[發明專利]基因序列比對方法和裝置

有效

• 申請號: 201610826144.1
• 申請日: 2016-09-18
• 公開（公告）號: CN107844684B
• 公開（公告）日: 2022-02-08
• 發明（設計）人: 陳建平;熊軍;支朋超;劉凡
• 申請（專利權）人: 深圳華大智造科技股份有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 張大威

1.一種基因序列比對方法，其特征在于，包括以下步驟：

獲取待比對序列中預設長度子序列的索引值；

根據所述索引值從參考基因序列中讀取對應的比對序列；

判斷所述待比對序列和所述比對序列是否相同，得到判斷結果；

根據所述判斷結果對所述待比對序列進行比對；

所述根據所述判斷結果對所述待比對序列進行比對，包括：

若所述判斷結果為所述待比對序列和所述比對序列相同，則將所述索引值作為所述待比對序列的位置信息；

若所述判斷結果為所述待比對序列和所述比對序列不同，則判定所述待比對序列中存在插入缺失；

所述判定所述待比對序列中存在插入缺失，還包括：

獲取所述待比對序列的第一子序列和第二子序列，其中，所述第一子序列為所述待比對序列的首部預設長度的子序列，所述第二子序列為所述待比對序列的尾部預設長度的子序列；

分別獲取所述第一子序列的第一索引值和所述第二子序列的第二索引值；

獲取所述第一子序列和所述第二子序列在所述待比對序列中的位置差值；

根據所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值檢測所述插入缺失。

2.如權利要求1所述的基因序列比對方法，其特征在于，所述根據所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值檢測所述插入缺失，包括：

將所述第一索引值和所述第二索引值作差，得到索引差值；

將所述索引差值和所述位置差值作比對，得到比對結果；

在所述比對結果為所述索引差值大于所述位置差值時，判定所述待比對序列相比于所述參考基因序列缺失堿基；

在所述比對結果為所述索引差值小于所述位置差值時，判定所述待比對序列相比于所述參考基因序列插入堿基。

3.如權利要求1所述的基因序列比對方法，其特征在于，在所述獲取待比對序列中預設長度子序列的索引值之前，還包括：

從預設索引表中獲取待比對序列中預設長度子序列的索引值。

4.如權利要求1所述的基因序列比對方法，其特征在于，通過以下步驟建立所述預設索引表：

獲取所述參考基因序列中所有的預設長度的子序列，并獲取所述所有的預設長度的子序列中每個子序列在所述參考基因序列中的對應的位置；

將所述所有的預設長度的子序列和所述對應的位置對應存儲，以生成所述預設索引表。

5.一種基因序列比對裝置，其特征在于，包括：

第一獲取模塊，用于獲取待比對序列中預設長度子序列的索引值；

讀取模塊，用于根據所述索引值從參考基因序列中讀取對應的比對序列；

判斷模塊，用于判斷所述待比對序列和所述比對序列是否相同，得到判斷結果；

對比模塊，用于根據所述判斷結果對所述待比對序列進行比對；

所述對比模塊具體用于：在所述判斷結果為所述待比對序列和所述比對序列相同時，將所述索引值作為所述待比對序列的位置信息；在所述判斷結果為所述待比對序列和所述比對序列不同時，判定所述待比對序列中存在插入缺失；

第二獲取模塊，用于獲取所述待比對序列的第一子序列和第二子序列，其中，所述第一子序列為所述待比對序列的首部預設長度的子序列，所述第二子序列為所述待比對序列的尾部預設長度的子序列；

第三獲取模塊，用于分別獲取所述第一子序列的第一索引值和所述第二子序列的第二索引值；

第四獲取模塊，用于獲取所述第一子序列和所述第二子序列在所述待比對序列中的位置差值；

檢測模塊，用于根據所述第一索引值、所述第二索引值及所述位置差值檢測所述插入缺失。

6.如權利要求5所述的基因序列比對裝置，其特征在于，所述檢測模塊包括：

作差子模塊，用于將所述第一索引值和所述第二索引值作差，得到索引差值；

對比子模塊，用于將所述索引差值和所述位置差值作比對，得到比對結果；

判定子模塊，用于在所述比對結果為所述索引差值大于所述位置差值時，判定所述待比對序列相比于所述參考基因序列缺失堿基；

所述判定子模塊還用于：在所述比對結果為所述索引差值小于所述位置差值時，判定所述待比對序列相比于所述參考基因序列插入堿基。