[發(fā)明專利]一種利用模糊核酸測序信息進(jìn)行比對及變異鑒定的方法和系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201611088606.0
• 申請日: 2016-12-01
• 公開（公告）號: CN108165616B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周文雄;陳子天;康力;喬朔;段海峰;黃巖誼
• 申請（專利權(quán)）人: 賽納生物科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B30/10;G16B20/20
• 代理公司: 北京嘉途睿知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11793
• 代理人: 彭成

本發(fā)明提供一種通過測序獲得的模糊序列信息進(jìn)行比對以及變異鑒定的方法：將待測的核苷酸片段固定，通過測序反應(yīng)，獲得模糊序列信息；模糊序列信息和參考基因組進(jìn)行比對；同時可以對于變異進(jìn)行鑒定。本發(fā)明提供的方法不需要完整的核酸堿基序列，僅通過多堿基反應(yīng)液測序獲得的模糊信息就可以進(jìn)行比對和發(fā)現(xiàn)變異，不僅節(jié)省了測序的費(fèi)用，還加快了比對的速度，降低了成本。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種利用模糊的核酸測序信息進(jìn)行比對及變異鑒定的方法和系統(tǒng)，屬于基因測序領(lǐng)域。

背景技術(shù)

高通量測序技術(shù)又被稱為下一代測序技術(shù)(NGS)，是近年發(fā)展起來的新型測序技術(shù)。高通量測序技術(shù)是對于傳統(tǒng)的測序技術(shù)的一次革命性改變，同時對幾萬到幾百萬的核酸分子進(jìn)行同時測序。高通量測序中會產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)的處理和利用是高通量測序的重要組成部分。

高通量測序技術(shù)可以發(fā)現(xiàn)基因變異，為臨床診斷、篩查等提供依據(jù)。基因變異包括單核苷酸變異(SNV)、拷貝數(shù)變異(CNV)、染色體倍數(shù)變異、DNA修飾的變異(如DNA甲基化)等。臨床診斷上要求能夠以較低廉的價格，快速準(zhǔn)確地檢測基因變異。然而現(xiàn)有基于高通量測序技術(shù)的基因變異檢測方法均需要先得到完整的DNA序列，然后尋找變異，從而提高了時間和價格成本。本發(fā)明提供一種模糊比對的方法，可以利用模糊的核酸序列快速的進(jìn)行比對并且尋找變異。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種獲得DNA序列的部分信息，將該部分信息比對到參考基因組上，并利用該部分信息發(fā)現(xiàn)/鑒定基因變異的方法。

本發(fā)明提供一種通過測序獲得的模糊序列信息進(jìn)行比對以及變異鑒定的方法：將待測的核苷酸片段固定，通過測序反應(yīng)，獲得模糊序列信息；模糊序列信息和參考基因組進(jìn)行比對；其中，所述的測序反應(yīng)的反應(yīng)液中包含兩種或者兩種以上不同堿基的核苷酸底物分子。

本發(fā)明所述的測序反應(yīng)的反應(yīng)液中包含兩種或者兩種以上的不同堿基的核苷酸底物分子。當(dāng)其進(jìn)行測序反應(yīng)的時候，每次獲得的是對應(yīng)于測序反應(yīng)液中核苷酸底物分子的序列信息。該信息可能含有兩種或者兩種以上的堿基數(shù)量信息，并不是確定的序列信息，是模糊的序列信息。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，利用5’端多磷酸修飾有熒光切換性質(zhì)的熒光團(tuán)的核苷酸底物分子進(jìn)行測序；所述的熒光切換性質(zhì)指的是測序后熒光信號相比測序反應(yīng)前有明顯改變。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的測序是邊成邊測序方法。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，還包括將模糊序列信息和參考基因組用相同方式進(jìn)行編碼，然后進(jìn)行比對。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，還包括將模糊序列信息或參考基因組進(jìn)行編碼，然后進(jìn)行比對。在該編碼的過程中，可能涉及到了堿基排列次序的改變，也可以用其它字母或符號的替代，以相同形式并且有利于比對為原則。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，還包括將參考基因組進(jìn)行編碼，更改其次序信息，然后與模糊序列信息進(jìn)行比對。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，將參考基因組進(jìn)行編碼，更改其次序信息，然后與模糊序列信息的編碼進(jìn)行比對。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的模糊序列信息指的是不能由該序列信息得出核苷酸序列的完整堿基序列信息。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的完整堿基序列信息指的是以A、G、T、C為編碼的核酸序列信息，或者可以獲得以A、G、U、C為編碼的核酸序列信息；其中堿基可以是甲基化的堿基。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的模糊序列信息可以是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的簡并序列。

根據(jù)本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式，所述的模糊序列信息可以是簡并序列信息和非簡并序列信息的結(jié)合。