[發明專利]基于計算機的基因組序列分析系統

有效

• 申請號: 201611137830.4
• 申請日: 2011-05-25
• 公開（公告）號: CN106951732B
• 公開（公告）日: 2020-03-10
• 發明（設計）人: J·Z·森波;D·豪斯勒
• 申請（專利權）人: 加利福尼亞大學董事會
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16H50/20
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 王永偉;顏芳

本發明涉及評價和/或預測臨床狀況如癌癥、轉移、AIDS、孤獨癥、阿爾茨海默癥和/或帕金森癥的結果的方法。本方法還可用于監測和追蹤臨床治療方案過程中和之后患者DNA和/或RNA的變化。本方法還可用于評價與這種臨床狀況相關的蛋白質和/或代謝物水平。本方法還用于確定患者特定預后的概率結果。

本申請是分案申請，原申請的申請日為2011年5月25日，中國申請號為201180025750.9，國際申請號為PCT/US2011/000939，發明名稱為“BAMBAM：高通量測序數據的平行比較分析”。

與其他申請的關系

本申請涉及2010年5月25日提交的名為“Bambam：高通量測序數據的平行比較分析”的美國臨時專利申請序號61/396,356，并且要求其優先權，在此將其全部內容引入作為參考。

本發明部分利用下列美國聯邦機構的資金進行：國家癌癥研究所編號1U24CA143858-01。美國聯邦政府對本發明擁有一定權利。

技術領域

本發明涉及處理個體或對象生物途徑的數據和鑒定其組分從而確定個體或對象是否具有病癥或疾病危險的方法。本方法可用作利用SAM/BAM格式的文件中存儲的短閱讀比對(short-read alignment)對個體或對象的腫瘤和種系測序數據進行比較分析的工具。數據處理方法計算總拷貝數和等位基因特異性拷貝數，使等位基因失衡區域的種系序列分階(phase)，發現體細胞和種系序列變體，和推斷體細胞和種系的結構變化區域。本發明還涉及利用本方法診斷對象是否易患癌癥、自身免疫性疾病、細胞周期疾病或其他疾病。

背景技術

現代癌癥治療的核心前提是，患者診斷、預后、危險評估和治療響應預期可通過癌癥分類(stratification)得到提高，癌癥分類基于腫瘤基因組、轉錄和外因基因組特征，同時還有診斷時收集的相關臨床信息(例如，患者病史、腫瘤組織學及階段)以及隨后的臨床后續數據(例如，治療方案和疾病復發事件)。

隨著諸如癌癥基因組圖譜(TCGA)的項目發布多發性腫瘤和匹配的正常全基因組序列，極其需要可由這些大數據組(TCGA，2008)提取盡可能多的基因組信息的計算有效的工具。考慮到高覆蓋(>30X)下單個患者的全基因組序列的壓縮形式可能是數以百計的千兆字節，比較成對的這些大數據組的分析緩慢且難以管理，但對于發現各個患者腫瘤中存在的多種基因組變化絕對是有必要的。

乳腺癌在臨床上和基因組方面是異質的，由幾種病理和分子方面不同的亞型組成。在各亞型中，患者對常規和目標治療劑的響應不同，推動了標記物引導的治療策略的發展。乳腺癌細胞系的集合反映出多種在腫瘤中發現的分子亞型和途徑，表明用候選治療性化合物治療細胞系可導致分子亞型、途徑和藥物響應之間的關聯得到確定。在77種治療性化合物的測試中，幾乎全部藥物在這些細胞系中顯示差異響應，約一半顯示亞型、途徑和/或基因組異常-特異性響應。這些觀察結果暗示了可指示臨床藥物調配的響應和抗性機制以及有效組合藥物的嘗試。

目前需要提供可用于表征、診斷、治療和確定疾病和病癥結果的方法。

發明內容

本發明提供了生成可用于確定個體危險的數據庫的方法，該個體危險具體是，例如，但不限于，個體易患疾病、病癥或狀況的危險；個體工作地點、住所、學校或類似地點的危險；個體暴露于毒素、致癌物質、突變劑及類似物的危險；以及個體飲食習慣的危險。此外，本發明提供了可用于鑒定具體個體、動物、植物或微生物的方法。