[發明專利]一種Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法和構建系統

有效

• 申請號: 201610801091.8
• 申請日: 2016-09-05
• 公開（公告）號: CN107256323B
• 公開（公告）日: 2020-11-13
• 發明（設計）人: 萬旗東;李慶輝;金剛
• 申請（專利權）人: 云健康基因科技（上海）有限公司
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G16B20/30;G16B50/00
• 代理公司: 上海智信專利代理有限公司 31002
• 代理人: 吳林松;孔翰

1.一種Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法，其特征在于：包括下列步驟：

(1)獲取Ⅱ型糖尿病關聯性SNP位點；

(2)計算所述Ⅱ型糖尿病關聯性SNP位點在東亞人群中的風險度即OR值，并獲取OR值≥1.08的SNP位點；

(3)計算所有的OR值≥1.08的SNP位點的風險等位基因在沒有獲得Ⅱ型糖尿病的東亞人群的頻率值，并獲取頻率值≥0.01的SNP位點作為過濾后的SNP位點；

(4)計算所有過濾后的SNP在中國個體中的風險等位基因數量；

(5)計算中國人群的Ⅱ型糖尿病的流行病學患病率；

(6)根據貝葉斯算法和哈迪-溫伯格平衡原理，構建風險評估模型；

所述的構建風險評估模型中，中國個體的患病風險計算公式為：

其中：

P：中國個體的患病概率；

D：Ⅱ型糖尿病；

k[i]：在所有的過濾后的SNP位點中，第i個SNP位點的風險等位基因的數量；

r：中國人群的Ⅱ型糖尿病的流行病學患病率；

π：乘積符號；

g_i：每個過濾后的SNP位點的風險等位基因數量為1個時的OR值；

p_i：在所有的過濾后的SNP位點中，第i個SNP位點的風險等位基因在沒有獲得Ⅱ型糖尿病的東亞人群中的頻率值。

2.根據權利要求1所述的Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法，其特征在于：步驟(1)包括：

步驟1-1、從T2D-GENES Consortium數據庫、GoT2D Consortium數據庫和DIAGRAMConsortium數據庫中獲取與Ⅱ型糖尿病相關的SNP位點作為T2D Consortium位點，研究人群為東亞人群；

從GWAS研究的文獻數據庫中獲取與Ⅱ型糖尿病相關的SNP位點作為GWAS位點，其中顯著性水平取0.000001，研究人群為東亞人群；

從候選基因研究的文獻數據庫中獲取與Ⅱ型糖尿病相關的SNP位點作為候選基因位點，其中顯著性水平取0.05，研究人群為東亞人群；

步驟1-2、將T2D Consortium位點、GWAS位點和候選基因位點合并一起，去除重復的SNP位點，并進行連鎖分析，保留連鎖不平衡r²值0.8的SNP位點作為所述Ⅱ型糖尿病關聯性SNP位點。

3.根據權利要求1所述的Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法，其特征在于：在步驟(2)中，OR值的計算方法為：

獲取GWAS研究的文獻數據庫和候選基因研究的文獻數據庫中的所述Ⅱ型糖尿病關聯性SNP位點在東亞人群的OR值；或者，

合并東亞人群的樣本數據信息，通過病例-對照研究的四格表方法計算所述Ⅱ型糖尿病關聯性SNP位點在東亞人群的OR值。

4.根據權利要求1所述的Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法，其特征在于：在步驟(3)中，頻率值的計算方法為：

采用GWAS研究的文獻數據庫和候選基因研究的文獻數據中的OR值≥1.08的SNP位點的風險等位基因在沒有獲得Ⅱ型糖尿病的東亞人群中的頻率值；或者，

合并東亞人群的樣本數據信息，計算OR值≥1.08的SNP位點的風險等位基因在沒有獲得Ⅱ型糖尿病的東亞人群中的頻率值。

5.根據權利要求1所述的Ⅱ型糖尿病風險評估模型的構建方法，其特征在于：在步驟(4)中，計算所有過濾后的SNP在所述中國個體中的風險等位基因數量為：每個SNP是由2個等位基因組成的基因型，根據自由組合，每個SNP的基因型組成有3種情況：

將含有2個正常等位基因的SNP視為該SNP的風險等位基因的數量為0；

將含有1個正常等位基因的SNP視為該SNP的風險等位基因的數量為1；

將含有0個正常等位基因的SNP視為該SNP的風險等位基因的數量為2。