[發(fā)明專利]基因序列比對(duì)方法和裝置

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201610826144.1
• 申請(qǐng)日: 2016-09-18
• 公開（公告）號(hào): CN107844684B
• 公開（公告）日: 2022-02-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳建平;熊軍;支朋超;劉凡
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大智造科技股份有限公司
• 主分類號(hào): G16B30/10
• 分類號(hào): G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 北京清亦華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 張大威

本發(fā)明提出一種基因序列比對(duì)方法和裝置，該基因序列比對(duì)方法包括獲取待比對(duì)序列中預(yù)設(shè)長(zhǎng)度子序列的索引值；根據(jù)索引值從參考基因序列中讀取對(duì)應(yīng)的比對(duì)序列；判斷待比對(duì)序列和比對(duì)序列是否相同，得到判斷結(jié)果；根據(jù)判斷結(jié)果對(duì)待比對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)。通過(guò)本發(fā)明能夠有效提升基因序列比對(duì)效率，提升用戶體驗(yàn)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物信息技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種基因序列比對(duì)方法和裝置。

背景技術(shù)

基因序列是包含ACGT四種堿基的長(zhǎng)字符串，例如，人的基因序列有大概30億個(gè)堿基。短基因序列只包含幾十到幾百個(gè)堿基，短基因序列是由基因序列打碎用測(cè)序儀測(cè)量得到的。在基因序列比對(duì)的一些應(yīng)用場(chǎng)景下，需要將短基因序列回帖到參考基因序列中去，找出短基因序列在參考基因序列中的位置，及兩者間差異(例如，測(cè)量誤差以及短基因序列和參考基因序列存在的差異)。

相關(guān)技術(shù)中，通過(guò)高通量測(cè)序序列比對(duì)軟件對(duì)參考基因序列建立預(yù)設(shè)索表引來(lái)提高搜索速度，將參考基因序列中各個(gè)子序列和對(duì)應(yīng)的位置信息存入預(yù)設(shè)索表引，然后提取出相應(yīng)的參考基因序列與短基因序列進(jìn)行比較，篩選差異程度在允許范圍內(nèi)的最佳比對(duì)結(jié)果。由于測(cè)序生成的短基因序列的長(zhǎng)度較早期增加顯著，比對(duì)結(jié)果允許的差異程度較大，包含多個(gè)缺失堿基和插入堿基，現(xiàn)有的比對(duì)軟件，例如，BWA-MEM，BOWTIE2，SOAP3-dp均采用計(jì)算機(jī)指令集加速的動(dòng)態(tài)規(guī)劃匹配算法來(lái)進(jìn)行比對(duì)。

這種方式下，采用計(jì)算機(jī)指令集加速的動(dòng)態(tài)規(guī)劃匹配算法相比傳統(tǒng)的動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法，雖然速度有很大的提升，但耗時(shí)較多，基因序列比對(duì)效率較低。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明旨在至少在一定程度上解決相關(guān)技術(shù)中的技術(shù)問(wèn)題之一。

為此，本發(fā)明的一個(gè)目的在于提出一種基因序列比對(duì)方法，能夠有效提升基因序列比對(duì)效率，提升用戶體驗(yàn)。

本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提出一種基因序列比對(duì)裝置。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明第一方面實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)方法，包括：獲取待比對(duì)序列中預(yù)設(shè)長(zhǎng)度子序列的索引值；根據(jù)所述索引值從參考基因序列中讀取對(duì)應(yīng)的比對(duì)序列；判斷所述待比對(duì)序列和所述比對(duì)序列是否相同，得到判斷結(jié)果；根據(jù)所述判斷結(jié)果對(duì)所述待比對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)。

本發(fā)明第一方面實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)方法，通過(guò)獲取待比對(duì)序列中預(yù)設(shè)長(zhǎng)度子序列的索引值，根據(jù)所述索引值從參考基因序列中讀取對(duì)應(yīng)的比對(duì)序列，判斷所述待比對(duì)序列和所述比對(duì)序列是否相同，得到判斷結(jié)果，根據(jù)所述判斷結(jié)果對(duì)所述待比對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)，能夠有效提升基因序列比對(duì)效率，提升用戶體驗(yàn)。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明第二方面實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)裝置，包括：第一獲取模塊，用于獲取待比對(duì)序列中預(yù)設(shè)長(zhǎng)度子序列的索引值；讀取模塊，用于根據(jù)所述索引值從參考基因序列中讀取對(duì)應(yīng)的比對(duì)序列；判斷模塊，用于判斷所述待比對(duì)序列和所述比對(duì)序列是否相同，得到判斷結(jié)果；對(duì)比模塊，用于根據(jù)所述判斷結(jié)果對(duì)所述待比對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)。

本發(fā)明第二方面實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)裝置，通過(guò)獲取待比對(duì)序列中預(yù)設(shè)長(zhǎng)度子序列的索引值，根據(jù)所述索引值從參考基因序列中讀取對(duì)應(yīng)的比對(duì)序列，判斷所述待比對(duì)序列和所述比對(duì)序列是否相同，得到判斷結(jié)果，根據(jù)所述判斷結(jié)果對(duì)所述待比對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)，能夠有效提升基因序列比對(duì)效率，提升用戶體驗(yàn)。

本發(fā)明附加的方面和優(yōu)點(diǎn)將在下面的描述中部分給出，部分將從下面的描述中變得明顯，或通過(guò)本發(fā)明的實(shí)踐了解到。

附圖說(shuō)明

本發(fā)明上述的和/或附加的方面和優(yōu)點(diǎn)從下面結(jié)合附圖對(duì)實(shí)施例的描述中將變得明顯和容易理解，其中：

圖1是本發(fā)明一實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)方法的流程示意圖；

圖2是本發(fā)明另一實(shí)施例提出的基因序列比對(duì)方法的流程示意圖；