[發明專利]豬背最長肌肌內脂肪生成相關的關鍵miRNA的篩選與注釋

在審

• 申請號: 201611098531.4
• 申請日: 2016-12-04
• 公開（公告）號: CN107016259A
• 公開（公告）日: 2017-08-04
• 發明（設計）人: 劉林清;王重龍;錢坤
• 申請（專利權）人: 安徽省農業科學院畜牧獸醫研究所
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.豬背最長肌肌內脂肪生成相關的關鍵miRNA的篩選與注釋，其特征在于，包括以下步驟：

第一步：選取肌內脂肪含量差異較大的皖南花豬(WH)和大約克豬(YY)作為研究對象：高通量測序后皖南花豬3個樣本得到的總reads數分別為20147696，25342611和24257436，其中Clean reads達到98.9%、98.89%和98.97%；大約克豬3個樣本得到的總reads數分別為26177403，28014381和 23255427，其中Clean reads達到98.9%、98.98%和99.02%；可見所測樣品中Clean reads的比例都占到Raw reads的98%以上，表明測序質量較高，所得Clean reads數目能夠滿足試驗需要；

第二步：高通量miRNA-seq測序技術，對miRNA-seq數據進行差異表達分析：在差異分析中，采用TPM（Transcripts per million，公式為：單一miRNA reads數×106/總reads數）作為標準化數據；其中以大約克豬為對照組，皖南花豬與之相比，趨于紅色的區域代表上調的有9個miRNA，趨于綠色的區域代表為下調的有33個miRNA（參見圖1）；

第三步：應用miRanda軟件對miRNA預測中得到的序列以及對應物種的基因組cDNA序列進行可能的靶位點預測，并且通過采用DAVID KEGG分析在脂肪生成信號通路（Adipocytokine signaling pathway）中的差異表達miRNA及其預測的靶基因（參見圖2）：研究發現，兩個上調的miRNA-196a/b可能通過與其預測的靶基因PPARGC-1結合以激活脂肪生成信號通路來影響豬肌內脂肪的形成的過程（參見圖3）。