[發明專利]一種烤煙SSR核心引物組合及其構建方法

有效

• 申請號: 201610547721.3
• 申請日: 2016-06-29
• 公開（公告）號: CN107541568B
• 公開（公告）日: 2023-03-31
• 發明（設計）人: 楊愛國;任民;程立銳;馬冰;程亞增;代帥帥;蔣彩虹;劉旦;耿銳梅;王元英
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院煙草研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;C12N15/10
• 代理公司: 北京市盛峰律師事務所 11337
• 代理人: 于國富

本發明公開了一種烤煙SSR核心引物組及其構建方法，利用煙草育種上常用的5份烤煙種質對已公布的2317對SSR標記進行初步篩選，再利用20份烤煙種質對獲得的初篩獲得的引物進行復篩和驗證，最終挑選出24對帶型清晰，多態性高，適合烤煙品種遺傳分析的SSR核心引物。本發明獲得的SSR核心引物組合具有多態性高、擴增穩定、操作簡單等優點，篩選出的SSR組合可以直接利用，改變了通常使用SSR引物時需要進行大量篩選的過程，大大提高了篩選效率，利用該核心引物可以有效評價不同烤煙材料間的遺傳多樣性和親緣關系，有助于提高烤煙育種效率。

技術領域

本發明屬于煙草育種領域，尤其涉及一種烤煙SSR核心引物組及其構建方法。

背景技術

煙草是重要的經濟作物，在全世界120多個國家均有種植，其中，我國主栽的是普通煙草種的烤煙類型。在長期的烤煙育種過程中，由于集中使用幾個主體親本，從而導致目前煙草品種的遺傳基礎狹窄。研究烤煙品種的遺傳多樣性，分析其親緣關系，對拓寬其種質資源的遺傳基礎，科學、合理的選配親本組合具有重要的理論意義。

利用分子標記分析種質資源遺傳多樣性和親緣關系已經在很多重要作物上廣泛開展。普通煙草在植物分類上屬于茄科煙草屬，其基因組大小約4.5G，在目前已知的茄科植物中基因組較大，并且基因組中70％以上為重復序列。煙草種質資源的遺傳多樣性研究一直落后于其他作物，之前，煙草種質遺傳分析主要采用ISSR和AFLP標記，自Bindler等公布了煙草高密度SSR標記遺傳圖譜后，SSR標記被廣泛應用于煙草種質資源遺傳多樣性分析。與其他標記相比，SSR標記多態性高，專一性強，適合多倍體物種的遺傳分析。叢鑫等利用45對SSR引物將78份抗PVY的煙草種質按照遺傳多樣性劃分為3類。陳夏曄等利用34對多態性SSR引物對73份煙草抗黑脛病種質進行遺傳多樣性分析，結果表明其遺傳多樣性較差。Moon等利用70對SSR標記，對不同來源、不同類型的702份煙草種質進行遺傳多樣性分析，共檢測到1031個等位基因變異，平均等位基因數14.7，平均遺傳多樣性指數0.74。

目前，已經公布的SSR標記數超過5000對，在利用SSR標記進行煙草種質遺傳分析時，如何選擇有代表性的標記是研究者面臨的一個問題。

發明內容

本發明的目的在于提供一種烤煙SSR核心引物組合及其構建方法，旨在提高烤煙種質資源的遺傳分析和親緣關系檢測的效率和準確性。

本發明是這樣實現的，一種烤煙SSR核心引物組合由以下24對引物組成：

PT52573，SEQ ID NO：1，其由序列表中序列1所示的DNA堿基和序列2所示的DNA堿基組成；

PT60795，SEQ ID NO：2，其由序列表中序列3所示的DNA堿基和序列4所示的DNA堿基組成；

PT53936，SEQ ID NO：3，其由序列表中序列5所示的DNA堿基和序列6所示的DNA堿基組成；

PT60629，SEQ ID NO：4，其由序列表中序列7所示的DNA堿基和序列8所示的DNA堿基組成；

PT50244，SEQ ID NO：5，其由序列表中序列9所示的DNA堿基和序列10所示的DNA堿基組成；

PT60698，SEQ ID NO：6，其由序列表中序列11所示的DNA堿基和序列12所示的DNA堿基組成；

PT60038，SEQ ID NO：7，其由序列表中序列13所示的DNA堿基和序列14所示的DNA堿基組成；

PT60435，SEQ ID NO：8，其由序列表中序列15所示的DNA堿基和序列16所示的DNA堿基組成；

PT50501，SEQ ID NO：9，其由序列表中序列17所示的DNA堿基和序列18所示的DNA堿基組成；