[發明專利]染色體DNA含量的檢測方法

在審

• 申請號: 201610334755.4
• 申請日: 2016-05-18
• 公開（公告）號: CN105779637A
• 公開（公告）日: 2016-07-20
• 發明（設計）人: 陳紹宇;黎美燕;張巨永
• 申請（專利權）人: 廣州安必平醫藥科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/12
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 林青中;萬志香

技術領域

本發明涉及生化檢測領域，尤其是涉及一種染色體DNA含量的檢測方法。

背景技術

傳統的產前診斷胎兒染色體非整倍性，需要羊膜穿刺、絨毛膜絨毛穿刺取 樣，伴隨著一定的流出風險(TaborA，etal.(1986)Randomisedcontrolledtrialof geneticamniocentesisin4606low-riskwomen.Lancet1:1287-1293.)。ChiuRWK 等采用無創的方法，利用高通量測序孕婦血漿中游離的DNA，通過與參考組比 較相應染色體DNA含量，判斷待檢樣本該染色體是否為異倍性(ChiuRWK，et al.(2008)Noninvasiveprenataldiagnosisoffetalchromosomalaneuploidyby massivelyparallelgenomicsequencingofDNAinmaternalplasma.ProcNatlAcad SciUSA105:20458-63.)。SehnertAJ等發現在計算染色體DNA含量時，改用部 分相關性較強的染色體來代替全部染色體作為分母，可以提高檢測性能(Sehnert AJ，RheesB，ComstockD，etal.Optimaldetectionoffetalchromosomal abnormalitiesbymassivelyparallelDNAsequencingofcell-freefetalDNAfrom maternalblood.ClinChem.2011；57:1042-1049)。實驗中PCR的偏向性會影響染 色體上DNA數量，ChandranandaD等通過校正GC來降低PCR偏向性的影響， 得到更準確的染色體DNA數量(ChandranandaD，ThorneNP，Ganesamoorthy D，BrunoDL，BenjaminiY，etal.(2014)InvestigatingandCorrectingPlasma DNASequencingCoverageBiastoEnhanceAneuploidyDiscovery.PLoSONE9(1): e86993.doi:10.1371/journal.pone.0086993)。上述方法能夠分別提高檢測胎兒染色 體非整倍性的性能，但是在胎兒DNA含量較低時，其檢測能力受限。

發明內容

基于此，有必要提供一種在DNA含量較低時也具有較高檢測精度的染色體 DNA含量的檢測方法。

一種染色體DNA含量的檢測方法，包括如下步驟：

步驟一：提取外周血血漿中的游離DNA，構建高通量測序文庫并測序基因 組部分的序列，生成DNA序列數據；

步驟二：將測序生成的所述DNA序列數據比對至人類參考基因組，將所述 DNA序列數據定位到人類基因組的對應位置上；

步驟三：將人類參考基因組劃分為預設長度的連續區間，計算各區間內參 考序列的GC含量和比對能力mapbl，計算落在各個區間中的序列數目RC_raw， 根據比對能力得到校正后的序列數目RC_mapbl＝RC_raw/mapbl；

步驟四：使用LOESS算法擬合各區間內的GC含量和對應的RC_mapbl，計算 特定GC含量時對應的序列數目RC_loess；

步驟五：計算各區間上GC校正后的序列數目RC_GC＝RC_raw*Mean/RC_loess，其 中Mean為各區間上序列數目的平均值；

步驟六：計算目標染色體i上的DNA含量NCR_i＝sumRCⁱ_GC/sumRC^chrK_GC， 其中，sumRCⁱ_GC為落在目標染色體i區間上序列數目的總和，sumRC^chrK_GC為落 在特定染色體集合chrK區間上序列數目的總和，所述特定染色體集合chrK為 計算出的人類參考基因組中染色體序列總和sumRC^chrK_GC的變異系數CV的最小 值對應的染色體組合。