本發(fā)明所采取的技術(shù)方案是：

與南瓜皮色基因緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，其為分子標(biāo)記63809或分子標(biāo)記30774，定位于中國(guó)南瓜8號(hào)連鎖群上，分別位于皮色基因兩側(cè)。

所述分子標(biāo)記63809包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第195位堿基是SNP位點(diǎn)，其堿基為C或T；當(dāng)SNP所在位點(diǎn)全為C時(shí)，與分子標(biāo)記63809緊密連鎖的南瓜皮色基因在果實(shí)中的表型為墨綠色，當(dāng)SNP所在位點(diǎn)全為T或者為C/T時(shí)，則果實(shí)表型為淺綠色。

所述分子標(biāo)記30774包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列，所述SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第32位堿基是SNP位點(diǎn)，其堿基為A或T；當(dāng)SNP所在位點(diǎn)全為A時(shí)，與分子標(biāo)記30774緊密連鎖的南瓜皮色基因在果實(shí)中的表型為墨綠色，當(dāng)SNP位點(diǎn)的基因型全為T或者為A/T時(shí)，則果實(shí)表型為淺綠色。。

用于擴(kuò)增以上所述的SNP分子標(biāo)記的引物對(duì)。

作為優(yōu)選的，所述引物對(duì)為dCAPS引物對(duì)。

進(jìn)一步優(yōu)選的，用于檢測(cè)分子標(biāo)記63809的dCAPS引物對(duì)的核苷酸序列如下所示：

F1：5’-TTCCAACAATTTCCCTCTACTGCGG-3’(SEQ ID NO.3),

R1：5’-TTGCTATTTTCTTGCATTCGATATCCAT-3’(SEQ ID NO.4)，

其對(duì)應(yīng)的限制性核酸內(nèi)切酶為NlaIII。

用于檢測(cè)分子標(biāo)記30774的dCAPS引物對(duì)的核苷酸序列如下所示：

F2：5’-CTTGATGAAATTTCCAGAGCCAAAAAGTCAG-3’(SEQ ID NO.5)，

R2：5’-TGCAAAAGATGGAGCGGCGTGTC-3’(SEQ ID NO.6)，

其對(duì)應(yīng)的限制性核酸內(nèi)切酶為Hpy188I。

以上所述的SNP分子標(biāo)記、引物對(duì)在南瓜果皮顏色輔助育種中的應(yīng)用。

一種用于南瓜果皮顏色輔助育種的試劑盒，其包括用于檢測(cè)分子標(biāo)記63809和/或分子標(biāo)記30774SN的試劑。

一種南瓜果皮顏色輔助育種的方法，包括如下步驟：

(1)提取待測(cè)南瓜基因組DNA；

(2)利用特異性引物對(duì)進(jìn)行PCR擴(kuò)增；

(3)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，確定SNP位點(diǎn)的基因型，從而判斷果皮顏色；或者使用對(duì)應(yīng)

的限制性核酸內(nèi)切酶對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行酶切，根據(jù)酶切結(jié)果判斷果皮顏色。

本發(fā)明的有益效果是：

本發(fā)明所篩選得到的分子標(biāo)記63809和分子標(biāo)記30774與南瓜果皮皮色基因緊密連鎖，兩標(biāo)記間的遺傳距離為1.04cM，可直接用于果皮皮色基因分子標(biāo)記輔助育種體系的建立。根據(jù)兩分子標(biāo)記設(shè)計(jì)的dCAPS擴(kuò)增引物可以簡(jiǎn)便、快速、高通量地應(yīng)用于南瓜品種改良分子輔助育種，為南瓜外觀品質(zhì)分子育種提供技術(shù)支持，同時(shí)大大縮短了傳統(tǒng)基因定位的時(shí)間。

附圖說(shuō)明

圖1為墨綠果皮的母本(P1)和淺綠果皮的父本(P2)；