[發(fā)明專利]與白葉枯病抗性基因Xa7緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610990500.3
• 申請(qǐng)日: 2016-11-10
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN106636349B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-08-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 鄭秀婷;彭佩;江南;李為國(guó);熊艷文;李繼明
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 華智水稻生物技術(shù)有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君

本發(fā)明涉及分子標(biāo)記，具體公開(kāi)了一種與白葉枯病抗性基因緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記K_060569，其序列如SEQ ID No.1所示，第61bp位點(diǎn)處的堿基為C或G。本發(fā)明進(jìn)一步提供了利用KASP反應(yīng)可高通量的對(duì)水稻材料進(jìn)行Xa7抗性基因檢測(cè)的引物組合，及所述分子標(biāo)記和所述引物組合在檢測(cè)白葉枯病抗性基因Xa7和在水稻抗病性輔助育種中的應(yīng)用。本發(fā)明應(yīng)用KASP技術(shù)對(duì)所尋找到的SNP分子標(biāo)記進(jìn)行基因分型，可以快速、精確的檢測(cè)Xa7基因，大幅提高基因轉(zhuǎn)育的效率。且檢測(cè)過(guò)程不需要酶切、電泳及測(cè)序等，操作簡(jiǎn)便，利于高通量快速檢測(cè)，徹底杜絕了PCR產(chǎn)物的氣溶膠污染和EB對(duì)環(huán)境的污染、甲醛對(duì)人體的危害。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子標(biāo)記，具體地說(shuō)，涉及一種與白葉枯病抗性基因Xa7緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記。

背景技術(shù)

水稻白葉枯病菌具有生理小種專化性，品種的抗性基本上都是受核基因組中的主效抗性基因控制，自世紀(jì)年代日本科學(xué)家利用黃玉和蘭泰耶瑪斯與金南風(fēng)雜交后代分析其對(duì)日本菌群抗性反應(yīng)，鑒定出并命名個(gè)顯性抗性基因后，有關(guān)水稻白葉枯病抗性基因的鑒定與發(fā)掘研究就沒(méi)停止過(guò)。1975年以后，國(guó)際水稻研究所(用菲律賓生理小種先后鑒定出個(gè)抗病基因(章琦，2007)。其他國(guó)家科研人員也相繼鑒定出一批抗性基因，但由于各國(guó)科學(xué)家使用的菌系不同，其鑒定結(jié)果缺乏國(guó)與國(guó)之間的可比性，在一定程度上影響到這一研究領(lǐng)域的進(jìn)展。因此從1982年開(kāi)始，IRRI與日本科學(xué)家開(kāi)始合作進(jìn)行白葉枯病基因鑒定工作，創(chuàng)建了水稻白葉枯病抗性基因鑒別系統(tǒng)，到1987年確認(rèn)了Xa1、Xa2、Xa3、Xa4、Xa5、Xa6、Xa7、Xa8、Xa10、Xa11、Xa12等11個(gè)抗性基因的存在(Ogawa et al.,1987)。隨后有更多的基因被鑒定、定位與克隆。截至到目前，已確認(rèn)和報(bào)道的白葉枯抗性基因有38個(gè)，命名排序至Xa38(虞玲錦等，2012；國(guó)家水稻數(shù)據(jù)中心)。其中有26個(gè)為顯性基因，其余為隱性基因；已經(jīng)被定位的有26個(gè)，其中有8個(gè)基因已被克隆，分別為Xa1、Xa5、Xa27、Xa13、Xa3/Xa26、Xa4、Xa21和Xa23(王春連，2006；裴慶利等，2011；國(guó)家水稻數(shù)據(jù)中心)。

目前，育種家們通過(guò)分子標(biāo)記輔助選擇(molecμLar assisted selectoin，MAS)，已利用Xa4、Xa21和Xa23選育出了許多抗病恢復(fù)系品種，如IR26、IR28、IR30、IR32、IR36、IR50、IR54等。國(guó)內(nèi)大面積種植的雜交稻中大多含有Xa4基因，不過(guò)長(zhǎng)期大面積地使用單一抗源已經(jīng)導(dǎo)致了新致病菌株的進(jìn)化，雜交稻抗病的持久性得不到保證。

Xa7基因源于孟加拉稻種DV85和DV86，是一個(gè)具有廣譜抗性的顯性抗白葉枯病基因，國(guó)際水稻所將DV85與IR24回交，構(gòu)建了含Xa7的近等基因系IRBB7；我國(guó)一個(gè)強(qiáng)優(yōu)恢復(fù)系水稻品種“鎮(zhèn)恢084”以91-2156為母本，與由DV85選育的抗病品系R19雜交而成，該品種也帶有Xa7基因。因此，利用MAS等現(xiàn)代育種技術(shù)，將Xa7基因?qū)胫髟缘碾s交稻恢復(fù)系中，有望大大提高我國(guó)水稻的抗病性和生產(chǎn)安全。

然而，由于Xa7基因還沒(méi)有被克隆，無(wú)法設(shè)計(jì)基因功能標(biāo)記。以致在傳統(tǒng)水稻育種中抗白葉枯病基因Xa7未得到較好的利用。

因此，當(dāng)前仍需進(jìn)一步探索新的白葉枯病抗性基因緊密連鎖的分子標(biāo)記，從而為加快水稻抗病遺傳基礎(chǔ)和抗病育種研究提供技術(shù)支撐。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的問(wèn)題，本發(fā)明的目的是提供與白葉枯病抗性基因Xa7緊密連鎖的SNP(single nucleotide polymorphism)分子標(biāo)記K_060569和K_060570及其應(yīng)用。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明目的，本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

第一方面，本發(fā)明提供了一種與白葉枯病抗性基因Xa7緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記K_060569，其序列如SEQ ID No.1所示，第61bp位點(diǎn)處的堿基為C或G。