[發明專利]基于計算機的基因組序列分析系統

有效

• 申請號: 201611137830.4
• 申請日: 2011-05-25
• 公開（公告）號: CN106951732B
• 公開（公告）日: 2020-03-10
• 發明（設計）人: J·Z·森波;D·豪斯勒
• 申請（專利權）人: 加利福尼亞大學董事會
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16H50/20
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 王永偉;顏芳

1.基于計算機的基因組序列分析系統，包括：

存儲設備，其存儲至少兩個基因組序列數據組，所述至少兩個基因組序列數據組包括：

腫瘤序列數據組，包括患者的腫瘤組織樣本的腫瘤序列串，所述腫瘤序列串包括腫瘤閱讀組；和

匹配的正常數據組，包括同一患者的正常組織樣本的匹配的正常序列串，所述匹配的正常序列串包括種系閱讀組；和

序列分析引擎，其與所述存儲設備連接并且被配置以：

鑒定所述腫瘤序列串與所述匹配的正常序列串之間的共同基因組位置，以獲得基因組閱讀的累積對；

同時地和同步地從所述腫瘤序列數據組檢索所述腫瘤序列串的腫瘤閱讀和從所述匹配的正常數據組檢索與所述共同基因組位置重疊的所述匹配的正常序列串的種系閱讀；

將檢索的所述腫瘤閱讀和所述種系閱讀存儲在計算機的內存中，其中基于給定基因組位置，所述腫瘤序列串的腫瘤閱讀與所述匹配的正常序列串的種系閱讀在所述計算機的所述內存中遞增地同步，并且其中所述遞增地同步包括從所述內存舍棄不與下一個共同基因組位置重疊的累積對的基因組閱讀；

根據從所述腫瘤序列串的序列閱讀和所述匹配的正常序列串的序列閱讀得到的概率，鑒定與所述給定基因組位置相關的基因組改變，其中通過對于所述內存中的累積對，將所述內存中的所述腫瘤閱讀與內存中的所述種系閱讀進行比較，來鑒定所述基因組改變；和

在設備內存中存儲所述基因組改變。

2.根據權利要求1所述的系統，其中所述基因組改變包括基因組變體。

3.根據權利要求2所述的系統，其中所述基因組變體包括體細胞變體。

4.根據權利要求2所述的系統，其中所述基因組變體包括種系變體。

5.根據權利要求1所述的系統，其中所述基因組改變包括單核苷酸多態性。

6.根據權利要求1所述的系統，其中所述基因組改變包括選自下列的改變：等位基因特異的拷貝數、雜合性丟失、結構重排、染色體融合和斷點。

7.根據權利要求1所述的系統，其中所述腫瘤序列數據組包括腫瘤BAM文件。

8.根據權利要求1所述的系統，其中所述匹配的正常數據組包括正常BAM文件。

9.根據權利要求1所述的系統，其中所述基因組序列數據組包括多于兩個數據組。

10.根據權利要求9所述的系統，其中所述多于兩個數據組包括相關測序數據組。

11.根據權利要求9所述的系統，其中所述多于兩個數據組包括至少一個復發數據組。

12.根據權利要求1所述的系統，其中序列分析引擎進一步被配置以與所述腫瘤序列數據組和匹配的正常數據組同時地讀取和同步第三數據組。

13.根據權利要求1所述的系統，進一步包括基因組瀏覽器，所述基因組瀏覽器被配置以顯示與所述腫瘤序列數據組和所述匹配的正常數據組相關的基因組改變。

14.根據權利要求1所述的系統，其中所述存儲設備被配置以將所述至少兩個基因組序列數據組作為文件存儲在文件系統中。

15.根據權利要求1所述的系統，其中所述腫瘤序列串和所述正常序列串的給定基因組位置基于參考基因組。

16.根據權利要求1所述的系統，其中所述概率通過最大化腫瘤和種系基因型的聯合似然來確定。