[發(fā)明專利]一種利用模糊核酸測序信息進行比對及變異鑒定的方法和系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201611088606.0
• 申請日: 2016-12-01
• 公開（公告）號: CN108165616B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發(fā)明（設計）人: 周文雄;陳子天;康力;喬朔;段海峰;黃巖誼
• 申請（專利權）人: 賽納生物科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B30/10;G16B20/20
• 代理公司: 北京嘉途睿知識產(chǎn)權代理事務所(普通合伙) 11793
• 代理人: 彭成

1.一種通過測序獲得的模糊序列信息與參考基因組進行比對的方法，其特征在于，將待測的核苷酸片段固定，通過測序反應，獲得模糊序列信息；

模糊序列信息和參考基因組進行比對；

其中，所述的測序反應的反應液中包含兩種堿基的核苷酸底物分子；

所述的測序指的是利用5’端在多磷酸上修飾有熒光切換性質的熒光團的核苷酸底物分子進行測序；

所述的熒光切換性質指的是測序后熒光信號相比測序反應前有明顯改變；

所述的測序反應是3端不封閉的測序方法；

模糊序列信息和參考基因組進行比對指的是將模糊序列信息和參考基因組用相同方式進行編碼，然后進行比對；

所述的測序反應液是一套反應液組，每套反應液組包括兩個反應液，每個反應液包含兩種不同堿基的核苷酸；

其中一個反應液中的核苷酸可以和待測核苷酸序列上的兩種堿基互補，另一個反應液中的核苷酸可以和待測核酸序列上的另外兩種堿基互補；

所述兩個反應液循環(huán)加入。

2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的測序是邊合成邊測序方法。

3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息指的是不能由該序列信息得出核苷酸序列的完整堿基序列信息。

4.根據(jù)權利要求3所述的方法，其特征在于，

所述的完整堿基序列信息指的是以A、G、T、C為編碼的核酸序列信息，或者以A、G、U、C為編碼的核酸序列信息；其中堿基可以是甲基化的堿基。

5.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的模糊序列信息是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的簡并序列。

6.根據(jù)權利要求1或5所述的方法，其特征在于，

所述的每個反應液中的兩種不同堿基的核苷酸底物分子用相同或者不相同的熒光分子標記。

7.根據(jù)權利要求1-5任一項所述的方法，其特征在于，

利用Smith-Waterman算法、Bowtie、BWA或SOAP，將編碼后的模糊序列信息比對到編碼后的參考基因組上。

8.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，

將測序獲得的模糊序列信息，編碼成其可能的堿基序列信息中的一種。

9.根據(jù)權利要求8所述的方法，其特征在于，

將測序獲得的模糊序列信息編碼成數(shù)字。

10.根據(jù)權利要求1或9所述的方法，其特征在于，

將模糊序列信息以及參考基因組同時或先后進行編碼。

11.根據(jù)權利要求2所述的方法，其特征在于，

所述的熒光切換性質指的是每一步的測序反應后，熒光信號相比于測序反應前有明顯增強，或者有明顯減弱，或者發(fā)射光頻率范圍有明顯改變。

12.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，

所述的5’端多磷酸修飾有熒光切換性質的熒光團的核苷酸底物分子，指的是5’末端磷酸修飾有熒光切換性質的熒光團的核苷酸底物分子。